Перуанцы приняли христианство удивительно хорошо. Они толпами приходили на обряд крещения, даже если они почти ничего не понимали из приблизительного перевода испанских проповедей. Они без труда поменяли официальную религию инков на католицизм. Поразительные военные успехи испанцев были зримым доказательством достижений их бога, и индейцы с готовностью поверили, что именно божественное вмешательство спасло людей Эрнандо Писарро во время осады Куско. В двух официальных религиях было много схожего: священники, монастыри, храмы и церковная десятина. В обеих широко праздновались религиозные праздники, что так любили индейцы, хотя они и не могли понять, почему христианские священники лишали свои празднества красок, не одобряя традиционное распитие спиртного и пляски. Обе религии также предусматривали наличие священников, которые регистрировали рождения, браки и смерти внутри общины, давали персональные наставления и выслушивали исповедь. Поэтому во время распространения веры в Перу не было мучеников.

Хотя официальная религия инков и была быстро вытеснена, более простые, более укоренившиеся суеверия невозможно было истребить так же легко. Они продолжали жить, находясь вне поля зрения испанских священников. Было почти невозможно христианским властям знать, какие природные объекты имели религиозное значение, или распознать тайное колдовство или спрятанные талисманы. Этот основной культ упоминался на заседании первого Совета перуанской церкви в Лиме в 1551 году. Но это собрание было больше озабочено тем, чтобы отрегулировать процедуру наставления на путь истинный, крещения и управления послушной туземной паствой. Только в период правления Титу Куси, в 1565 году, приблизительно в то же самое время, когда в Хаухе был обнаружен склад пик, церковь серьезно встревожилась тем, насколько живы были пережитки язычества. Это случилось отчасти потому, что священники стали ближе узнавать своих прихожан и были вынуждены учить язык кечуа. Но причина была также и в возрождении туземных религий, которое, очевидно, инспирировалось из государства Инки в Вилькабамбе.

Мессианское движение, главный праздник которого назывался Таки-Онкой, тайно вело свои проповеди по всей территории Перу. Во главе этого движения стояла загадочная личность по имени Хуан Чокне, или Чоно, а проповеди читали тарпунта, или жрецы, инков. Движение не пыталось полностью возродить религию инков. Но жрецы собрали то, что осталось от древних божеств, и делали им жертвоприношения кукурузой и чичей на деревенских площадях посреди плясок и криков. Кристобаль де Молина из Куско упомянул некоего Луиса де Оливера, викария Паринакочаса, который внезапно нагрянул во время празднования Таки-Онкоя. Католические священники предпринимали немедленные меры к подавлению этих языческих ритуалов, но им было очень трудно бороться с вновь возрожденными культами, поклонением грудам камней на вершинах гор, мумиям и с жертвоприношениями в виде мяса лам. Искоренение этого идолопоклонства было серьезной заботой церковников в течение всей второй половины этого века. Мысль о том, что вершиной повстанческих заговоров был переворот в религии, приводила в ужас Гарсию де Кастро. Она заставляла его с вдвое большим нетерпением стремиться к переговорам с Титу Куси и пытаться достичь диалога с Инкой: если Инка станет христианином, возрождение язычества, очевидно, потеряет своего вдохновителя.

Титу Куси также имел причины, чтобы желать избежать войны. Хотя в его государстве была хорошо отлажена система обороны, были прекрасно организованы внутренние коммуникации и народное ополчение, он знал, что в Вилькабамбе не хватает людей и государство не сможет противостоять целенаправленному вторжению испанцев. Поэтому он принимал всерьез всякое бряцание оружием со стороны испанцев. В 1564 году с некоторым количеством индейцев плохо обошлись в энкомьенде некоего Нуньо де Мендосы на реке Акобамба, и они сбежали в Вилькабамбу. Коррехидор Куско Хуан Куэнка написал Титу Куси решительное письмо, в котором требовал их возвращения, «или он начнет самую жестокую войну». Титу Куси прислал вежливый ответ, но привел в боевую готовность своих воинов и сторожевые посты, а сам отправился понаблюдать, нет ли движения испанских войск по высокогорной дороге. Последовал рейд, из которого он вернулся с пятью сотнями индейцев, и Куэнка прислал подобострастное письмо, в котором, по словам Титу Куси, «он умолял меня не помнить старые обиды». В своей второй беседе с Диего Родригесом 15 марта 1565 года Титу Куси сказал, что ему известно о том, что Мартин Уртадо де Арбьето просил разрешения напасть на Вилькабамбу в то время, когда еще был граф де Ньева, и действительно совершил несколько вылазок в сторону Амайбамбы. Пока Родригес был с Инкой, индейские посланники вернулись из Лимы с письмами от Кастро. В одном письме содержалась угроза: если Инка немедленно не примет предложенные ему условия, то командующий уполномочен силой проложить себе дорогу и войти в Вилькабамбу и начать войну по поручению граждан Куско. Другие письма сообщали об аресте «вождей Хаухи и всего королевства» за организацию тайных складов оружия и о желании муниципальных властей Куско и Уаманги начать войну. «Инка и его военачальники восприняли новости мужественно. Инка встал и объявил, что они не боятся испанцев». Но, несмотря на всю свою внешнюю храбрость, Инка не хотел, чтобы испанцы бросили ему вызов в ответ на его блеф. На самом деле в это самое время в пути уже находилось письмо от Кастро к королю со словами: «Я решительно намерен заставить горожан Куско и Уаманги выбросить его оттуда и заселить ту территорию, которую он удерживает».

Поэтому, во время переговоров с Хуаном де Матьенсо, Диего Родригесом де Фигероа и Гарсией де Кастро, Титу Куси всячески выражал свою готовность к уступкам. Эти представители испанских властей, которые переоценили степень могущества Инки, поверили его заверениям в том, что их дипломатическая миссия заставила его отказаться он насильственных действий. «Инка распустил свою тайную организацию, которая, по его утверждению, действует на территории всей страны, имея целью напасть на испанцев и изгнать их из нее. Он вернул часть индейцев, убежавших из испанских поместий и нашедших у него убежище. И он воздержался от нападения на мост через реку Апуримак с целью захвата груза золотых слитков, который переправляли по нему».

Краеугольным камнем любого договора между испанцами и инками должен был стать брак сына Титу Куси Киспе Титу с дочерью Сайри-Тупака Беатрис, которая была на год младше своего двоюродного брата. Беатрис Клара Койя родилась в 1558 году, вскоре после того как ее родители поселились в долине Юкай. Когда ее отец умер, ее овдовевшая мать Мария Куси Уаркай осталась очень бедной. Вице-король граф де Ньева назначил различных испанцев управлять огромными поместьями Сайри-Тупака от имени его наследницы; эти опекуны получали большие деньги за свою работу; но вдова Инки ничего от них не получала. В августе 1563 года, когда дочери Сайри-Тупака Беатрис было пять лет, ее отдали на попечение францисканских монахинь в монастырь Санта-Клара, а вскоре после этого ее мать Мария Куси Уаркай получила дружескую поддержку от одного из самых богатых горожан Куско Ариаса Мальдонадо. Молодая вдова стала жить в доме Мальдонадо и вскоре почувствовала себя настолько уверенно, что забрала свою дочь из монастыря и привезла ее к себе.

Вскоре стало известно, что братья Мальдонадо имели корыстный интерес, оказывая гостеприимство обедневшим принцессам. У одного из них, скорее всего у Ариаса, родились две дочери от прекрасной и пылкой Марии Куси Уаркай. Но у братьев Мальдонадо были также планы и относительно Беатрис, которая в конце концов станет одной из самых богатых наследниц в Куско. У Ариаса Мальдонадо был младший брат по имени Кристобаль, который уже нажил себе грязную репутацию соблазнителя. Теперь он решил обручить восьмилетнюю принцессу со своим братом Кристобалем и устроить так, чтобы молодой человек вступил в половую связь с маленькой девочкой с целью придать дополнительную вескость своим притязаниям. Кастро в панике написал королю письмо. «Я опасаюсь, что он [Ариас Мальдонадо] может выдать ее замуж за своего брата Кристобаля Мальдонадо. И я думаю, что это уже сделано… Они говорят мне, что он находится с ней в интимных отношениях, но мне неизвестно, так ли это. Этому человеку нельзя позволить заполучить земли, находящиеся в собственности девочки. Ведь его брат владеет землями Эрнандо Писарро, и тогда они станут такими могущественными, что никто не сможет противостоять им в Куско». Кастро приказал, чтобы девочку вернули в монастырь немедленно, и учредил расследование обстоятельств дела. К февралю следующего года стало известно самое худшее: «Когда она находилась во власти Ариаса, как выяснилось в ходе следствия, он выдал ее замуж за своего брата», церемония обручения состоялась в 1566 году.