После переезда несколько рыцарей из каждой «нации» покинули орден. В качестве оправдания они заявили, что на Мальте лишились смысла существования их ордена. Стать гончей Карла было ниже их рыцарского достоинства. Ла Валетт, который высказывал те же мысли на Родосе, настаивая на продолжении сопротивления, остался в ордене. Возможно, в его памяти отпечатался образ турецкого победителя, которому было столько же лет, сколько и ему.

Великий магистр Л’Илль-Адан умер на Мальте спустя четыре года после переезда. Примерно в это же время на острове стали происходить изменения.

Если на Родосе были строения, сохранившиеся с византийских времен, на Мальте приходилось строить все заново. Прибыв на Родос, они пользовались обнаруженными строениями, но со временем и ростом возможностей иоанниты стали расширять, перестраивать и переоборудовать эти строения, чтобы возвести самую прочную крепость в Средиземноморье. Совершить такой подвиг на Мальте, где не было ни одного древнего или средневекового строения, было невозможно. К тому же, с точки зрения рыцарей и согласно здравому смыслу тех времен, нельзя было представить себе жизнь без какой-либо крепости. Возможно, единственным достоинством голого Мальтийского острова было обилие бухт, глубоко вырезанных среди зазубренных скал. Если над ними достаточно потрудиться, то они могли бы превратиться в прекраснейшие порты Средиземноморья.

Рыцари стали укреплять этот участок земли, на котором никто не жил. Как и в былые времена, планировкой и надзором за выполнением работ занимались итальянские фортификаторы. Рыцари решили сделать это место, которое до сих пор оставалось безымянным, своей столицей. Когда умер Л’Илль-Адан, работа по возведению крепости была в самом разгаре, но Великие магистры, пришедшие после него, придерживались его взглядов и делали все возможное, чтобы достроить крепость. В 1557 году, спустя двадцать семь лет после переезда на Мальту, фортификационное сооружение на заливе было наполовину готово. Для этого понадобилось по очереди укрепить все восемь полуостровов, выходивших в залив. Теперь у ордена было меньше средств, чем раньше, поэтому строительство затянулось.

Инженер Мартиненго, покинувший остров вместе с рыцарями, не участвовал в возведении укреплений на Мальте. Это не значит, что пути его и рыцарей разошлись. После того как орден покинул остров, Мартиненго, которому приходилось носить на правом глазу черную повязку после ранения на Родосе, был посвящен Л’Илль-Аданом в рыцари. Это, конечно же, было наградой за его службу, однако посвящение в рыцари человека, у которого не было ни капли благородной крови, было беспрецедентным. Мартиненго находился среди рыцарей, посетивших двор Карла, чтобы договориться о передаче Мальты, что является доказательством его активного участия в жизни ордена в годы скитаний.

Тем не менее, вместо того чтобы самому отправиться на Мальту, он порекомендовал других инженеров, которые потрудились в полную силу. Карл попросил Мартиненго остаться в Испании и нести службу в качестве инженера крепостных сооружений. Он отвечал за строительство бастионов в крепости Сан-Себастьян, которая стала первым укреплением подобного рода в Испании. Позже он вернулся в Италию, где руководил расширением и ремонтом крепостей в Павии, Генуе и Неаполе. Вместе с другим инженером его даже отправили в Голландию, в Антверпен, следить за планировкой защитных сооружений города.

Мартиненго умер в Венеции в 1544 году. Он всегда считал, что родина не одобрила его тайный отъезд на Родос. Сохранилось письмо, которое он написал своему брату, датированное октябрем 1522 года, до того как Родос сдали туркам. В нем он тревожился о том, как венецианское правительство отнеслось к его самовольной отлучке, а также подробно описал артиллерийские обстрелы и минные ходы турок.

В 1557 году на смену умершему Великому магистру ордена Святого Иоанна выбрали Жана Паризо де Ла Валетт. На Родосе он был молодым рыцарем, но когда его избрали на этот пост, ему было уже шестьдесят три. Говорили, что «никто не мог превзойти его в чистоте помыслов», что он «олицетворял собой неиспорченную душу Гаскони». Даже в свои шестьдесят он обладал телом, похожим на закаленную сталь, и неунывающим духом. Он был единственным, кто все еще хотел уничтожить неверных, особенно турок, которые изгнали орден с Родоса.

Спустя восемь лет, после того как он стал Великим магистром, ему наконец представилась возможность осуществить свои планы. В 1565 году турки отправили огромные силы на захват Мальты. Сулейман все еще был султаном. Теперь его величали Сулейманом Великолепным, ему было за семьдесят, и его нога редко ступала на поле брани. Он поручил осаду Мальты своему помощнику; сам он никогда не покидал стен своего украшенного тюльпанами дворца Топкапи в Константинополе. Ла Валетту было столько же лет, сколько и Сулейману, тем не менее он лично возглавил свои войска. Теперь, спустя сорок три года после победы, одержанной Османской империей над рыцарями-иоаннитами, они должны были поменяться ролями.

Весной 1565 года турецкая армия покинула Константинополь и отправилась на Мальту. Хотя количество кораблей разных размеров — две тысячи, — возможно, преувеличено, но Средиземное море впервые увидело такой огромный флот, который перевозил около 50 000 солдат. Командиром был назначен Мустафа-паша, тот самый, чья атака во время осады Родоса провалилась и которого понизили в должности и отправили в Сирию. Последующие успехи в войнах против Персии и Венгрии позволили ему восстановить свое имя и положение. Сулейман назначил его главнокомандующим в этой операции, чтобы дать паше возможность отомстить ордену рыцарей-иоаннитов за прошлое унижение.

Среди защитников было 540 рыцарей, тысяча испанских солдат и 4 тысячи наемников и мальтийских жителей. При защите Родоса их силы были примерно такими же. Но Ла Валетту теперь был семьдесят один год.

А вот турки на Мальте утратили многие преимущества, которыми они пользовались на Родосе.

Прежде всего теперь их было вполовину меньше, чем тогда. К тому же на Мальте они не могли ожидать пополнения из Сирии или Египта. В предыдущей кампании они просто пересекли Малую Азию, а затем совершили короткий пятидесятикилометровый бросок из Мармариса на Родос. На этот раз весь их путь — свыше 1600 километров — пролегал по морю. Такое расстояние было трудно осилить далее с одними солдатами, но им приходилось везти также и припасы: пушки, ядра, порох и даже провиант. И все это нужно было доставить за один раз. В прошлый раз суда, пополняющие запасы, постоянно курсировали между Мармарисом и Родосом. В мальтийской кампании это было невозможно.

Конечно, Северная Африка была частью Османской империи. Однако султан вверил эту территорию пиратам Барбароссы, поэтому она не была под его непосредственной властью. Поэтому организовать доставку припасов на Мальту из Туниса, ближайшей точки Северной Африки, было невозможно.

В-третьих, рыцари укрепили несколько полуостровов, чтобы обеспечить защиту Мальты. Турки не могли сконцентрировать все свои силы в одном месте, как это было на Родосе. Защитники разделились, и нападающим пришлось сделать то же самое, хотя турки не были особенно сильны в тактике боя. Турецкая армия строилась по принципу массового применения силы, и перераспределение войск нанесло туркам больший урон, нежели ордену Святого Иоанна. Ла Валетт обнаружил, что одновременное ведение боя в двенадцати разных точках усиливало преимущества рыцарей.