Жебрак, прекрасно понимавший механику действия властей в подобных случаях, не внял требованию врачей, а после заседания не лег в больницу и сразу, не появляясь дома, уехал из Минска. Он сначала прятался за городом, а оттуда через два дня перебрался в Москву (как его сын Эдуард Антонович Жебрак рассказал мне в 1994 году, отец позвонил домой, узнал, что к ним уже наведывались чины из органов безопасности и решил исчезнуть с глаз долой). Позже сын говорил мне, что министр госбезопасности Белоруссии Лаврентий Цанава (настоящая фамилия Джанава) требовал передать отцу, чтобы тот вернулся хотя бы ненадолго домой. Жебрак решил, что его хотят арестовать, и приказу не подчинился.

На следующий день после появления в Москве, 20 октября, он направил длинное письмо В. М. Молотову с объяснением того, как его статью в 1945 году одобрили высшие партийные чины, напомнил, что все эти годы он был на важных государственных постах и никто никогда не подвергал сомнению правильность его статьи. Он изложил свои разногласия с Лысенко и сообщил, что не согласен с вызовом на "Суд чести" (24). Ответа на письмо он не получил, да и не мог получить. Пытаясь обороняться, Жебрак еще не понимал, что в его дело вмешался сам Сталин, против мнения которого никто пойти не мог. 1 ноября он написал короткое письмо Суслову, в котором выразил возмущение тем, что Лысенко уговаривает разных людей посылать в "Правду" письма в поддержку статьи Лаптева.

В эти дни Кафтанов всеми доступными средствами разыскивал Жебрака, чтобы вызвать его на "Суд чести". Настойчивость министра могла объясняться тем, что он мог получить инструкцию непосредственно от Сталина. Можно так думать, поскольку Кафтанов был лично знаком со Сталиным еще с начала войны с фашистами: его, тогда еще довольно молодого человека, Сталин назначил руководителем научно-технического совета, которому было поручено изучить вопрос о том, надо ли срочно приступать к созданию атомной бомбы. Поэтому нельзя исключить, что прыть в проведении суда чести могла быть вызвана приказом лично Сталина.

Жебрак позвонил Кафтанову, известил его, что болен, что у него есть врачебное заключение о необходимости находиться на постельном режиме. Тогда 1 ноября Кафтанов отправил с нарочным письмо А. А. Кузнецову, в котором известил секретаря ЦК, что Жебрак злобно манкирует болезнью, скрываясь от суда советской общественности (25). Кузнецов начертал резолюцию на письме министра с просьбой распорядиться срочно созвать суд чести — "Согласен" (26). Суд собрался, но Жебрак опять не явился. Тогда члены суда послали Кузнецову жалобу на безобразное поведение Жебрака и попросили оказать на него, члена партии, воздействие. Они также сообщили, что якобы ранее Жебрак сам назвал дату 30 октября, когда он приедет на суд, но, по их словам, в тот день он позвонил в министерство и сказал, что, обдумав всю ситуацию, решил на суд вообще не являться.

Тогда Кузнецов приказал сотруднику аппарата ЦК Баранникову, который раньше поддерживал контакты с Жебраком, разыскать последнего и приказать ему явиться на суд. Это было сделано, и 21 и 22 ноября 1947 года "Суд чести" над Жебраком состоялся. Он начался в присутствии огромного числа созванных со всей Москвы слушателей. Было разослано 1200 извещений сотрудникам научных и правительственных организаций, около 1100 человек собрались в Большом зале Политехнического музея в центре Москвы (правда, на второй день число зрителей уменьшилось до 800). Ни одного из критиков Лысенко (Константинова, Сабинина, Лисицына или Радаеву) на суд не допустили. Слово было предоставлено только тем, кто уже показал себя сторонниками линии на осуждение "пресмыкательства перед Западом". Жебрак несколько раз просил суд ознакомить присутствующих с его статьей в американском журнале, чтобы убедить их в том, насколько он был патриотичен, но Кочергин с ожесточением в голосе каждый раз просьбу отвергал. Турбин изо всех сил старался опорочить Жебрака, используя звонкие политиканские наскоки, бичуя с размахом и Жебрака, и заслуженных американских ученых, и генетиков вообще. Антон Романович умело и спокойно оборонялся, и жесткого решения в отношении его принято не было. 27 сентября 1947 года "Суд чести" объявил ему общественный выговор, добавив, что решение на 5 страницах будет "приобщено к личному делу профессора Жебрак А. Р." (27).

Такое завершение процесса не могло удовлетворить ни Лысенко, ни Митина. А их ждало еще одно серьезное поражение. В начале октября на биофаке МГУ была проведена представительная научная конференция, на которую съехались ученые со всей страны. На ней с докладами выступили крупнейшие ученые — академик И. И. Шмальгаузен, профессора А. Н. Формозов и Д. А. Сабинин. Они аргументированно, логично и без малейшего налета демагогии рассмотрели взгляды Лысенко, представив аргументы, показывающие полную их ненаучность. Интерес к конференции был огромным. Заседания шли в самой большой — Коммунистической аудитории МГУ, и зал, тем не менее, был переполнен. Как позже была вынуждена признать даже "Литературная газета", в зале находилось более 1000 человек (28). Председательствовавший несколько раз приглашал сидевших в зале сторонников Лысенко выступить с ответом на критику, но те отмалчивались. В том же году Издательство МГУ выпустило сборник докладов на конференции. Через две недели после её завершения Митин ответил на "очередную вылазку вейсманистов-морганистов" в "Литературной газете", опубликовав 18 октября 1947 года свое интервью с Лысенко. Последний под видом осуждения буржуазных ученых Запада откровенно предупреждал оппонентов, что их действия могут быть расценены как политически вредные (29). Лысенко утверждал, что его оппоненты — это придатки и слуги растленной буржуазной науки, приспешники буржуазии. Значимость высказываниям Лысенко придавало то, что Митин, подписавшийся как корреспондент "Литературной газеты", возвеличивал Лысенко ("…главное — Ваши научные доклады не просто "точка зрения": они подтверждены богатейшей практикой").

В этот момент Сталин решил, что пришло время придать гласность письму, посланному ему в конце лета академиком Лысенко и 25 ноября 1947 года разослал записку Лысенко всем членам Политбюро и секретарям ЦК, двум министрам правительства (а также академику Цицину, которого видимо считал сторонником Лысенко):

Теперь Митину надо было дальше развивать наступление на тех, кто критиковал Лысенко. 29 ноября в "Литературной газете" под шапкой "Научные дискуссии" было напечатано большое письмо ученых из МГУ, возразивших Лысенко (31), а рядом были помещены статьи Авакяна, Долгушина, Глущенко и других лысенковцев (32), в которых критиков обвинили в политических прегрешениях. Им был дан совет внимательнее читать Лысенко"… чтобы знать, где искать аргументы против несуразностей и поставленных на изреженном посеве аргументов". В последовавшие затем полтора месяца в "Литературной газете" было опубликовано несколько статей о правильности взглядов Лысенко. Год Митин завершил публикацией собственного заключения по дискуссии, в котором он скомпоновал фразы о "догмах… за которые… цепляются консервативные деятели науки" с выдержками из писем читателей, среди которых якобы было много писем от "переполненных гневом и возмущением… советских ученых, которые отвергают злостную клевету" в адрес Лысенко. Под заключением было помещено заявление редколлегии газеты о том, что она присоединяется к заключению Митина. Поскольку он был членом редколлегии, то получалось, что он сам себя одобрял.