Затеянная реформа управления не была личной прихотью Филарета. После возвращения из плена старший Романов встал во главе партии патриотов, созданной им еще в 1610 году совместно с тогдашним патриархом Гермогеном. У этой партии за последнее десятилетие накопилась масса претензий к лидерам Думы. И то, что партийные интересы совпали в данном случае с династическими, а на все это наложились еще и личные антипатии Филарета, стало лишь дополнительным стимулом для решительных действий. В свое время Мстиславский «со товарищи» помогли Борису Годунову расправиться с родом Романовых. Затем они отказали в помощи Большому посольству и тем обрекли Филарета на многолетний плен. С согласия возглавивших Семибоярщину Гедиминовичей поляки бросили в тюрьму и замучили тогдашнего главу патриотов, патриарха Гермогена. Естественно, Филарет не мог оставить эти действия безнаказанными.

Однако вел он себя осторожно и шел к цели постепенно. Будучи опытным политиком, старший Романов понимал, к каким катастрофическим последствиям может привести раздор с могущественной аристократией. Прошло почти три года, прежде чем Филарет завершил подготовку ко второй части операции и принялся проводить в жизнь меры, направленные на ограничение власти Гедиминовичей. Сигналом к наступлению на литовскую знать стала кончина главы Думы Федора Мстиславского, случившаяся в 1622 году. Князь Федор умер бездетным, и потому его удельное княжество было ликвидировано. Кремлевское подворье Мстиславского не перешло к новому лидеру Думы, как обычно случалось ранее. Вместо этого царь и патриарх отдали эту землю Пушкарскому приказу. Вскоре там появился склад артиллерийских орудий.

На место Мстиславского Филарет назначил вернувшегося в 1620 году из польского плена Ивана Пуговку Шуйского. Последний в своем роду, князь Иван не зря носил такое несерьезное прозвище. Личностью он был бесцветной, инициативы не проявлял. Неудивительно, что под его руководством Дума вскоре потеряла влияние на государственные дела. Вырвав из рук Гедиминовичей главный боярский пост, Филарет завершил разгром их клана без особых помех. В1624 году после неудачной попытки местнического спора с Пуговкой Шуйским попал в немилость видный член Семибоярщины Иван Голицын. С подачи отца-патриарха царь приказал у этого князя «…за его непослушание и измену поместья и вотчины отписать на себя, государя, и поместья в роздачу роздать, а вотчины ведать во Дворце; а за ним оставить в Арзамасе из вотчины его одно село, которое поменши, а его и его жену сослать с приставом в Пермь». Еще один лидер литовской знати, Дмитрий Трубецкой, в январе 1625 года отправился на воеводство в Тобольск, что, по сути, мало отличалось от опалы. Однако в этом городе бывший глава правительства прожил всего около месяца. После смерти князя ему на смену прибыл двоюродный брат, Алексей Трубецкой, остававшийся в Сибири до 1630 года. Лучший воевода Семибоярщины князь Иван Куракин попал в опалу еще в 1615 году, до возвращения Филарета из плена. Несмотря на дефицит опытных военных кадров, патриарх о нем не вспомнил и на службу не вернул. Куракин умер в ссылке в 1632 году.

Влияние Думы на дела после 1622 года неуклонно снижалось. В государственных указах все реже встречалась формула «царь указал и бояре приговорили», ее заменила другая — «царь и патриарх указали». Много реже можно было увидеть «царь указал» или «патриарх указал». Документы же, изданные «по боярскому приговору», в 1623—1632 годы практически исчезают из оборота. С падением роли Думы центр управления страной все больше перемещался в приказы. Из кого же состоял чиновный люд раннего романовского периода? Многие историки отмечают, что важнейшую роль в приказах при Филарете играли дьяки, сделавшие карьеру в Тушине. Обычно это объясняют так: основная масса московских чиновников при Семибоярщине служила полякам. После освобождения Москвы эти деятели разбежались из города, боясь мести казаков. На их должности заступили те тушинские дьяки, что служили в земском правительстве Ляпунова, а затем — при триумвирате Трубецкого, Пожарского и Минина. Иногда звучит и другой довод: Филарет Романов сам долгое время был «воровским патриархом», а потому протаскивал в приказы друзей и соратников.

Думаю, причина успешной карьеры тушинцев в другом… Петр Третьяков, Федор Шушерин, Иван Грамотин, Семой Заборовский, Нехороший Лопухин, Федор Апраксин и другие дьяки, сделавшие карьеру при первом Романове, пришли на службу к Лжедмитрию II из идейных соображений. Все они были врагами аристократии. Каждый явился в тушинский лагерь, желая бороться против «злых бояр». Именно такие люди были нужны Филарету, чтобы обуздать родовую знать, заставить ее служить интересам страны и династии.

В результате проводимых патриархом реформ власть сосредоточилась в руках новой группы служилой аристократии, основу которой составили близкие к династии фамилии. В первых рядах правящего круга были родственники Романовых: Черкасские, Салтыковы, Морозовы, Шереметевы, Одоевские, Львовы и Стрешневы. Существенную долю составляли герои освободительного движения: Пожарские, Шеины и другие. Влияние новых аристократов было связано не с думскими постами, а с работой в приказах. Самые важные из них, Приказ Большой казны и Стрелецкий приказ, долгое время возглавлял Иван Черкасский. В его руках находился также Аптекарский приказ, который заботился о здоровье и безопасности членов царской фамилии. Высшие приказные должности занимали и другие сановники Михаила: Ямской приказ долгое время возглавлял Борис Лыков, Дмитрий Пожарский больше семи лет ведал Разбойным приказом, Федор Шереметев — Посольским.

Показателем особой близости к династии было участие в семейных мероприятиях Романовых, на которых боярам предписывалось вести себя «без чинов». Важнейшим из таких событий явилось венчание царя Михаила и Марии Долгорукой, состоявшееся в сентябре 1623 года. Принадлежность к иноческому чину не позволяла Филарету сидеть на царской свадьбе «в отца место», и патриарх уступил свое кресло брату. Роль тысяцкого досталась Ивану Черкасскому. В дружках у жениха были Дмитрий Черкасский и Дмитрий Пожарский, у невесты — Михаил Шеин и Роман Пожарский. Главными свахами у царя подвизались жена Дмитрия Черкасского и жена Данилы Долгорукова, со стороны невесты — жена Михаила Шеина и жена Романа Пожарского. Семейная жизнь Михаила с первой женой так и не успела наладиться. Мария Долгорукая занемогла еще во время венчания. В январе 1624 года она скончалась. На второй царской свадьбе, прошедшей в феврале 1626 года, новой была только невеста, Евдокия Стрешнева. Остальные — практически те же: Черкасские, Пожарские и Шеины. У Евдокии и Михаила родилось десять детей. Из троих сыновей до зрелого возраста дожил один только Алексей, из семи дочерей — три: Ирина, Анна и Татьяна.

Пока Михаил с помощью браков и деторождения укреплял положение династии, его отец развернул новый этап реформ. Теперь в сферу интересов Филарета попали торговля, промышленность и военное дело. С каждым годом патриарх все глубже втягивал в эту работу своего царственного сына. Михаил предпочитал держаться в тени отца, но незаметно для окружающих с каждым годом все лучше усваивал науку управления страной.

Еще с 1587 года английские купцы из Московской торговой компании получили право на беспошлинную торговлю в России. Однако касалось оно только оптовых операций и распространялось лишь на агентов Московской компании. При этом российские товары английские купцы имели право закупать только в царской казне, а все приобретенное в других странах тоже обязались продавать в казну. За время Смуты права англичан расширились, а ограничения — сузились.