Во время управления домом Энрике орден Христа был в 1449 г. в очередной раз реформирован Жуаном, епископом Ламего. После смерти Энрике Навигатора, «комендантом» ордена Христа стал племянник и приемный сын Мореплавателя – принц Фернанду (сын короля Эдуарду I), умерший в 1470 г. В 1484 г. 11-м «комендантом» ордена Христа был назначен дом Мануэл ди Браганса, герцог Бежи, ставший через 11 лет, после смерти своего кузена и сводного брата короля Жуана (Иоанна) II (1481–1495), королем Португалии под именем Мануэла I (1495–1521).

Король Испании убедил папский престол передать орден Христа под «вечное управление» короля Португалии и его преемников. Дом Мануэл (Иммануил) I был окончательно признан Великим Магистром ордена Христа буллой папы римского Льва Х «Constante fide» от 30 июля 1516 г. Однако его сын, король Жуан III, не получил эту должность автоматически, «по наследству», а был утвержден в качестве управляющего согласно бреве (кратким посланием) папы римского Адриана VI «Eximiae devotionis» от 14 апреля 1523 г. И лишь в 1551 г., после смерти принца Жоржи (Георгия), герцога Коимбры, внебрачного сына короля Жуана III, Магистра португальских рыцарских орденов Сан Бенто ди Авис и Св. Иакова, папа Юлиан III, в правление короля Португалии Жуана III, уступил навечно титул Великого Магистра всех рыцарских орденов Португалии, включая орден Христа, португальскому монарху. В результате объединения титула короля Португалии с должностью Великого Магистра ордена Христа произошло преображение этого ордена из магистерского (духовно-рыцарского) в коронный (династический). Некоторые историки считают, что именно это обстоятельство фактически привело к разделению ордена Христа на две ветви Воинства Господа нашего Иисуса Христа, папскую и португальскую, имеющие очень разные возможности и обязанности.

После того как орден Христа разделился на две ветви – португальскую и чисто папскую, – португальская ветвь постепенно утратила характер духовного (монашеского) ордена и стала династическим орденом португальской короны. Дело в том, что орден Христа, сыгравший в свое время столь заметную роль в военных успехах португальских королей в борьбе с пиренейскими маврами и заморскими мусульманами, со временем настолько усилился, что королевская власть была вынуждена принять меры к ограничению его самостоятельности и к началу XVI века добилась подчинения ордена непосредственно королю. После этого папа римский Александр VI Борджа освободил рыцарей Христа от монашеских обетов нестяжания (бедности) и целомудрия (безбрачия), чем и подготовил окончательную секуляризацию ордена Христа (то есть превращение последнего в чисто светское учреждение), состоявшуюся в 1789 г., и конфискацию его владений в пользу государства, последовавшую в 1834 г.

В период подчинения Португалии испанской короне (1581–1610) правила приема в орден Христа (которому оказывал особое покровительство король Испании Филипп II Габсбург) были значительно упрощены. В него мог вступить любой дворянин (исп.: идальго, португ.: фидалгу), отбывший в течение двух лет военную службу в Африке или прослуживший три года на флоте.

Превратившись в династический орден португальской короны, он получил название Кородевский орден рыцарей Господа нашего Иисуса Христа (португ.: Real Ordem dos Cavaleiros des Nossо Senhor Jesus Christo).

В период существования Бразильской империи (императорами которой являлись отпрыски португальской королевской династии Браганса), с 1822 по 1890 г. существовал бразильский орден Христа, независимый от португальского.

После падения монархии в Португалии все королевские ордены (и ордена) были упразднены. Однако в 1917 г. по указу президента Португалии орден Христа был восстановлен (правда, в качестве чисто светской, гражданской награды).

Кавалером ордена Христа является, между прочим, дом Фернандо ди Соуза Фонтиш (Фонтес) – князь-регент и Великий Магистр возрожденного в 1808 г. международного ордена тамплиеров – Верховного Рыцарского (Воинского) ордена Иерусалимского Храма (лат.: Ordo Supremus Militaris Templi Hierosolymitani), штаб-квартира которого находится в португальском городе Порту (Порто).

После того как управление всеми рыцарскими орденами Португалии перешло в руки португальского короля, им была учреждена «Mesa da Consciencia e Ordens» (орденская согласительная палата) – организация, являвшаяся одновременно Высшим судом и Королевским органом управления с консультационным правом и обязанностью управления имуществом и делами рыцарских орденов. Это учреждение координировало и контролировало весь комплекс действий, связанных с приемом в рыцарские ордены и выдвижением кандидатур на мирские или духовные должности, запрашивая данные, касающиеся кандидата, его знатности, возраста, общественного положения, «чистоты крови» (к приему в орден не допускались лица с примесью иудейской или сарацинской крови) и пр., а также имела важную, хотя и не решающую, роль в предоставлении «dispensas» (льгот), то есть некоторые из условий принятия в орден могли быть обойдены королем Португалии или папой римским по просьбе кандидата. Процесс рассмотрения кандидатуры, в случае одобрения, заканчивался рекомендацией королю, как Великому Магистру, скреплявшему своей подписью соответствующие документы. Из вышесказанного видно, что папе римскому при приеме кандидата в орден Христа или назначении члена ордена на ту или иную орденскую должность отводилась незначительная роль согласования. С таким положением папский престол, естественно, никак не мог примириться.

Дело в том, что с давних времен папский престол претендовал на супрематию (верховную политическую власть) над всем Западным (католическим) миром, основывая свои претензии на документе, получившем название «Константинов дар», в котором первый христианский римский император Константин I Великий после переноса своей резиденции из Рима в Константинополь (Византий) якобы передал папе римскому Сильвестру и его преемникам императорскую власть над Римом, Италией и всем Западом. Еще в эпоху Ренессанса стало известно, что этот документ был сфабрикован и включен в сборники церковного права в середине VIII в., но в Средние века он считался подлинным и играл огромную роль в претензиях папства на верховную политическую власть. На протяжении веков папы римские считали светских государей своими подданными, но со времен правления французского короля Филиппа Красивого миф о неограниченном могуществе светской власти пап стал разваливаться. Тем не менее рыцарские ордены, несмотря на все изменения, произошедшие в них на протяжении XV и XVI вв., все еще должны были повиноваться римскому престолу Св. Петра, поскольку они продолжали находиться под папским руководством и управлением в духовной сфере, и папы римские всегда рассматривали себя как верховных глав этих воинских братств. Кроме того, святейший престол считал, что папа римский имеет полное право посвящать кого угодно в рыцари военного ордена, учрежденного на основании папской буллы. В 1581 г. португальский король вместе со своей армией погиб в борьбе с североафриканскими маврами, вследствие чего Португалия попала под власть Испании и полностью утратила свой суверенитет до 1610 г. В результате папы римские стали считать, что отныне орден Христа подчиняется только им. Ватикан внес различные изменения в устав ордена Христа, что привело к образованию папской ветви ордена Христа, приобретшей при папе римском Григории XV (1621–1623) особый вес и престиж.