С С. А. Панкратовым историки часто путают его однофамильца – чекиста-троцкиста В. Ф. Панкратова, который также был матросом. В 1923–1926 годах В. Ф. Панкратов был заместителем полпреда ОГПУ в Закавказье, в 1923 году начальником Особого отдела ОГПУ Краснознаменной кавказской армии. В 1926 году – В. Ф. Панкратов был изгнан из ВЧК как троцкист. Впоследствии В. Ф. Панкратов трудился на хозяйственной работе, от своих взглядов никогда не отрекался и, в конце концов, в 1937 году был расстрелян. О бывшем матросе В. Ф. Панкратове упоминал Л. Д. Троцкий в издаваемом за границей «Бюллетене оппозиции» как об «одном из самых ценных и мужественных представителей октябрьских традиций» и жертве «совершенно чудовищного и мучительного следствия, о котором нам здесь нельзя говорить».

Важной ступенькой к блестящей будущей карьере стала ВЧК и для будущего знаменитого полярника и дважды Героя Советского Союза матроса-черноморца И. Д. Папанина. В 1920 году И. Д. Папанин являлся комендантом КрымЧК, неоднократно участвовал в операциях против бандитизма. Получил благодарность за сохранение конфискованных ценностей. Как комендант КрымЧК, И. Д. Папанин лично отвечал за организацию массовых расстрелов в Крыму. Служебные обязанности комендантов губернских и уездных ЧК и их помощников состояли именно в надзоре за заключенными и в организации их расстрелов. При этом коменданты в своем большинстве убивали заключенных собственноручно. В КрымЧК И. Д. Папанин работал под непосредственным началом печально известной Розалии Землячки.

Из воспоминаний И. Д. Папанина: «Пришли к нам два новых работника. Я сразу же проникнулся к ним симпатией: моряки, энергичные, красивые, толковые ребята. В работе они не знали ни сна, ни отдыха». Но вот незадача: поймали их на воровстве: золотишко, брильянты, красивая жизнь, пьянки, девочки… Ну, девочки, еще понять можно. Но воровство у партии ее золота – это уже серьезно. Поэтому молодых и способных матросов-чекистов к расстрелу. «У меня подкосились ноги, – вспоминал позднее И. Д. Папанин, – когда я услышал приговор: расстрел. Ребята молодые – ну, ошиблись, исправятся, они же столько еще могут сделать! Дать им срок, выйдут поумневшими!»

Историк военно-морского флота А. М. Елизаров пишет о чекистской деятельности И. Д. Папанина так: «Непосредственно руководил расстрелами Особый отдел оставшейся в Крыму 4-й армии. В эту армию влилась партизанская армия А. В. Мокроусова. Многие ее моряки пошли в чекисты. Партизаны с 11 ноября в период безвластия дали большой толчок набиравшей силу трагедии. Они поголовно расстреливали офицеров и всех «подозрительных» из почти не оказывавших им сопротивление встречавшихся белых частей, которым они «приказывали сдаваться». Об этих расстрелах, чуть ли не как о славной боевой деятельности, вспоминал участник папанинского десанта Г. Кулиш. Матросы близко были связаны с главными организаторами террора в Крыму Бела Куном и Р. С. Землячкой. Под непосредственным руководством Р. С. Землячки работал И. Д. Папанин. Как он писал, она для него являлась ангелом-хранителем.

Ни ее, ни уполномоченного ЧК по Крыму Реденса, ни, разумеется, себя И. Д. Папанин не называет в числе причастных к массовым расстрелам и бесчинствам, что, конечно, вызывает сомнения. Но то, что в репрессиях, как следует из его мемуаров, виноваты в основном следователи и рядовые местные сотрудники и что вообще террор шёл снизу, можно признать в основном правильным. Обесцениванию человеческих жизней в Крыму в глазах низов в тот период сильно способствовало то, что после разгрома П. Н. Врангеля вновь «бандитами» были объявлены махновцы. Те из них, кто не успел выскользнуть из Крыма, также расстреливались. Факт расстрела не только социально чуждых «правых» врангелевских офицеров, но и «социально близких» «левых» махновцев, недавних боевых соратников, говорил не об объективности выносимых приговоров, а об обесценивании человеческой жизни вообще. Кроме того, перспективы совместной жизни как пробольшевистской, так и промахновской части населения в Крыму. Руководители Бела Кун и Н. И. Махно, например, симпатизировали друг другу, в том числе и матросам, оставляли базу для компромисса между ними только на почве усиления вражды к общему врагу – «буржуям». Особенно в этом плане сложная обстановка сложилась в Севастополе. Там, по разным данным, было казнено наибольшее количество людей – 12–20 тысяч. Туда (наряду с Евпаторией) вошли махновцы вместе с анархиствующими матросами. Они немедленно начали грабежи и насилия, а после объявления их «бандитами», очевидно, немалая часть их растворилась во флотской среде. Все это отразилось на том, что с окончанием Гражданской войны острота социальных конфликтов получила новую подпитку и проявилась как в новом витке махновского движения, так и в обострении социальной обстановки в главных базах флота, на Балтике».

Участие в массовых казнях не прошло для И. Д. Папанина даром. С расшатанной психоневрологической системой он вначале попал в психиатрическую клинику, а затем в конце 1921 года был по «состоянию здоровья» уволен из органов ВЧК. В своих воспоминаниях на склоне лет И. Д. Папанин написал о своей деятельности в ЧК кратко: «Служба комендантом Крымской ЧК оставила след в моей душе на долгие годы». За активную работу в должности коменданта Крымской ЧК И. Д. Папанин был награжден своим первым орденом – Красного Знамени. После выхода из психиатрической клиники Папанин сменил много мест работы, но при этом «фактически связи с ЧК не прерывал». Любопытно, что именно И. Д. Папанин стал прообразом матроса Шванди в пьесе драматурга К. Тренева «Любовь Яровая».

Отметился в ВЧК и будущий классик революционной матросской темы в литературе В. В. Вишневский. В 1919 году из-за ранения назначен помощником начальника Особого отдела ЧК. В. В. Вишневский даже раскрыл нескольких белых агентов, один из которых… маскировался под матроса. Некоторая автобиографичность прослеживается в образе чекиста-матроса Шибаева в пьесе В. В. Вишневского «Незабываемый 1919-й…».

Черноморский матрос П. И. Алексин, служивший в годы Первой мировой войны на дредноуте «Императрица Мария», а после его гибели на однотипном линкоре «Император Александр III», был принят в ВЧК в 1918 году по личному распоряжению Ф. Э. Дзержинского, которому понравился здоровенный, обвешанный гранатами матрос. Сразу же П. И. Алексин был направлен на работу в Самарскую ЧК. Расстрелами и казнями П. И. Алексин не увлекался, его влекла оперативная работа. П. И. Алексин организовывал операции по задержанию политических преступников и уголовников. Не оставались без внимания чекиста крупные хищения и дерзкие грабежи. П. И. Алексин лично участвовал во многих боевых операциях. В 1923 году за борьбу с бандами был награжден золотыми часами. Впрочем, в 1925 году у П. И. Алексин, как и у многих его коллег-чекистов, сдали нервы, он серьезно заболел серьезным психическим расстройством. Поэтому в 1926 году П. И. Алексин вынужден был перейти на другую работу. Впоследствии он занимал ряд ответственных постов в советских учреждениях, много раз избирался депутатом городского Совета. В начале 30-х годов П. И. Алексина избрали председателем краевого общества бывших красных партизан. В 1967 году, к юбилею революции, ветеран был награжден орденом Ленина. Умер П. И. Алексин в Самаре в конце 1960-х годов.

Вообще психические срывы у матросов-чекистов случались нередко. Известен факт, что в Пензе во время расстрела 156 офицеров охранявший приговоренных к казни матрос-чекист не смог перенести картины ужаса, сошел с ума и бежал с места расстрела.