К тому времени все еще не были найдены основные запасы урана Германии. Осенью прошлого года Калверт предположил, что они хранятся в соляных шахтах близ Штассфурта, и контроль над ними осуществляет Научно-промышленная ассоциация (WiFo). Была срочно создана британо-американская миссия, в которую входили полковник Лансдейл, Калверт, Чарльз Хамбро и помощник Перрина Дэвид Гаттикер. Все британские офицеры теперь носили военную форму. Штассфурт находился в районе, расположенном между американскими и советскими войсками. Однако подразделение, приданное 83-й пехотной дивизии, быстро овладело территорией, на которой находился завод. Предприятие сильно пострадало от воздушных бомбежек. С помощью немецкого директора предприятия удалось быстро обнаружить 1100 тонн сырья, поступившего из Бельгии. Материалы хранились в дырявых бочках под навесом. К счастью, поблизости находилась фабрика, на которой по распоряжению американских военных было изготовлено 20 тысяч новых бочек. В них перегрузили ценное сырье, которое было необходимо сразу же вывезти из этого района. В течение трех дней весь груз был переправлен на запад, через линию, где в будущем должен был пройти так называемый «железный занавес», и складирован в ангаре аэропорта Хильдесхейм.

Производство урана в Германии полностью остановилось 15 апреля 1945 года. Как уже говорилось ранее, строительство предприятия по восстановлению урана, филиала фирмы «Degussa», химической фабрики в Грюнау было начато в начале 1942 года. Первая продукция на этом предприятии была получена в декабре 1944 года. В течение этого месяца было произведено 224 килограмма урана. Производственные возможности завода позволяли ежемесячно получать до одной тонны урана или тория, то есть они совпадали с мощностями разбомбленного союзниками предприятия во Франкфурте. И все же до середины апреля 1945 года там удалось получить всего 1500 килограммов урана. В январе 1945 года выплавка, отливка и прокат урана производились уже не на втором предприятии компании «Degussa» во Франкфурте, а на заводе фирмы «Auer» близ Берлина. Там до конца войны удалось получить еще 400 килограммов урана. Из произведенных в Германии за все время войны 14,3 тонны урана только около 5,5 тонны было переработано в пластины или кубики. Основные запасы материала хранились в виде порошка.

23 апреля генерал Гровс, наконец, смог доложить в Вашингтоне генералу Маршаллу, что вероятности того, что немцам удастся изготовить атомное оружие, больше не существует. Он пояснил:

«В 1940 году германская армия конфисковала в Вельгии около 1200 тонн урановой руды. Все то время, пока враг контролировал эти запасы, мы не могли быть уверенными в том, что он не работает над созданием атомного оружия.

Вчера меня уведомили по телефону, что моему персоналу удалось обнаружить эти запасы в Германии, около города Штассфурт. Они были вывезены в надежное место за пределами Германии, где находятся под полным контролем американской и британской администрации.

Захват этих материалов, составляющих львиную долю европейских запасов урана, должен окончательно устранить любую вероятность применения Германией в этой войне атомной бомбы».

В тот же день 23 апреля войска под командованием полковника Паша захватили Хайгерлох. За два дня до этого французские войска после пересечения некой условной линии получили приказ остановиться и повернуть в сторону Зигмарингена, где, по сведениям союзников, скрывались оставшиеся в живых члены французского прогитлеровского правительства Виши. Паш немедленно получил в свое оперативное подчинение 1279-й инженерный батальон армии США, которому было приказано двигаться впереди его людей. Как только Хайгерлох был взят, туда прибыл начальник разведки 6-й армии США генерал-майор Юджин Харрисон. 24 апреля, когда туда же прибыл из Лондона Майкл Перрин, дверь в пещеру, где располагалась последняя атомная лаборатория Германии, была взломана. Все устремились внутрь помещения, в том числе Уэлш, Перрин, Лансдейл, Фурман и другие. Внутри было влажно и темно, поэтому пришлось захватить с собой свечи. Из всех присутствующих одному только Перрину уже приходилось прежде видеть графитовый атомный реактор, построенный Ферми весной 1942 года в Чикаго. Его потрясло в первую очередь полное отсутствие какой бы то ни было защиты от радиации. Скорее всего, на этом реакторе немцам так и не удалось добиться цепной реакции. Если бы у них получилось это, то все участники эксперимента к тому моменту были бы смертельно больными людьми. В тот же день, 24 апреля, Перрин приказал открыть и полностью разобрать реактор. Внутри не было ни урана, ни тяжелой воды, однако несколько емкостей с тяжелой водой стояло неподалеку. Вместе с окружавшими реактор графитовыми блоками тяжелую воду погрузили в армейские грузовики. Для того чтобы французы после того, как они оккупируют поселок, не смогли обнаружить никаких следов проведения экспериментов, один из двух полковников, руководивших осмотром, предложил взорвать старинную часовню, расположенную на вершине холма. После взрыва ее обломки должны были полностью скрыть вход в пещеру. Однако после протестов местного священника от этого плана пришлось отказаться.

Пещера, в которой располагался атомный реактор, была взорвана саперами после того, как миссия завершила свою работу и покинула Хайгерлох. Перрин с коллегами отправился в Хехинген на встречу с доктором Гаудсмитом. Французские и марокканские войска вошли в город примерно в 16.00 в субботу 22 апреля. За два дня до этого подразделения фольксштурма, на которые была возложена оборона городка, разбежались после того, как оттуда бежали все местные партийные функционеры. Таким образом, никто и не думал оказывать сопротивление союзным войскам. Фон Вайцзеккер продолжал работать в институте, но французам, казалось, не было до этого никакого дела. Все документы, а также запасы урана и тяжелой воды из лаборатории в Хайгерлохе были, как надеялись немцы, надежно спрятаны так, что никто и никогда не сможет их найти. В пятницу утром, за день до захвата города союзниками, Гейзенберг покинул его и через трое суток утомительной дороги прибыл в местечко Урфельд в горах Ваварии, где уже находилась его семья, и стал ждать дальнейшего развития событий. Примерно в 8.30 утра 23 апреля в Хехинген въехали четыре бронированные машины и несколько грузовиков из состава оперативной группы «Т» 6-й армии США. Полковник Паш и генерал Харрисон сразу же направились в расположенные на Вейхерштрассе и Тюбингерштрассе лаборатории. Кроме того, они обнаружили, что одно крыло здания текстильной фабрики «Grotz» занимало подразделение Института имени кайзера Вильгельма под руководством Гейзенберга. Паш был изумлен, обнаружив в кабинете самого профессора фотографию, на которой был изображен он и доктор Гаудсмит. Снимок был сделан в 1939 году на пирсе причала, когда Гейзенберг уезжал из Америки. По распоряжению Паша здание фабрики было использовано как штаб миссии «Alsos».

Для того чтобы не допустить захват научного оборудования и персонала французами, американцы выдали немцам письменные документы, которые запрещали осмотр их лабораторий. Два американских офицера нашли доктора Багге и обыскали его дом. Они забрали оттуда все бумаги, на которых были проставлены даты позднее 1942 года, пообещав вскоре вернуть их обратно.

Прототип аппарата Багге, предназначенный для выделения урана-235, вместе с аналогичной машиной, разработанной молодым ученым доктором Коршингом, был установлен в здании фабрики компании «Grotz». Машина Багге работала в четыре раза более эффективно, чем оборудование газовой диффузии, применявшееся в аналогичных целях в США.