21 февраля 1948 года по указу Президиума Верховного Совета СССР «О направлении особо опасных государственных преступников по отбытии наказания в ссылку на поселение в отдалённые местности СССР» на лиц, ещё отбывавших наказание в особых лагерях и тюрьмах, по истечении срока лишения свободы автоматически накладывалось новое наказание: ссылка на поселение (под надзор органов МГБ) на Колыму, в Сибирь, центральные (наиболее засушливые) области Казахстана, в Якутскую и Бурят-Монгольскую АССР. По постановлению Совета Министров СССР от 6 октября 1948 года в Томскую область выселили 1100 человек «кулацкого контингента» из Измаильской области. Постановление правительства от 29 января 1949 года санкционировало операцию по высылке из Литвы, Латвии и Эстонии на спецпоселение в Якутию, Красноярский и Хабаровский края, в Омскую, Тюменскую, Новосибирскую и Иркутскую области «кулаков и их семей», а также семей «бандитов и националистов» в общем количестве 30630, включавших 94779 человек. По постановлению от 6 апреля 1949 года в ряд областей Восточной Сибири, Дальнего Востока и Бурят-Монгольской АССР депортировали с территории Молдавии 34743 «кулаков, бывших помещиков, крупных торговцев, активных пособников немецких оккупантов, участников профашистских партий и нелегальных сект» вместе с членами семей. 17 мая 1949 года ЦК ВКП(б) принял очередное решение о выселении с территории Закавказских республик и Черноморского побережья 14167 семей греков, турок и дашнаков в количестве 54154 человека в целях очистки этих территорий от «политически неблагонадёжных элементов». По постановлению Совета Министров от 29 декабря 1949 года в Хабаровский край с формулировкой «навечно» выселили «бывших прибалтов», проживавших на территории Псковской области [45].

При всей сложности переселенческой деятельности высшее советское руководство обычно не было удовлетворено тем, как Министерство внутренних дел вело работу среди спецпереселенцев, особенно в отношении борьбы с побегами, когда бежавшие просто возвращались к местам их поселения без привлечения к уголовной ответственности. В постановлении Совета Министров СССР от 24 ноября 1948 года отмечалось, что «наличие подобной антигосударственной практики в работе административных органов стало возможным в результате попустительства со стороны Министерства внутренних дел и Прокуратуры». В связи с этим 26 ноября 1948 года Президиум Верховного Совета СССР принял указ «Об уголовной ответственности за побеги из мест обязательного и постоянного поселения лиц, выселенных в отдалённые районы Советского Союза в период Отечественной войны», которым устанавливалось, что выселение чеченцев, карачаевцев, ингушей, балкарцев, калмыков, немцев, крымских татар и других народов «произведено навечно, без права возврата их к прежним местам жительства». За самовольный выезд (побег) виновные подлежали привлечению к уголовной ответственности с мерой наказания за такое преступления в виде 20 лет каторжных работ. Лица, виновные в укрывательстве беглецов или способствовавшие их побегу, а также оказавшие им помощь в устройстве их в местах прежнего жительства, подлежали привлечению к уголовной ответственности и наказывались лишением свободы на срок 5 лет.

С этим указом были ознакомлены работники МВД, руководители промышленности и строительства, в системе которых использовались на работах выселенцы. Затем в спекомендатурах провели собрания самих выселенцев с объявлением указа и других регламентирующих документов, после чего у всех взрослых членов семей получили расписки об ознакомлении с данными документами. Интересно, что, по сообщению с мест, «все собрания выселенцев прошли организованно и с большим вниманием». Задававшиеся вопросы касались в основном бытовых условий и соединения с близкими родственниками. «Никаких отрицательных высказываний или реплик на собраниях зафиксировано не было». Агентура потом уже донесла, что «со стороны незначительной части выселенцев зафиксированы упаднические и антисоветские настроения», связанные с утратой людьми всяких перспектив в отношении изменения их подневольного положения [45].

В целях борьбы с беглецами МВД создало в девяти республиках, краях и областях оперативно-розыскные отряды общей численностью около 200 человек, которые «в целом оправдали своё назначение». Для «склонных к побегам спецпереселенцам» в Якутской АССР и Красноярском крае организовали строго режимные поселения в местах, отдалённых от любых путей сообщения. Туда по постановлениям рай— и горотделов МВД переводились лица, «подготавливающие побег и склоняющие других спецпоселенцев к этому», задержанные при попытке к бегству и нарушители установленного режима.

16 апреля 1949 года министр внутренних дел СССР Круглов С.Н., заместитель министра внутренних дел СССР Рясной В.С. и начальник Отдела спецпоселений МВД СССР Шиян В.В. (назначенный на эту должность 14 февраля 1948 года) представили на имя Сталина И.В., Молотова В.М., Берия Л.П. и Маленкова Г.М. докладную записку о проделанной МВД в январе-феврале текущего года работе по усилению режима, по организации точного учёта, правильного и обязательного трудоиспользования и укрепления административного надзора в местах расселения выселенцев и спецпоселенцев. По состоянию на 1 апреля 1949 года на учёте органов МВД состояло (вместе с членами семей) 2 307 410 выселенцев и спецпоселенцев. Из этого количества выселенцами (то есть выселенными «навечно») являлись 1 835 078 человек, в число которых входило (здесь и далее приводим округленно): 1035700 немцев, 365170 чеченцев и ингушей, 57490 карачаевцев, 31870 балкарцев, 77270 калмыков, 186530 крымских татар, греков, армян и болгар, 81020 хемшилов, турок и курдов. Спецпоселенцев (то есть расселенных в новых местах на определённый срок) числилось 472332 человека, из них: 158590 бывших кулаков, 135310 лиц, служивших в немецких строевых формированиях, 96190 членов семей украинских националистов, 46940 членов семей литовских националистов, 28300 лиц, выселенных по общественным приговорам за злостное уклонение от трудовой деятельности в сельском хозяйстве и ведение антиобщественного, паразитического образа жизни, 5840 членов семей активных немецких пособников и «фольксдоче» (то есть «советских немцев», принявших за время оккупации германское гражданство) и 1120 сектантов. В соответствии с постановлениями Правительства СССР все указанные контингенты были расселены в следующих районах Советского Союза: в Казахской ССР — 820165 человек, в Средней Азии − 340253 человека, на Урале — 245396 человек, в Западной Сибири — 479617 человек, в Восточной Сибири и на Дальнем Востоке — 237325 человек, в центральных районах страны — 184654 человека.

Все трудоспособные выселенцы и спецпоселенцы, составлявшие 1282000 человек, были заняты в районах расселения на работах в сельском хозяйстве (546550 человек) и в различных отраслях промышленности (угольной, лесной и бумажной, местной, металлургической, золотодобывающей, нефтяной, пищевой, легкой, машиностроении, рыбной, химической и других) и строительствах (стройки МВД, железнодорожные МПС, тяжёлой индустрии и другие). Работа по обеспечению строгого режима, организации учёта, трудового использования и административного надзора осуществлялась 2679 специальными комендатурами МВД, на обслуживании каждой из которых состояло от 300 до 1000 взрослых выселенцев и спецпоселенцев. Во исполнение указания правительства о наведении полного порядка в учёте, органами МВД были проведены «поголовный переучёт и перепись» всех выселенцев и спецпоселенцев «путём подворного обхода, а также личного вызова в спецкомендатуры». На основе полученных данных были созданы картотеки персонального учёта и централизованная картотека МВД СССР. В результате проведенной работы сократилось количество побегов с мест поселений. После объявления указа Президиума Верховного Совета СССР от 26 ноября 1948 года «Об уголовной ответственности за побег из мест обязательного поселения» многие выселенцы стали стремиться к тому, чтобы «прочно обустраиваться в местах поселения», начали получать приусадебные земельные участки, строить жилые дома, приобретать скот и домашнее имущество. Органы МВД старались «строжайше» выполнять указания Правительства СССР «об установлении такого режима в местах расселения выселенцев, который исключал бы всякую возможность их побегов». По каждому случаю побега производилось тщательное расследование, и виновные строго наказывались. Органы МВД принимали «активные меры розыска», и задержанные привлекались «к уголовной ответственности по закону». За первые три месяца 1949 года Особым совещанием при МВД СССР «за самовольный выезд (побег) из места обязательного поселения» по упомянутому указу было осуждено к 20 годам каторжных работ 489 выселенцев. Эти постановления объявлялись всем выселенцам, проживавшим в тех местах, откуда совершился побег. Лица, виновные в укрывательстве беглецов или способствовавшие их побегу, привлекались к уголовной ответственности. Руководство Министерства внутренних дел заверило верховную власть страны, что работа по дальнейшему усилению административного надзора и укреплению режима «проводится под нашим повседневным руководством и контролем» [45].