Ни Клюева, ни Роскин не могли знать, что за их действиями Сталин внимательно следит из Кремля. Произошло это частично из-за действий самой Нины Георгиевны. Несмотря на важность их работы и обнадеживающие результаты, многое не способствовало успешному ходу экспериментов. Собственно говоря, и её решение выступить на заседании Президиума АМН СССР в 1946 году было обусловлено желанием представить высшей научной общественности собственные результаты, чтобы отвести от себя назойливые усилия директора Института микробиологии Вебера примазаться к ним в качестве чуть ли не руководителя. Кстати, в своем выступлении Клюева была исключительно аккуратна в интерпретации терапевтического эффекта препарата "КР". Все слова о "лечении рака", прозвучавшие в выступлении Вебера по радио, были его личной фабрикацией. Ученые понимали, что надо уходить от его "опеки", добиваться перевода группы в иное место. Благодаря докладу на Президиуме АМН это удалось сделать: группу перевели в Институт эпидемиологии, микробиологии и инфекционных болезней АМН СССР.

Но работе ученых многого не хватало, страх за судьбу работы сохранялся, желание заинтересовать ею высших руководителей страны превалировало, и Нина Георгиевна в апреле 1946 года написала первое письмо А. А. Жданову с объяснением главных результатов изучения препарата "КР" (позже стало известно, что Григорий Иосифович уговаривал жену не посылать письма кремлевским лидерам, он не ожидал ничего хорошего от их вмешательства в ход событий). Жданов, конечно, немедленно проинформировал Сталина о крупном успехе советских биологов, а тот потребовал, чтобы Жданов внимательно следил за испытанием "КР". Позже Клюева послала Жданову второе письмо, не предполагая, что её сообщения немедленно оказывались на рабочем столе Сталина, и что тот внимательно за всем следит.

История с "КР" тем временем стремительно развивалась в типичном для Сталина направлении. В августе 1946 года Жданов после встречи со Сталиным в Кремле сделал запись в своей записной книжке, что "было ошибкой разрешать Смиту посещать институт". Немедленно после возвращения советской делегации ученых из США Жданов по распоряжению Сталина вызвал к себе в кабинет Клюеву, Роскина, министра здравоохранения Г. А. Митерева, академика В. В. Парина и еще нескольких причастных к делу крупных советских начальников. Всех приглашенных попросили взять бумагу и ручки и написать объяснительные записки о своих шагах, повлекших передачу на Запад советских секретов и рукописи книги. Все письменные объяснения были тут же переданы на просмотр Сталину.

Поскольку второе письмо Клюевой Жданову еще раньше вызвало у Сталина жгучий интерес, он прочел его еще раз и приказал Жданову и заместителю председателя Совета Министров СССР Клименту Е. Ворошилову встретиться лично с авторами открытия в трехдневный срок. Когда 21 ноября 1946 года Клюева и Роскин пришли в здание ЦК партии, в комнате, где проходила встреча, кроме Жданова и Ворошилова, оказались Владимир Деканозов — кадровый энкаведешник, назначенный заместителем министра иностранных дел и в связи с этим приобретший ранг посла, министр госконтроля Лев З. Мехлис, Генеральный Прокурор СССР Константин Горшенин, несколько человек в ранге заместителей министров и другие официальные лица. Клюевой и Роскину было сказано, что по поручению Сталина советское правительство издаст специальное постановление о создании нужных условий для изучения "КР". 7 декабря 1946 года проект постановления был готов, его направили для утверждения заместителю председателя Совмина Лаврентию П. Берия, 23 декабря он принес Сталину документ на подпись, а тот его подписал. На документе сразу появился гриф "Секретно". Работы над "КР" было приказано вести в глубочайшей тайне.

Но помимо создания условий для изучению "КР" Сталин развил и другую линию. Жданову было приказано подготовить постановление правительства об учреждении в СССР "Судов чести". В царской России такие суды существовали в армии, где офицеры, уличенные в совершении аморальных поступков, подлежали наказанию, а Сталин решил, что в Советском Союзе "Судам чести" подлежали "руководящие, оперативные и научные работники министерств СССР и центральных ведомств… [за] совершенные и антипатриотические, антигосударственные и антиобщественные проступки и действия, если эти проступки и действия не подлежат наказанию в уголовном порядке". Жданов начал готовить положение об этих судах 24 января 1947 года, и Сталин решил, что первыми перед таким судом предстанут Клюева и Роскин.

17 февраля 1947 года оба ученых, ничего не подозревая о готовящемся против них процессе, были приглашены на заседание Политбюро ЦК ВКП(б) в Кремль. Заседание вел сам Сталин. В какой-то момент он взял со стола книгу присутствовавших авторов, пролистал перед членами Политбюро несколько страниц с отчеркнутыми им цветными карандашами фразами, затем поднял её над головой и патетически произнес: "Прекрасная книга". На этом спектакль был завершен, зардевшихся от смущения авторов с миром отпустили, а Сталин перешел ко второму акту разыгрываемого им спектакля.

Он потребовал от присутствовавших членов Политбюро Молотова, Жданова, Берии, Ворошилова, Микояна, Кагановича, Маленкова и Вознесенского высказаться по поводу конкретных планов наказания авторов "прекрасной книги" и тех, кто был замешан в передаче советских секретов американцам. В записной книжке А. А. Жданова, в которую он заносил поручения Сталина, высказанные при личных встречах. появились строки:

В соответствии с принятым Политбюро решением в тот же день 17 февраля министр здравоохранения Г. А. Митерев был снят с поста. На следующий день, 18 февраля, Василий Васильевич Парин — один из создателей и первых руководителей Академии медицинских наук СССР был арестован, обвинен в шпионаже в пользу США и осужден на 25 лет (он был освобожден из заключения после смерти Сталина 29 октября 1953 года и полностью оправдан 13 апреля 1955 года). Вскоре после его ареста Сталин в антракте оперы, на которые он часто приезжал в Большой театр, вызвал в ложу вновь назначенного министра здравоохранения Ефима И. Смирнова и объяснил, как тот должен будет организовать "Суд чести" над Клюевой и Роскиным.

25 марта 1947 года Жданов принес Сталину для окончательного одобрения постановление Советского Правительства "О судах чести в Министерствах и центральных ведомствах" (опубликовано 28 марта того же года под № 758 за подписью Сталина как главы Совета Министров СССР).

14 мая 1947 года Сталин вызвал к себе писателей А. Фадеева, К. Симонова и Б. Горбатова (6) и после двух с половиной часов разговора о размере гонораров за литературные публикации, о командировках писателей, о штатах чиновников в Союзе писателей вдруг перешел к новой теме. Ходя по кабинету, он держал перед ними получасовую речь о недопустимости предательства советских интересов интеллигенцией и сослался на дело Клюевой и Роскиным. Сама мысль о том, что описание советского открытия передали в руки американцев, казалась ему отвратительной, кощунственной. И, конечно, как человек, кристально ясно различавший ситуации, в которых можно наварить политический капиталец, он использовал факт передачи рукописи как показательный пример "низкопоклонства перед Западом". Он потребовал от писателей обратить их талант на то, чтобы пробуждать в советских людях глубокую любовь к Родине, патриотизм, призвать их перестать пресмыкаться перед западными ценностями. Он особо осудил тех, кто считает правильным заимствовать с Запада "всё лучшее", не замечая лучшего у себя на Родине. Говоря о тех, кто готов продать Родину за пустяк, Сталин, по воспоминаниям Симонова, сказал следующее: