При этом на фронт В. Л. Панюшкин не вернулся, пока не получил личное приказание от В. И. Ленина. Больше никому, кроме вождя революции, матрос-чекист, по-прежнему, подчиняться не желал!

«7 апреля 1919 г. Товарищу Панюшкину. Предписываю Вам немедленно, не теряя минуты, начать погрузку бригады и срочно отправить ее по назначению. Обязываю Вас отправиться на фронт вместе с бригадой. Об исполнении донести. Ленин».

После разгрома колчаковской армии Панюшкин снова назначается комиссаром ВЧК по борьбе с контрреволюцией на Урале и в Поволжье, входит в состав Коллегии ВЧК при Совнаркоме РСФСР.

После окончания Гражданской войны В. Л. Панюшкин занимает различные партийные и государственные должности. Из ВЧК он уходит. В 1919–1920 годах он работает ответственным организатором и инструктором ЦК РКП(б).

Из воспоминаний современника: «Мы сейчас же отправились в Кремль и в доме гоффурьеров, с его сводчатыми потолками, разыскали квартиру матроса Панюшкина. Средних лет, с ампутированной ногой, матрос сидел за самоваром со своим многочисленным семейством, стриженой женой и кучей детей». На самом деле во время одной из реквизиций Панюшкин получил пулю в ногу и долго ковылял на костылях, но ногу ему не ампутировали.

В 1921 году в знак протеста против политики НЭПа В. Л. Панюшкин вышел из РКП(б) и создал собственную Рабоче-крестьянскую социалистическую партию, стоящую на платформе военного коммунизма.

В 1921 году Особый отдел ВЧК Красной армии напал на след заговорщицкой организации под названием Донская повстанческая армия.

Как показало расследование чекистов, в заговор был вовлечен целый ряд командиров Красной армии, в большинстве молодых коммунистов, которые после ликвидации фронтов стали переживать «сильные внутренние политические колебания» в связи с переменой курса РКП(б). Особенно резко эти колебания проявились среди слушателей Академии Генштаба, в стенах которой после X партсъезда возникла тайная группа оппозиционно настроенных по отношению к политике и руководству партии. На ее собраниях обсуждалось внутреннее положение страны, политика. При этом в своих выводах конспираторы были близки к тем взглядам, которые выражала известная оппозиционная группировка бывшего матроса В. Л. Панюшкина.

Впоследствии один из руководителей группы показал, что «в призывах Панюшкина они услышали тот честный голос, который решился открыто выступить против неправильной политики руководства РКП(б) и за которым следует идти. Ратовал за чистый коммунизм». Вскоре кружок военных открыто примкнул к Панюшкину, который в свое время пытался из своих сторонников организовать… новую Рабоче-крестьянскую социалистическую партию, печатал обращения к рабочим, призывавшие отколоться от обюрократившейся РКП(б). Слушатели академии Генштаба командиры Абрамов и Шемполонский предложили Панюшкину повести более широкую работу в армии: организовать на Дону «вооруженную демонстрацию» против Соввласти, дабы заставить правительство вернуться на путь революционной политики. Однако Панюшкин признал преждевременным образование боевых ячеек при РКСП, хотя идея «своей» армии ему понравилась.

После этого военные заговорщики стали действовать на свой страх и риск. В апреле 1921 года Абрамов во время пасхальных каникул отправился на Дон не только, чтобы установить контакт с поднявшим мятеж против советской власти бывшим начдивом Буденного Маслаковым. Поездка Абрамова на Дон еще более убедила военных заговорщиков в верности своего замысла, началась деятельная работа по созданию конспиративной военной организации на Дону. За основу организации были взяты старые кадры участников добровольческих казачьих отрядов, сражавшихся в 1918 году на стороне Красной армии.

Из книги «Русская революция в отступлении» Саймона Пирани, посвященной внутрипартийной борьбе в Москве в 1920 году: «Волна низового недовольства по поводу иерархии и привилегий усилила две наиболее организованные оппозиционные группы в Москве: Бауманскую группу и сторонников Ефима Игнатова. Они действовали на районном и городском уровнях соответственно, и, несмотря на то, что эти группы имели много общего с децистами (Группа демократического централизма, возникшая в начале 1919 года в РКП(б) – РП) и РО (Рабочая организация – РП), у каждой из них было свое политическое лицо. Бауманскую группу сплотило скорее негодование на «верхи», чем какая-либо зафиксированная на бумаге платформа. Ее члены сошлись вместе в августе 1920 года, поставив себе целью взять в собственные руки руководство районным комитетом партии. В октябре они добились своего и удерживали контроль над райкомом на протяжении года.

Насколько важен для формирования группы был опыт Гражданской войны, можно увидеть из биографий троих ее руководителей: Василия Панюшкина, матроса Балтийского флота, служившего во время Гражданской войны членом коллегии ВЧК и чрезвычайным военным комиссаром; П. В. Заколупина, его старого товарища по флоту…»

В июне 1921 года В. Л. Панюшкин был арестован за антипартийную и государственную деятельность и осужден к двум годам принудительных работ. После ареста идейного вождя заговорщиков В. Л. Панюшкина и разгрома его группы военные заговорщики практически всецело съехали на эсеровские лозунги. В 1921 году чекисты сработали быстро, и заговорщики так и не успели приступить к реализации своих планов.

Из воспоминаний одного из заключенных Бутырки: «Кроме членов различных Центральных комитетов было в мужском и женском отделениях одиночного корпуса и десятка полтора-два других заключенных социалистов и анархистов. Особую группу составляли «панюшкинцы» – большевики, образовавшие оппозиционную партию под названием «Серп и молот». Позиция этой партии была, в общем, довольно неопределенна, потому что в ней смешивались самые разнообразные элементы: утописты, требовавшие возврата к политике «октября 1917 года», рабочие, почувствовавшие себя связанными по рукам и ногам опекой бюрократии и начавшие смутно понимать весь вред коммунистической диктатуры, а наряду с ними и темные авантюристы, недовольные тем, что новый курс большевистского правительства вытесняет их с насиженных местечек или мешает им беспрепятственно ловить рыбу в мутной воде террористического режима. Одним из главарей этой пестрой партии был матрос Панюшкин, прославившийся в самые первые дни после большевистского переворота убийством студентов, братьев Ганглез, оставшимся безнаказанным. Новая партия выступила сначала очень шумно, созвала даже публичное Собрание, где резко критиковалась политика правительства. Но вскоре главари ее, в том числе и Панюшкин, были арестованы, и партия распалась. Вся эта компания держалась, в общем, обособленно. Несколько раз они объявляли голодовку, но относились к этой форме протеста мало серьезно и прекращали голодовку, ничего не добившись. В конце концов, они были высланы в Вологодскую губернию. Не знаю, что сталось с остальными, но сам Панюшкин очень скоро «покаялся», напечатал в газетах письмо с нападками на меньшевиков и эсеров, якобы введших его в соблазн, и объявлял о своем возвращении в лоно большевистской партии, которой обещал отныне служить верой и правдой».

В декабре этого же 1921 года его амнистируют, а в 1922 году восстанавливают в РКП(б). Есть сведения, что Панюшкина спас Ленин. Вызвал к себе, провел разъяснительную, душеспасительную беседу и простил.