К соревнованиям по выездке в личном разряде Международной федерацией конного спорта (FEI) была допущена лишь одна россиянка – Елена Сиднева на лошади Артакс-Кондор. Однако, по мнению чиновников Федерации конного спорта России (ФКСР), квалификационный олимпийский отбор успешно прошла и Александра Корелова на Балагуре. ФКСР подала протест в Спортивный арбитражный суд в Лозанне, указав, что FEI нарушила квалификационные нормы отбора на Олимпиаду. 13 августа суд удовлетворил апелляцию, и Корелова была допущена к Играм. По итогам соревнований Корелова заняла 23-е место, а Сиднева – 31-е. Обе спортсменки в финал не попали.

Более драматический инцидент произошел в конном троеборье. 18 августа немка Беттина Хой на лошади Рингвуд Кокату выиграла индивидуальные соревнования и вывела на первое место команду Германии. После завершения соревнований судьи обнаружили при просмотре видеоповтора ошибку Беттины Хой на старте: спортсменка пересекла стартовую линию, но по техническим причинам отсчет времени на табло не начался. Спортсменка сделала круг и начала маршрут во второй раз. Выяснилось, что на самом деле отсчет времени начался во время первого пересечения линии старта, но не сработало само табло. Судьи пересмотрели результаты и начислили сборной Германии 14 штрафных очков за секунды, потраченные Хой на второй старт, что отбросило команду на четвертое место. Чемпионом в командном зачете была объявлена сборная Франции, серебряные медали получила Великобритания, бронзовые – троеборцы США.

Немецкая команда подала протест, апелляционный комитет Международной федерации конного спорта признал, что во время старта Хой табло на стадионе было неисправно, и снял с команды штрафные очки. 19 августа французы, англичане и американцы подали протест в Спортивный арбитражный суд в Лозанне, который его удовлетворил, решив, что апелляционный комитет FEI не имел полномочий для отмены решения судей. В результате поменялся расклад и в личном первенстве: золотую медаль отдали англичанке Лесли Лоу, серебряную – американке Кимберли Северсон, бронзовую – англичанке Пиппе Фаннелл.

Словацкий спортсмен Михал Мартикан, занявший первое место в гребном слаломе на каноэ-одиночке с результатом 187,28 сек., был оштрафован на две секунды за касание веслом ворот. Это произошло сразу после окончания соревнований, однако информагентства успели назвать словака победителем. В итоге золотую медаль получил не он, а француз Тони Эстанже, финишировавший с результатом 189,16. Михал Мартикан же с результатом 189,28 переместился на второе место и получил серебряную медаль.

На соревнованиях по плаванию японец Косуке Китадзима завоевал золотую медаль на дистанции 100 м брассом. Вторым стал американец Брендон Хансен. После заплыва не участвовавший в нем американский пловец Аарон Пирсол обвинил японца в нарушении правил. Пирсол утверждал, что Китадзима во время выхода на поверхность помог себе ускориться, применив движение телом, как в баттерфляе, что запрещено в брассе. Этот маневр якобы дал японцу преимущество над соперниками в 0,2 сек. Никаких официальных протестов американцы не подавали, а судьи повода для пересмотра результатов не нашли. Косуке Китадзима не стал отвечать на обвинения, заявив, что не помнит, что происходило с ним во время заплыва. Через три дня он завоевал «золото» на дистанции 200 м брассом. Брендон Хансен вновь проиграл японцу, финишировав лишь третьим.

А на следующий после этого день отличился сам Аарон Пирсол. Американский пловец выиграл финальный заплыв на 200 м на спине с новым олимпийским рекордом – 1 мин. 54,95 сек., и… был дисквалифицирован судьями за техническую ошибку. Перед финишем арбитры заметили, что пловец, уже оторвавшийся от соперников, перевернулся со спины на бок, чтобы помахать болельщикам рукой, а это запрещено правилами. «Золото» присудили австрийцу Маркусу Рогану, «серебро» – румыну Развану Флоре, «бронзу» – британцу Джеймсу Годдарду. Американцы подали протест, который был удовлетворен. Аарон Пирсол вышел на церемонию награждения и получил золотую медаль. Подписавшие протокол о дисквалификации Пирсола арбитры Феликс Михайлов (Россия), Денис Кадон (Франция) и Суи Кут Вун (Сингапур) были отстранены от дальнейшей работы на Олимпиаде.

Представители сборной России по боксу подали официальный протест в Международную федерацию любительского бокса (AIBA). По информации российской стороны, распределение судей на бои происходило с нарушениями правил: нередко имело место назначение рефери, тогда как должна была проходить жеребьевка; если жеребьевка все-таки проходила, то судьи выбирались не «вслепую». В распоряжении журналистов российского телеканала «Спорт» оказалась любительская съемка, на которой видно, как организаторы турнира достают шары с надписью страны происхождения арбитра, затем кладут их обратно. Также на пленке запечатлено, как то же официальное лицо берет сразу два шара, затем раскладывает их по корзинам, на которых написаны названия континентов. Никакого ответа со стороны AIBA не последовало.

После такой, с позволения сказать, «жеребьевки» неудивительно, что зачастую бои на ринге вызывали не просто нарекания в адрес судей, а иной раз и искреннее возмущение действиями арбитров. В четвертьфинальном бою в весовой категории до 81 кг египетский боксер Ахмед Исмаил выиграл у грека Элиаса Павлидиса. Бой был остановлен рефери после того, как Исмаил провел удар в область левого глаза греческого боксера. В этот момент в счете лидировал Павлидис, и в ответ на решение судей присвоить победу египтянину греческие болельщики закидали ринг пластиковыми бутылками из-под воды. Олимпийский комитет Греции подал протест на результат боя, сопроводив его видеозаписью, на которой зафиксированы удары египетского боксера, нанесенные Павлидису с нарушением правил. Но Международная федерация любительского бокса протест отклонила, мотивировав это тем, что в означенных эпизодах присутствовал элемент случайности. Ну как с ними поспоришь? Толку-то никакого!

Гораздо реже подобные судейские ошибки встречаются в фехтовании, но в Афинах произошел такой случай. В финале командного первенства по фехтованию на рапирах среди мужчин со счетом 45:42 сборная Италии победила сборную Китая. На следующий же день стало известно, что венгерский арбитр Йожеф Хидаши, судивший матч, выведен из состава судей Игр и дисквалифицирован на два года. По мнению Международной федерации фехтования, судья совершил шесть результативных ошибок в пользу Италии. Но итог матча пересмотрен не был.

Абсолютным чемпионом Олимпиады по гимнастике стал американец Пол Хэмм, набравший в многоборье 57,823 балла. Ставшие вторым и третьим корейцы Ким Да Еун и Янг Та Юнг получили соответственно 57,811 и 57,774 балла. Корейская делегация подала протест, посчитав оценки Янг Та Юнга за упражнения на брусьях заниженными. После просмотра видеозаписи соревнований представители Международной федерации гимнастики (FIG) пришли к выводу, что судьи ошибочно оценивали сложную комбинацию Янг Та Юнга на брусьях из расчета 9,9, а не из 10 баллов. Правильная оценка корейца на снаряде составляла, таким образом, 9,812, а общая сумма достигала 57,874 (на 0,051 больше итогового результата Пола Хэмма). Трое судей были отстранены от работы на Играх, но результат соревнований пересматривать не стали. Олимпийский комитет Южной Кореи подал протест в Спортивный арбитражный суд в Лозанне, но получил отказ, поскольку речь шла о судейском решении, а такие дела в компетенцию суда не входят.