Кастро пришел в ужас от этой новости о готовящемся заговоре. Он незамедлительно приказал коррехидору этого района Хуану де ла Рейнаге провести тщательное расследование. Рейнага обнаружил около 800 пик и большое количество боевых топоров и другого оружия, а также огромные запасы продовольствия, большая часть которого была уже готова к немедленному потреблению. Еще 2 тысячи древков для пик уже были уничтожены. Заговорщики явно поддерживали связь с Титу Куси. Это выяснилось в ходе расследования, которое предпринял другой энкомендеро, Гомес де Каравантес, когда была найдена карта с изображенными на ней путями отхода из Хаухи в Вилькабамбу. Гарсия де Кастро писал королю, что обнаружение пик «наполняет тех, „…“ кто знает о них, ужасом». Вовремя открыв заговор, Кастро понял, что ему удалось предотвратить кровавую бойню, «так как прежде, чем ее удалось бы остановить, большая часть индейцев погибла бы». Люди Кастро арестовали главного местного вождя, брата могущественного Дона Фелипе, Гуакра Пукара, которого король незадолго до этого удостоил герба и пенсии. Но сочувствующие ему монахи-августинцы ночью освободили его, и он скрылся, чтобы обратиться с ходатайством о своем деле к перепуганному губернатору. Он утверждал, что найденные пики изготовлялись для того, чтобы они послужили неожиданным приятным сюрпризом для испанцев, воюющих в Чили. Кастро не убедило это находчивое объяснение, но он не выдал своих чувств и обращался с ним очень хорошо, выжидая до тех пор, пока не поймает других вождей и не узнает у них, для чего были сделаны эти пики.

Кастро был прав, когда испугался, обнаружив производство пик, так как это было наилучшее оружие против несущегося в атаку коня. Арауканы в Южном Чили обнаружили это и получили возможность отражать с его помощью испанское вторжение в свою страну. Находясь в такой тревоге, Кастро писал королю: «В этом королевстве была допущена большая неосмотрительность. Индейцам позволено иметь коней, кобыл и аркебузы; многие из них умеют очень хорошо ездить верхом и стрелять из аркебузы». Он приказал, чтобы у индейцев конфисковали всех лошадей или испанское оружие с возмещением владельцам их стоимости.

Мятеж в Хаухе был, очевидно, частью согласованного восстания с ответвлениями в Куско, Чаркасе и Северном Перу. Городской совет и коррехидор Куско боялись, что заговор там был уже в действии. В Тукумане, к юго-востоку от Чаркаса, местные индейцы окружили испанского губернатора Франсиско де Агирре, и считалось, что его убили. В Северном Перу, в труднодоступном краю индейцев-бракоморо, где река Мараньон поворачивает на восток и впадает в бассейн Амазонки, лесные индейцы уничтожили новое испанское поселение под названием Вальядолид и убили его вице-губернатора Франсиско Меркадо.

Подъем национального духа носил не только военный характер. По всей территории Перу испанские миссионеры обнаруживали тревожащие признаки возрождения туземных верований. Во время конкисты религия была распространена на всей империи инков, но она процветала на различных уровнях. Главенствовала официальная религия, совпадающая с обожествлением самого Инки. Существовало поклонение Солнцу, Луне, звездам и грому; богу-создателю Виракоче; Инке как сыну Солнца; мумиям и изображениям его предков королевского рода, а также священным горам и пещерам из легенд, созданных инками. Существовало официальное духовенство, во главе которого стоял Вильяк Уму, в главных городах имелись храмы, монастыри, мамакона, которым полагалась десятая часть всей произведенной продукции и стад каждой сельскохозяйственной общины. Ниже этой имперской религии многие племена, которые были поглощены империей инков, все еще крепко держались за божества своих племен. Такой святыней был Пачакамак. Атауальпа унизил его жреца в Кахамарке и попустительствовал осквернению его испанцами. Во время второго восстания Манко в 1538-1539 годах Инка завоевал преданность индейцев-кончукос, которые воевали во имя своего бога Катекиля. Племя уанка не пошло за ним, и поэтому он разрушил их святыню Уари Уилька.

На более низком уровне простые люди в Перу были вовлечены в мир духов и суеверий. Почти любое обстоятельство — сдвоенный кукурузный початок, сон, несчастный случай — представляло собой явление сверхъестественное. Каждая деревня была окружена массой «уака» (божеств): деревьями, источниками, скалами, пещерами, которые имели магическую значимость. В каждом доме было свое «канопа», или домашнее божество, представлявшее собой какой-нибудь предмет, помещенный в нишу на стене или аккуратно завернутый в ткань. Индейцы коллекционировали талисманы в виде необычных предметов совсем как современные школьники. Они соблюдали соответствующие обряды в своей повседневной жизни, брызгая чичей или колой во время пахоты; они произносили молитвы при переправе через реки, делали жертвоприношения, когда это было необходимо, и всегда оставляли какой-нибудь предмет на грудах камней, которые до сих пор можно обнаружить на вершине каждого перевала. Всю жизнь они благоговели перед своими стариками колдунами, которые предсказывали будущее по внутренностям животных или по облакам, и страшно боялись черной магии, заклятий, которые могли вызвать боль или любовь в выбранных жертвах. Сами инки при всей своей искушенности разделяли эти страхи: по приказу Атауальпы уничтожалось все, до чего он дотрагивался, чтобы предотвратить попадание такой вещи в руки колдунов. Решение Сайри-Тупака покинуть Вилькабамбу отложилось на годы благодаря пророчествам его прорицателей.

Завоевание испанцами Перу совершалось под христианским знаменем. Папа Александр VI уступил право завоевания «западных Америк» королю Испании при условии, что он примет меры к обращению их в христианство. Контракт между испанской короной и Франсиско Писарро от 26 июля 1529 года предусматривал, что в экспедицию Писарро войдут миссионеры, предложенные королем. И Писарро взял с собой нескольких миссионеров из разных духовных орденов. В первой поездке с ним было шестеро монахов-доминиканцев, хотя в Кахамарке присутствовал только Винсенте де Вальверде. Беналькасар, когда присоединился к Писарро на острове Пуна, привез нескольких бенедиктинцев, включая Франсиско де Бобадилью. В первые годы завоевательного похода францисканцы тоже посылали своих монахов, в их числе был Маркос де Ниса и Ходоко Рике. При распределении земельных владений Писарро также включал обязательство со стороны каждого энкомендеро иметь у себя священника.

Духовные ордена вскоре основали монастыри в главных городах: Куско, Лиме, Кито, Уаманге и других, и работа по обращению в новую веру началась. Но в тридцатые и сороковые годы ей мешали гражданские войны, недостаток подходящих священников (многие из самых лучших священников отправились в Мексику), равнодушие многих энкомендеро (которые утверждали священников больше по их способности собирать дань, нежели по их миссионерскому рвению) и нехристианское поведение наиболее жестоких конкистадоров. Духовные пастыри обычно были образцовыми людьми, глубоко озабоченными благосостоянием индейцев. Винсенте де Вальверде был добросовестным епископом Куско до самой своей смерти в 1541 году. Спустя два года, чтобы управлять этой новой епархией, в город вступил брат Херонимо де Лоайса, первый епископ города Лос-Рейес (Лимы). На этом посту он пробыл не одно десятилетие сначала как епископ, потом как архиепископ и стал заметной фигурой в делах Перу. Во главе третьей епархии, Кито, в 1549 году сначала встал Гарсия Диас Ариас, который находился во дворце Писарро, когда того убили. Из религиозных орденов вышло много хороших людей, но самыми выдающимися были монахи-доминиканцы брат Томас де Сан Мартин и брат Доминик де Санто Томас, а также монах-францисканец брат Ходоко Рике, который ввез в страну первые семена пшеницы и обучил индейцев в Кито европейским приемам ведения сельского хозяйства.