Во время пребывания в Париже в дни Всемирной выставки Тегетгофф получил телеграфный приказ немедленно вернуться в Австрию. Восставшие мексиканцы захватили и расстреляли императора Максимилиана. Франц-Иосиф поручил Тегетгоффу деликатную миссию доставить останки Максимилиана на родину.

В сопровождении своего брата, армейского полковника, Тегетгофф 10 июля отправился в Мексику и прибыл туда 26 августа. Сначала мексиканцы отказались выдать тело Максимилиана. После долгих переговоров, в ходе которых адмирал проявил большое дипломатическое искусство, Тегетгофф добился своего. В конце года тело бывшего командующего австрийским флотом было доставлено на родину паровым фрегатом «Новара». Тегетгофф вернулся на том же корабле.

Тегетгофф прибыл в Вену 17 января 1868 года и сразу получил задание подготовить план реорганизации флота. Он хотел создать независимое морское министерство, однако этому воспротивились представители Венгрии, континентальной части Двуединой Монархии, в которую превратилась Австрийская империя в 1867 году. После этого Тегетгофф рекомендовал создать ответственный военно-морской департамент в рамках военного министерства. Его предложения были приняты 25 февраля 1868 года. Тегетгофф был назначен начальником морского департамента и занялся реорганизацией флота. Он получил право прямого доступа к императору,[38] в результате чего за состояние флота адмирал отвечал только перед императором, а не перед военным министром. Однако именно военный министр представлял флот перед парламентскими делегациями обоих частей империи, в частности — при обсуждении бюджетных вопросов. Сложилась крайне неудачная система, в которой Тегетгофф не имел прямого влияния на вопросы бюджета, но все-таки полностью отвечал за боеспособность флота. В результате возникали многочисленные трения, подтачивали физические силы и разрушали нервную систему. Все командующие австрийским флотом поочередно оказывались под этим жутким бюрократическим прессом.

Несмотря на все препятствия, Тегетгофф сумел провести несколько важных реформ. До сих пор организация флота восходила к эпохе парусных кораблей, когда абордажные партии комплектовались из морских пехотинцев и существовал отдельный корпус морской артиллерии. Тегетгофф упростил организационную структуру и ликвидировал многие специальные службы. В будущем орудия должны были обслуживать матросы, прошедшие специальное обучение на борту учебных артиллерийских кораблей (обычно старых броненосцев). Тегетгофф также ликвидировал разделение ответственности при принятии важных решений. Раньше требовалось собрать целую коллекцию подписей от различных департаментов по вопросу, который можно было решить силами одного из них. В результате за решение проблемы не отвечал никто. Теперь, почти в каждом случае, каждый департамент отвечал за свой участок работы. «Битва за ответственность» больно ударила по чиновникам. Теперь шансы на продвижение по служебной лестнице имели только те офицеры, которые были готовы отвечать за свои действия.

Во время споров о путях реорганизации системы обороны империи Тегетгофф яростно отстаивал ликвидацию береговых укреплений и ратовал за создание сильного мобильного флота. Он соглашался укреплять только главную военно-морскую базу Пола и построить несколько береговых батарей для прикрытия гавани Фазана. Тегетгофф показал себя знающим экономистом и умелым администратором. С помощью своих реформ он сумел сократить численность личного состава флота в мирное время почти на 2000 человек. Тем не менее, он не сумел добиться своей цели и построить флот из 15 броненосцев. Тегетгофф не сумел преодолеть сопротивление армии, которая предпочитала строить береговые укрепления, хотя бой у Лиссы ясно показал преимущества мобильного флота перед береговыми батареями.

Постоянные схватки при обсуждении бюджета и многочисленные сложности, вытекавшие из разделения империи на два государства, сильно раздражали Тегетгоффа. Последним светлым моментом в жизни ставшего совсем одиноким адмирала стало путешествие в Египет в 1869 году вместе с императором Францом-Иосифом на открытие Суэцкого канала. После возвращения домой Тегетгофф 7 декабря в Триесте спускает свой флаг. Его здоровье сильно пошатнулось, и зимой 1870 — 71 года Тегетгофф простудился. 7 апреля 1871 года он скончался в своем доме в Вене.

Перед зданием парламента в Вене стоит памятник Тегетгоффу, напоминающий Колонну Нельсона на Трафальгарской площади в Лондоне. На нем можно прочитать слова, посвященные Тегетгоффу императором:

Императорский флот увековечил память Тегетгоффа, всегда называя один из новейших кораблей в его честь. Даже сегодня один из пассажирских кораблей на Дунае носит имя знаменитого адмирала.

После боя у Лиссы технологическое преобразование флотов продолжало набирать скорость. Деревянные броненосцы уступили место кораблям с железными корпусами, покрытыми стальной броней. Их, в свою очередь, сменили стальные корабли, закованные в закаленную никелевую сталь. Чугунные дульнозарядные гладкоствольные орудия исчезли. Вместо них появились стальные казнозарядные нарезные орудия. Ядра и сферические бомбы сменились цилиндрическими снарядами с улучшенной баллистикой. Традиционный дымный порох был заменен медленно горящим бездымным кордитом, который увеличивал начальную скорость снаряда. Это, в свою очередь, повышало дальность стрельбы, меткость и силу удара. Были созданы гидравлические механизмы, способные погасить отдачу даже самых тяжелых орудий. Появились бронебойные снаряды со стальными колпачками, которые пробивали броню, а не взрывались при ударе о стальную плиту. Усовершенствованные котлы позволили повысить давление пара, появились более мощные паровые машины двойного и тройного расширения, что привело к увеличению скорости и дальности плавания. Все это резко увеличило наступательные и оборонительные возможности кораблей.

Теперь перед флотами всего мира возникла сложная задача — свести все достижения новой технологии в самом лучшем корабле. В бою у Лиссы только итальянский таран «Аффондаторе» имел орудия, установленные в башнях. На всех остальных кораблях они были установлены на батарейной палубе, как и триста лет назад. Необходимость располагать орудия по-новому вскоре стала совершенно очевидна, так как непомерный вес брони не позволял заковать в нее весь корабль от носа до кормы. Те же самые весовые ограничения начали сказываться буквально во всем. Положительная плавучесть стала единственной характеристикой, которую стремились повысить все конструкторы без исключений. Если запас плавучести ограничивает число орудий и толщину брони, где расположить орудия и как распределить броню? Ответить на эти вопросы можно было по-разному, разными получались и корабли. Два круглых броненосца береговой обороны, построенные Императорским Русским флотом в 1872 и 1877 годах, были, вероятно, самыми странными среди остальных курьезных кораблей. В течение двух десятилетий все флоты занимались экспериментами в области военного кораблестроения. Однако понемногу начала вырабатываться общая точка зрения, и к 1890-м годам основные классы кораблей приобрели законченный вид. С небольшими изменениями они составили основу флотов в Первой Мировой войне, а если добавить к ним авианосец — то и во Второй Мировой войне. Это были линейный корабль, крейсер и миноносец.