Стремление Марии помириться с лордами, за исключением сообщников Дарнли, было искренним. В организации этой новой фазы разрядки ей помогал Кастельно, который вновь появился в Холирудском замке через месяц после убийства Риццио и курсировал между Парижем и Эдинбургом, пока его, наконец, не сменил постоянный французский посол.

Кастельно завоевал всеобщее уважение своей беспристрастностью во время «загонного рейда», что делало его идеальным посредником между фракциями лордов после заговора и убийства Риццио, где главной трудностью было не примирение лордов с Марией, а примирение разных фракций. Однако наибольшим уважением Марии пользовались Босуэлл и Хантли. Доверие к ним возросло благодаря их непоколебимой преданности королеве. В критический момент ей требовались советники, которым она могла доверять, которые могли противостоять остальным лордам и приглядывать за Дарнли.

До сих пор не было заметно никаких признаков романтических отношений между Марией и Босуэллом. Презирая Дарнли за его поведение, Мария все еще считала себя замужней женщиной. В любом случае Босуэлл был недоступен. За две недели до убийства Риццио он женился на сестре Хантли, леди Джин Гордон; венчание прошло по протестантскому обряду в Холирудском дворце, после чего состоялся банкет, на котором присутствовала сама Мария — из благодарности к двум своим самым верным сторонникам и в знак глубокого уважения к сестре Босуэлла, вдове любимого единокровного брата королевы, лорда Джона Колдингема. Мария любила свадьбы и часто приходила с дорогим подарком, оплачивала наряд невесты или свадебный банкет. Она подарила Джин Гордон великолепное серебристое платье, украшенное белой тафтой, а также оплатила банкет, роскошный пир, завершившийся рыцарским турниром и «игрой в кольцо».

После возвращения из Франции Босуэлл сделал головокружительную политическую карьеру. Он переместился с периферии в самый центр событий, вызвав ревность тех, кого оттеснили от принятия решений. Он был заклятым врагом Морея. Мейтланд также его ненавидел. Их отношения достигли низшей точки, когда Босуэлл пригрозил выследить и убить бывшего государственного секретаря, обвинив его в участии в заговоре с целью убийства Риццио.

Под влиянием Кастельно вражда несколько ослабла или прекратилась совсем. Одним из тех, кто постоянно мешал усилиям Марии умиротворить страну, был ее муж. Узнав истинный масштаб предательства Дарнли и Леннокса, решивших получить «брачную корону» без ее согласия, королева отлучила Леннокса от двора. Справиться с Дарнли было гораздо сложнее, потому что она была беременна от него. Мария не могла поверить, что человек, за которого она вышла замуж, способен на такое — присоединиться к заговору лордов, чтобы убить ее личного секретаря, а затем распустить парламент, не посоветовавшись с ней. Дарнли имел наглость все отрицать даже после того, как бежавшие из страны бывшие сообщники отправили Марии скрепленное его подписью соглашение, в котором одобрялось убийство.

Дарнли продолжал плести интриги. Вскоре после торжественной церемонии примирения он написал письма Карлу IV и Екатерине Медичи, в которых называл себя «королем Шотландии» и использовал печать с изображением королевских атрибутов. Он заявлял о своей непричастности к убийству Риццио и стремился втереться в доверие к Карлу, своему «дорогому брату». Не удовлетворившись этим, Дарнли продолжил политику поддержки католицизма, несмотря на обещание сообщникам восстановить религиозное соглашение. Он писал Филиппу II и папе римскому, жалуясь на положение в стране, которое характеризовал как «отсутствие порядка» по причине того, что месса и католическая вера все еще не восстановлены. И все это, утверждал он, по вине Марии.

Еще более нелепыми были его планы по захвату Скарборо и островов Силли, принадлежавших Англии, но находившихся на расстоянии нескольких сотен миль от нее. Он собирался захватить замок Скарборо, полуразрушенную крепость на побережье Йоркшира в двух сотнях миль от Лондона и Эдинбурга, чтобы корабли могли выгружать войска и амуницию в соседнюю гавань. Дарнли также изучал карты островов Силли у южной оконечности Корнуолла, на который предъявлял необоснованные претензии, основываясь на мнении небольшой группы недовольных островитян и корнуолльского дворянства из числа католиков. От Эдинбурга острова Силли отделяли 600 миль. У них не было никаких связей с Шотландией, но Дарнли знал, что они были укреплены при Эдуарде VI, поскольку тщательно отметил на картах положение нескольких заброшенных блокгаузов и форта — построенного менее чем наполовину — и включил их в бастионную систему укреплений.

Дарнли готовил безумный план вторжения в Англию католических армий с континента через те пункты на Британских островах, которые он считал стратегически важными. Однако он не подумал, каким образом — даже если такая высадка состоится — войска будут доставлены с островов Силли в Англию. А после высадки в Скарборо как снабжать войска продовольствием и боеприпасами, когда они начнут марш к выбранным Дарнли пунктам.

Шпионы Сесила знали обо всех планах Дарнли. Несмотря на их очевидную глупость и неосуществимость, к ним следовало отнестись серьезно. Известие о беременности Марии повысило ее популярность в Англии — в полном соответствии с предсказаниями Сесила. Сам Сесил никогда не брезговал разного рода махинациями, когда дело касалось Марии. Он нанял агента-провокатора, некого Кристофера Роксби, и втайне от Елизаветы — она презирала подобных людей — отправил в Шотландию, чтобы тот попытался вовлечь Марию в заговор Дарнли. Цель — проверить, насколько она поддерживает планы мужа.

Роксби проник в Шотландию в мае и добился встречи с Марией — он представился католиком, бежавшим от преследований в Англии, и подарил ей распятие из слоновой кости. Сумев привлечь внимание королевы, он сообщил, что многие влиятельные английские лорды католического вероисповедания устали от Елизаветы и желали бы сместить ее — при условии, что Мария даст согласие на попытку переворота или убийства. Роксби уговаривал ее дать ему какой-либо предмет как символ одобрения этих планов и называл имена крупных английских землевладельцев, которые присоединятся к мятежу, если увидят доказательство ее поддержки.

Мария не позволила себя обмануть. Она была уже на девятом месяце и вскоре должна была родить. Никто не знал, когда именно ребенок появится на свет. Знания в области гинекологии и репродукции человека в те времена были настолько скудными, что даже опытные врачи считали, что плод женского пола проводит в утробе матери больше времени, чем плод мужского пола, и поэтому продолжительность беременности соответствующим образом увеличивается. Но время родов приближалось — Мария все больше времени проводила в постели и путешествовала лишь на небольшие расстояния и в конном паланкине. Королева была слишком занята надеждами и страхами, связанными с предстоящими родами, чтобы участвовать в заговоре. Кроме того, будущий наследник настолько укреплял ее положение, что она не желала пятнать свои претензии на английский трон какими-либо сомнительными действиями. Да, она могла быть наивной и импульсивной — но не мстительной: несмотря на язвительную пикировку с Елизаветой на протяжении многих лет, Мария никогда не замышляла заговора против английской королевы. Она отмахнулась от Роксби, который вернулся в Англию и принялся собирать доказательства, что его якобы наняли лорды католического вероисповедания — в точности, как он говорил Марии. Вооружившись этими документами, он снова пересек границу и предпринял вторую попытку.