В это же время в Берлине двое офицеров СС навестили доктора Грауэ из Имперского совета по науке и спросили его, не находится ли какое-либо из научных учреждений в опасной близости к фронту. Грауэ рассказал им о подразделении в Штадтилме и добавил, что ученых необходимо немедленно эвакуировать. Офицерам СС удалось организовать колонну грузовиков и отправиться из Берлина в Штадтилм. Колонна прибыла к месту назначения 8 апреля. Эсэсовцы объявили перепуганным ученым приказ фюрера об эвакуации всех носителей секретной информации на юг. Кроме того, добавили, отказавшиеся от эвакуации будут немедленно расстреляны. Персонал Дибнера решил не проверять на себе решимость офицеров СС выполнить вторую часть приказа. К счастью для них, солдаты устали после утомительной ночной дороги и отправились спать в здание школы. Там они устраивались на стульях, не расставаясь с автоматами, которые положили на колени. Пока их будущие стражи спали, Дибнер и Верке решили, что все те, кто обладал хоть каким-то средством передвижения и не был обременен имуществом, могли попытаться бежать на юг. Те же, кто не мог себе этого позволить, должны были остаться в городе независимо от того, являются ли они «носителями секретов» или нет. Например, Верке предпочел остаться, а Дибнер решил сопровождать груз урана и тяжелой воды в его последней одиссее.

Весь оставшийся уран, тяжелая вода, радий и оборудование лихорадочно укладывали в грузовики. Через несколько часов колонна была готова к отправке. Машины должны были выехать из Штадтилма в сторону Ронебурга, затем повернуть в сторону Вейда, куда эвакуировали Бюро по стандартам, и уже оттуда отправиться в сторону Мюнхена. В 7.30 утра 8 апреля профессор Герлах получил радиограмму от Верке, в которой сообщалось о том, что Дибнер отправился в Южную Германию. Герлах отправил курьера, который должен был сообщить эту новость профессору Ментцелю.

В конце февраля 1945 года миссия «Alsos» в районе Ахена вошла на территорию Германии и возобновила свою деятельность. Казалось, что после успеха в Страсбурге в декабре 1944 года у миссии осталось мало дел. Обстановка осложнялась тем, что все задачи, которые миссия должна была выполнить на территории Германии, должны были решаться в районах, оккупированных Францией и Советским Союзом.

Захваченные в Страсбурге документы раскрывали ту роль, которую играло в производстве урана предприятие компании «Auer», расположенное в Ораниенбурге, недалеко от Берлина. Но район Ораниенбурга должен был отойти к русским. Кроме того, представлялось невозможным захватить завод и демонтировать оборудование до того, как советские войска войдут в этот город. Такой шаг противоречил международным соглашениям. В начале марта руководитель американской атомной программы генерал Гровс рекомендовал воздушными ударами полностью уничтожить предприятие компании «Auer». Генерал Маршалл согласился с этим предложением и отдал распоряжение командующему ВВС США в Европе сосредоточить усилия на решении этой задачи. Во второй половине дня 15 марта в небе над городом появились 600 «летающих крепостей», которые подвергли завод и окрестности массированному бомбовому удару. Результаты бомбардировки были настолько ужасны, что даже сейчас, через много лет, в городе существует Комиссия катастрофы, обязанностью которой является руководить сбором неразорвавшихся бомб, по сию пору оставшихся в городской земле. Ущерб, причиненный жителям, был незначительным, но, как показали данные, полученные в результате проведенной после рейда авиационной разведки, сам завод был полностью уничтожен.

Джон Андерсон, который был в курсе поставленных перед миссией «Alsos» задач, предложил премьер-министру Черчиллю принять особые меры по проведению расследования, касающегося работ над германской ядерной программой, сразу же, как только войска союзников достигнут района Рейна. Он подготовил письменные рекомендации по этому вопросу, однако господину Черчиллю кто-то намекнул в личной беседе, что шаги, предусмотренные планом Андерсона, не могут не вызвать неудовольствия русских. И все же руководитель научной разведки ВВС Великобритании доктор Джонс уже подготовился к отправке соответствующего персонала в Германию, как только «интересующие районы вокруг Штутгарта», а именно Хехинген, Хайгерлох и Тайлфинген, окажутся доступными для союзников.

В последние дни марта американские войска вошли в Гейдельберг. 30 марта миссия «Alsos» заняла здание Института физики имени кайзера Вильгельма. Научный руководитель миссии доктор Сэмюэл Гаудсмит вместе с Фредом Варденбургом и доктором Джеймсом Лейном приступили к осмотру кабинетов и лабораторий. В одном из помещений был обнаружен профессор Вальтер Боте. Деликатное поручение допросить его досталось доктору Гаудсмиту, который был лично знаком с немецким ученым. Боте с удовольствием демонстрировал американцам построенный в институте новый циклотрон и говорил о чистой науке. Однако он отказывался выдавать какую бы то ни было информацию, касающуюся военных исследований, в которых принимал участие.

Миссией был также обнаружен доктор Вольфганг Гентнер, который работал на парижском циклотроне. Ни его, ни Боте не задержали. 5 апреля доктор Гаудсмит составил отчет о работе, выполненной в здании института в Гейдельберге, а также об исследованиях, проведенных 3 апреля на предприятии компании «Degussa» во Франкфурте. К тому времени уже было известно, что профессор Отто Ган находился в Тайлфингене, к югу от Штутгарта, а Гейзенберг и фон Лауэ обосновались в Хехингене. Союзники знали и то, что последний урановый реактор был эвакуирован из Далема в Хайгерлох, который расположен по соседству с Хехингеном. Задача, поставленная миссии, с каждым днем становилась все более узкой. Было необходимо разыскать Гейзенберга, Допеля, Кирчнера, Штеттера, Гана и некоторых их помощников. Роль, которую играл в проекте профессор Герлах, а также его взаимоотношения с министерством Шпеера тоже были понятны. Помимо всего прочего, Гентнер сообщил американцам о неудачном эксперименте в Хайгерлохе, из чего те сразу поняли, что немцы, очевидно, все еще находились на ранней стадии работ над проектом. Дальнейшие допросы сотрудников института в Гейдельберге помогли установить факт существования исследовательской группы под руководством доктора Дибнера в Штадтилме. Но Гентнер тут же успокоил их, заявив, что успехи этой группы были еще скромнее, чем результаты их коллег под руководством Гейзенберга.

Гаудсмит вернулся в Париж не раньше, чем убедился в том, что темпы наступления армии генерала Паттона настолько высоки, что Штадтилм может пасть в любой день. Гаудсмит отчитался перед полковником Пашем о проделанной в Гейдельберге работе. Еще через пару дней ожидания в городке Эйзенах миссия вошла в Штадтилм. Штадтилм был захвачен без боя около четырех часов утра 12 апреля. Сотрудники миссии, в том числе Варденбург и Лейн, вошли в поселок сразу же за военными.

На этот раз ни у кого не было ни малейших сомнений в том, что захваченный объект представляет собой значительную ценность. В Париже Сэмюэл Гаудсмит получил наспех нацарапанную записку, доставленную курьером от Варденбурга:

«Штадтилм, 12 апреля 1945 года

Сэм,

Как говорит Паш, «Alsos» снова атакует.

Уже через три часа, проведенные здесь, стало ясно, что мы напали на золотую жилу. Дибнер и весь работавший над проектом персонал (кроме одного человека), вместе со всеми материалами, секретными документами и т. д. были вывезены отсюда в воскресенье (8 апреля) сотрудниками гестапо в неизвестном направлении.