Новые прелаты, вроде Тиллотсона, архиепископа Кентерберийского, и Бернета, епископа Солсберийского, были людьми учеными и набожными; но Вильгельм III и его преемники могли искать себе друзей в духовенстве только среди вигов и свободомыслящих, и преимущественно им они должны были вверять высшие церковные должности. Это вызвало отчуждение между высшими сановниками и массой духовенства и ослабило могущество церкви; вплоть до времени Георга III она вела сильнейшую борьбу в своих собственных рядах. Но недовольство мерой, вызвавшей этот спор, только усилило затруднения, с которыми уже приходилось считаться Вильгельму III.

Еще больше беспокоило его настроение парламента. Первым делом вигов, составлявших в общинах большинство, было вознаградить свою партию за те несправедливости, от которых она потерпела в течение двух последних царствований. «Билль об опале» против лорда Рассела и приговоры против Сидни, Корниша и Алисы Лисли были отменены. Вопреки мнению судей, объявивших осуждение Тита Отса незаконным, лорды отказались отменить его, но даже и Отс получил помилование и пенсию. Но виги требовали не только сглаживания несправедливостей, но и наказания лиц, их совершивших. Правда, тирания Якова II объединила вигов и тори; обе партии участвовали в революции, и Вильгельм III старался продлить их союз, привлекая вождей той и другой в свое первое министерство. Он назначил тори, графа Дэнби, лорд-президентом, вига, графа Шрусбери, — статс-секретарем, отдал тайную печать лорду Галифаксу, принадлежавшему к той и другой партиям. Но согласие между ними было возможно только в моменты общего угнетения или общей опасности. Виги требовали наказания тори, содействовавших незаконным мерам Карла II и Якова II, и отказались принять предложенный Вильгельмом III билль об общей амнистии. Со своей стороны, Вильгельм III решил не допускать после революции, возведшей его на престол, ни казней, ни опал. Он от природы не терпел преследований, не питал особенной любви ни к одной из борющихся партий, но прежде всего понимал, что внутренняя борьба помешает деятельному продолжению войны.

Между тем как заботы о новом престоле приковывали его к Англии, союз, руководителем которого он был, оказался слишком медлительным и непрочным, чтобы бороться с быстрыми и решительными действиями Франции. Армии Людовика XIV отступили к своим границам, но только для того, чтобы яростнее обратиться на врагов. Даже соединение английского и голландского флотов не могло обеспечить им господства на море. Сила английского флота парализовалась господствовавшей на государственной службе коррупцией, а также бездеятельностью и неспособностью его командира. Услуги адмирала Герберта делу революции были отмечены титулом графа Торрингтона и командованием флотом; но по своей беспечности он допустил атаки французских каперов, а в нерешительной схватке с французской эскадрой в заливе Бэнтри выказал свою неопытность в морском деле. Между тем Людовик XIV напрягал все силы, чтобы приобрести господство над Ла-Маншем. Французские верфи выпускали один корабль за другим, а для подкрепления флота в Бресте были приведены галеры из Средиземного моря.

Победа французов вблизи берегов Англии представляла бы серьезную политическую опасность, так как начавшаяся в пользу Якова II реакция народного чувства только усилилась под влиянием тягостей войны, налогов, смещения «неприсяжников» и недовольства духовенства, страха тори перед появившимся среди победоносных вигов стремлением к мщению, но больше всего из-за присутствия Якова II в Ирландии. Образовалась новая партия якобитов, или приверженцев короля Якова II; существовало опасение, что за появлением французского флота у берегов сразу же последует якобитское восстание. При таком положении дел Вильгельм III справедливо полагал, что уступить стремлению вигов к мести — значило бы погубить свое дело. Он распустил парламент, отказавшийся принять билль об амнистии за все политические преступления, и в марте 1690 года созвал новый. Результат выборов показал, что он верно понял настроение народа. Своими отказом принять амнистию и стремлением обеспечить себе влияние на городские корпорации виги раздражали горожан, а в графствах священники побуждали свою паству голосовать против вигов. В новом парламенте большинство членов оказалось торийским. Вильгельм III принял отставку своих советников из более ревностных вигов и поставил во главе управления Дэнби. В мае Палаты выразили согласие на «Закон о помиловании». При этой внезапной перемене дел король хотел не только пойти навстречу настроениям народа, но и утихомирить на время борьбу английских партий, что позволило бы ему подавить мятеж в Ирландии. Пока Яков II был королем в Дублине, нельзя было рассчитывать на искоренение измены в Англии; опасность была такой настоятельной, каждая минута при настоящем положении — такой дорогой, что скорое завершение дела Вильгельм III не мог доверить никому, кроме себя.

Осенью 1689 года в Ольстер с небольшим отрядом был послан герцог Шомберг, изгнанный гугенот, последовавший за Вильгельмом III в Англию; но его высадка только вызвала в Ирландии новое воодушевление. Ряды ирландского войска были немедленно пополнены, и Яков II получил возможность встретить герцога при Дрогеде с войском, вдвое более многочисленным. Войско Шомберга было целиком составлено из молодых рекрутов, на которых при таком неравенстве сил едва ли можно было полагаться в открытом поле, и он укрепился в лагере при Дендэлке, где, прежде чем зима разъединила противников, болезни скоро унесли половину его войска. В течение последующих шести месяцев Яков II старался пополнить свою истощенную казну чеканкой медной монеты, а его солдаты жили просто грабежом. Между тем по другую сторону Ла-Манша Вильгельм III прилагал все усилия для окончания ирландской войны. В течение зимы Шомберг получил подкрепление людьми и запасами, и с наступлением весны его силы достигли 30 тысяч человек. Людовик XIV также понимал важность предстоящей борьбы и послал на подкрепление армии Якова II 7 тысяч отборных французов под командой графа Лозена. Едва они прибыли, как Вильгельм III высадился при Кэррикфергюсе и быстро двинулся к югу. Его колонны скоро заметили ирландские войска, занявшие сильную позицию за Войной. «Я рад видеть вас, господа! — воскликнул Вильгельм III в порыве радости. — Если вы ускользнете от меня теперь, то виноват буду я». На другой день, рано утром, вся английская армия переправилась через реку. Ирландская пехота вдруг в страхе бросилась бежать, но конница оказала такое храброе сопротивление, что Шомберг пал, отражая ее атаку, и на время английский центр был задержан. Все решило прибытие Вильгельма III во главе левого фланга. Яков II, старавшийся скорее обеспечить отступление своим войскам, чем храбро встретить нападение Вильгельма III, покинул их, когда они стали отступать к Дублину, и из Кинсэла отплыл во Францию.

Преследование Вильгельма III заставило разбитое войско покинуть столицу, но оно все еще намерено было сражаться. Неспособность Якова II вызывала насмешки даже у его