Письмо Радаевой поступило в ЦК партии 4 сентября. На следующий день Жданову написал Жебрак (15). 8 сентября 1947 г. в тот же адрес письма, наполненные фактами провалов Лысенко на фоне успехов генетиков, направили И. А. Рапопорт (16) и заведующий кафедрой Московского университета Д. А. Сабинин (17). Написал в ЦК директор Института Биологии Белорусской АН профессор П. Железнов, а 10 сентября краткое письмо направил Жданову крупнейший селекционер П. И. Лисицын. Он писал:

Обращение ведущих ученых к властям страны, казалось бы, не могло остаться безответным, особенно учитывая общественное звучание таких имен как прославленный селекционер Лисицын. Но авторы писем не получили даже строчки ответа. Секретари ЦК партии и их подчиненные молчали. Не могло не сложиться впечатления, что чья-то начальственная рука заткнула всем рот. Повторявшиеся на каждом шагу лозунги о нерушимой связи большевиков с народом очередной раз обесценились: партийное руководство, к которому с надеждой обращались лучшие представители научной интеллигенции, игнорировало обращения, и это было плохим сигналом.

Партком Тимирязевской академии 22 сентября 1947 года рассмотрел статьи в "Литературной газете" и "Правде" и решил, что к заведующему кафедрой генетики и селекции академии Жебраку должны быть применены меры идеологического порядка. 29 сентября к этому решению присоединился Ученый совет академии, а 10 октября такое же решение принял партком Министерства высшего образования СССР (19). Парторганизация Тимирязевской академии постановила передать "Дело Жебрака" в "Суд чести" при Министерстве высшего образования. В соответствии с приказом министра С. В. Кафтанова "Суд чести" (20) возглавил начальник Главка Министерства И. Г. Кочергин — хирург по специальности.

Прежде чем приступать к самому "суду", было решено провести "предварительные слушания", чтобы выяснить степень вины "подсудимого". Тем не менее в этот момент в недрах ЦК единства в отношении того, как поступать с Жебраком, не было. В 1948 году Кафтанов сообщил, что дело дошло до прямой конфронтации: некоторые ответственные сотрудники аппарата ЦК (Балезин из управления кадров ЦК и Суворов — начальник отдела науки ЦК) вначале попытались предотвратить "Суд чести". Суворов даже приезжал для этого в министерство, "доказывая нецелесообразность Суда чести… Только после того, как т. А. А. Жданов дал прямое указание по этому вопросу, противодействие указанных работников аппарата ЦК прекратилось" (21). Конечно, начальник Отдела науки ЦК партии С. Г. Суворов не мог приехать по своей воле в министерство, чтобы затормозить "дело Жебрака". Поверить в то, что он пошел на такой шаг по собственной инициативе, невозможно. Получить разрешение он мог или от своего непосредственного начальника — Г. Ф. Александрова, или у еще более высокого босса — А. А. Жданова. Но согласно Кафтанову, Жданову пришлось изменить свою позицию и дать согласие на проведение судилища. Чтобы устранить всякие преграды, возводимые другими партаппаратчиками, новый Секретарь ЦК Суслов теперь действовал в противоположном направлении и даже поехал сам в министерство, чтобы лично проинструктировать председателя суда Кочергина о том, как нужно организовать суд.

Для Суслова это дело было крайне важно. Если бы показательный процесс над "космополитом и отщепенцем" Жебраком провалился, это могло для него закончиться крахом. За утерю такого выигрышного дела Сталин мог строго спросить. А Сталин хорошо помнил фамилию Жебрака: в мае 1948 года на заседании Политбюро он вдруг сказал, что нельзя "лить воду на мельницу жебраков". Эта его фраза показывала, что фамилия Жебрака и противоборство академика с такой фамилией с Лысенко застряли в памяти Сталина. Случай, когда к суду привлекли депутата и члена Президиума Верховного Совета БССР, Президента академии наук Белоруссии и в недавнем прошлом крупного аппаратчика ЦК, изобличенного в предательстве интересов Родины, был важен. Если бы вдруг Жебрак выскользнул из-под удара, сорвался бы с крючка сталинской инквизиции, это могло привести к падению самого Суслова.

Предварительные слушания продолжались три дня — в пятницу тринадцатого и в понедельник и вторник — пятнадцатого и шестнадцатого октября. На него были вызваны те, кто написал письма протеста в "Правду", а также те, кого Жебрак "оскорбил" своей статьей. Итак, Радаева, Лисицын, Сабинин, Дубинин прибыли на следствие одновременно с Презентом, Глущенко, Турбиным, И. С. Варунцяном. Плюс к ним из Тимирязевки были приглашены дать показания директор академии В. С. Немчинов, секретарь парторганизации Ф. К. Воробьев, член парткома доцент Г. М. Лоза и профессора П. Н. Константинов, Е. Я. Борисенко и И. В. Якушкин.

Собранные свидетельские показания были полярно противоположными. Ученые (Лисицын, Константинов, Сабинин, Радаева, в какой-то степени Дубинин и Борисенко) выразили несогласие с положениями статей в "Литгазете" и "Правде", а команда лысенковцев вместе с руководством Тимирязевки и её партийными руководителями поступок Жебрака осудили (22).

Показательным стало и то, что по приказу из Москвы, буквально на следующий день после завершения предварительных слушаний в Министерстве образования, то есть 17 октября, в Белоруссии было срочно созвано общее собрание Академии наук БССР, на котором Жебрака освободили от обязанностей президента Академии. Белорусские академики послушно проголосовали за это решение. Жебрак мужественно оборонялся и откровенно сказал о своих научных расхождениях с Лысенко, но под конец заседания у него случился сердечный приступ. Обследовавший его в момент приступа директор Белорусского Института клинической медицины профессор С. Г. Мелких предписал ему больничное лечение в течение 2–3 недель и сразу же отправил письмо заместителю председателя Совета Министров СССР К. Е. Ворошилову, лично знавшему Жебрака с времен гражданской войны. Он описал неэтичное и просто грубое поведение коллег Жебрака на этом заседании, продолжавшемся 5 часов подряд. Ворошилов переправил письмо секретарю ЦК Кузнецову (23), но никаких изменений в судьбе Жебрака произойти не могло: воля Сталина была "священна".