После окончания Аннаполиса в те годы требовалось провести 2 года в плавании, чтобы получить офицерское звание. Первым кораблем Дьюи стал паровой фрегат «Уобаш», флагман Средиземноморской эскадры. Дьюи набирался опыта. Так как молодые офицеры охотно сопровождали дочерей послов и консулов, Дьюи был уверен, что во время якорных стоянок «Уобаша» он будет приятно проводить время. Он всегда считал эти годы «самым счастливым периодом службы морского офицера».

Закончив плавание, Дьюи вернулся в академию для сдачи экзаменов, необходимых для получения звания лейтенанта. Он легко сдал все экзамены и получил офицерские эполеты в апреле 1861 года в возрасте 23 года. Дьюи решил воспользоваться этим, чтобы показать своему отцу, что «остальное» он сделал действительно хорошо. К самым высоким вершинам его вели слова отца и память о нем.

После получения звания Дьюи был предоставлен отпуск, который был прерван самым неожиданным образом. Орудия конфедератов обстреляли Форт Самтер, и началась Гражданская война. Дьюи был назначен на старый паровой фрегат «Миссисипи» в качестве старшего помощника. В мае 1861 года этот корабль присоединился к блокадной эскадре северян в Мексиканском заливе.

Дьюи впервые участвовал в бою под Новым Орлеаном, где служил под командованием 60-летнего капитана 1 ранга Дэвида Фарагата. Новый Орлеан считался неприступной крепостью. Ниже города располагались 2 сильных форта — Джексон и Сент-Филип, которые перекрывали проход в устье реки Миссисипи. Бригадный генерал Дж. О. Барнард, который строил форт Сент-Филип, предупредил Фаррагата, что ему нужно взять оба укрепления перед тем, как начать штурм Нового Орлеана. Фаррагат решил игнорировать этот совет и повел свой флот мимо фортов прямо на город.

Это смелое решение произвело потрясающее впечатление на молодого Дьюи. Позднее он писал: «Подобно Гранту, Фаррагат всегда шел вперед. Вместо того, чтобы беспокоиться о силе врага, он заставлял врага беспокоиться о его собственных силах».

В ночь на 24 апреля 1862 года Фаррагат повел свои корабли вверх по реке к победе. Во время боя Дьюи заметил странный предмет, идущий вниз по течению на «Миссисипи». Это был броненосный таран конфедератов «Манассас». Так как у Дьюи не было времени совещаться с капитаном, он немедленно приказал положить руль право на борт. Таран нанес кораблю скользящий удар, однако серьезных повреждений удалось избежать, благодаря своевременному и смелому маневру Дьюи.

Дьюи нашел в Фаррагате образец для подражания, «свой идеал морского офицера». Фаррагат научил его вникать во все аспекты боя, как в ходе планирования, так и во время самого сражения. Личная отвага Фаррагата воодушевляла Дьюи, особенно когда он видел Фаррагата на мостике корабля, выкликающего приказы остальной эскадре. «Его лицо выражало уверенность в победе, глаза сверкали… Я никогда не забуду это зрелище». Когда Фаррагат предпочел не обращать внимания на слухи о мощных вражеских укреплениях Нового Орлеана, Дьюи научился скептически относиться к сообщениям о силах врага. Как он вспоминал: «Часто оказывалось, что противник не имеет ничего похожего на силы, которые приписывали ему слухи». Так было в Новом Орлеане. Так было и в Маниле 36 лет спустя.

Фаррагат всегда стремился захватить инициативу. Он дал Дьюи хороший урок, запомнившийся навсегда. Молодой офицер не сумел таранить уходящий корабль конфедератов, потому что «ожидал приказа». В присутствии Дьюи Фаррагат пристально посмотрел на беднягу и медленно сказал: «Молодой человек, сегодня вам представилась возможность прославиться в качестве военного моряка, но вы ее упустили. Я сомневаюсь, что вы когда-либо получите еще одну».

Фаррагат дал такой пример, что Дьюи счел необходимым написать в своей «Автобиографии»: «Когда я оказывался в затруднительном положении или запутывался настолько, что самые простые вещи казались туманными, я часто спрашивал себя: «Что сделал бы Фаррагат?» Каким бы ценным ни было обучение в Аннаполисе, это было ничто по сравнению со службой вместе с Фаррагатом во время войны».

14 марта 1863 года Дьюи участвовал в бою в Порт-Хадсона, еще одной крепости конфедератов на Миссисипи. Фрегат «Миссисипи» выскочил на мель из-за ошибки лоцмана, и под сильным огнем врага команде пришлось оставить его. Чтобы заставить экипажи 3 спасательных шлюпок вернуться и забрать оставшихся моряков, Дьюи прыгнул в одну и под дулом револьвера заставил перепуганных матросов грести обратно. Несмотря на снаряды противника, они оставались рядом с кораблем, пока не забрали весь экипаж.

Хотя действия Дьюи заслужили высокую оценку капитана, он беспокоился, что их могут неправильно истолковать. Как старший помощник, он должен был оставаться на борту, пока весь экипаж, кроме него и капитана, не покинет корабль.[42] Если бы он был убит в шлюпке, остальные могли бы подумать, «что я бросил тонущий корабль… Моему отцу в Вермонте было бы крайне неприятно прочитать такое. Он больше не думал бы, что я выполняю свой долг достаточно хорошо». Дьюи считал это самым опасным моментом за всю службу на флоте.

Совершенно иная работа ожидала Дьюи осенью 1864 года, когда он был назначен старшим помощником на «Колорадо». Команда этого корабля была совершенно сырой, дисциплина практически отсутствовала, а моральный дух был очень низким. Задачей Дьюи было сплотить эти семь сотен моряков в единую команду.

Когда он прибыл, почти сто матросов «Колорадо» содержались в кандалах за различные дисциплинарные нарушения. Остальные в ответ на приказания офицеров просто матерились. После того, как в первое же утро большая часть команды не исполнила приказ «свистать всех наверх», Дьюи бросился вниз, выкидывая спящих из коек. Большинство из них присоединилось к своим товарищам на палубе, но небольшая группа матросов во главе с ненормальным по фамилии Уэбстер не подчинилась приказу Дьюи.

Дьюи понял, что это тот случай, когда «либо я стану господином, либо господином станет толпа». Он решил лишить группу бунтовщиков ее стержня. Дьюи приказал заковать Уэбстера в кандалы и посадить в карцер.

Когда через несколько дней Уэбстера освободили, он принялся бить бутылки о переборки, крича, что убьет первого же, кто спустится по трапу. Дьюи схватил револьвер и стал на трап. Он крикнул: «Уэбстер, это старший помощник Дьюи. Я спускаюсь, и ты, Уэбстер, можешь быть уверен, я застрелю тебя, если ты попробуешь хотя бы тронуть меня пальцем». Прежде чем Уэбстер успел ответить, Дьюи сбежал вниз по трапу и заставил его сдаться. Потом Дьюи писал, что «вскоре корабль изменился». Подобно своему учителю мистеру Пэнгборну, Дьюи решил проблему, устранив зародыш трудностей.

За время Гражданской войны Дьюи получил богатый опыт. Он служил старшим помощником на 6 разных кораблях и участвовал в 4 крупных кампаниях, был произведен в капитан-лейтенанты в возрасте 28 лет. Более важно то, что Дьюи повидал в бою всяких офицеров — и блестящих, и бездарей.

Когда Дьюи исполнилось 30 лет, произошло событие, которое позднее принесло ему много огорчений. 27 октября 1867 года он женился на Сьюзен Бордмэн Гудвин, дочери губернатора Нью-Хэмпшира Ихабода Гудвина. Семья Дьюи провела в Аннаполисе 3 счастливых года, где Дьюи был куратором четырех выпускников. Незадолго до Рождества 1872 года Сьюзен родила Джорджа Гудвина Дьюи, однако она не смогла оправиться от родов и через 5 дней скончалась. Ее смерть буквально подкосила Дьюи. Всю оставшуюся жизнь он носил портрет жены в бумажнике.