1) что отряд Никифоровой по своему идейному и боевому значению был скорее выше среднего (это, конечно, скромный уровень),

2) что главною причиною громкой популярности имени Никифоровой было то, что она была единственной женщиной-военачальницей (много сальных шуток по сему поводу я слышал), притом женщиной с большими странностями (психическими и физиологическими – последнее было общеизвестно), что отряд сражался под черным флагом.

3) Несомненно некоторую роль в озлоблении общего мнения (хотя мне попадались часто и восторженные поклонники якобы героизма и военных способностей Н[икифоровой]), против Н[икифоровой] сыграли бандиты из самых опустившихся отрядов, которым иногда доставалось за их подвиги от Никифоровой».

Лапчинский утверждал, что действия Маруси были скорее нормой, чем нарушением правил деятельности красных отрядов: «не было почти ни одного захудалого командира, который бы не кричал на местных агентов Советской власти, не угрожал расстрелом за „контрреволюционность“ и „буржуазность“ тому или иному местному исполкому или ревкому, не поносил площадною бранью советских комиссаров. Борьба с „буржуазностью“, с „обывательским большевизмом“ была таким же лозунгом дня у этих „инструкторов Советской власти“, как называл себя, например, Муравьев, как и лозунг „вся власть Советам“. Только единицы умели находить достойный тон, только десяток отрядов из нескольких сотен был свободен от такого залихватского пренебрежения к местным властям. Не только местным Советам или советским комиссарам, но и представителям центральной Советской власти Украины приходилось выслушивать от любого коменданта любого эшелона высказывания, вроде „плевать нам на ‚Народный секретариатʻ“, „мы никого не признаем, кроме Антонова (или Муравьева, или Саблина и т. д.)“, „мы самого Троцкого арестуем“ и т. д. – и это от тех, кот[орые] называли себя большевиками».

Не стоит исключать и то обстоятельство, что среди хаоса отступления перед германо-австрийскими войсками весной-летом 1918 г. снабжение красных отрядов стояло на достаточно низком уровне. Впоследствии на судебном процессе в Москве об этом открыто заявила и сама Никифорова: «Целый ряд отрядов имеет поезда снабжения и каждый из отрядов получает и боевые припасы и снабжение с поездов, там, где они были; где не было, там товарищи голодали. Мои товарищи не служили за деньги, у нас не было жалования, получали только по 20–30 рублей в месяц для мелких надобностей, как пойти в баню и т. д. Получала я эти деньги с Александровского завода». В этих условиях, конечно, многие из отрядов вынуждены были заниматься реквизициями, изымая все необходимое у населения или требуя снабжения от местных Советов. Давая оценку действиям Никифоровой, важно иметь в виду тот факт, что Советская власть насчитывала несколько месяцев своей истории и правовое регулирование взаимоотношений между военными отрядами и местными органами власти не было отлажено настолько, чтобы избегать конфликтов и злоупотреблений.

Вероятно, именно анархистские взгляды Маруси стали причиной, по которой она была избрана ответственной за действия, совершавшиеся формированиями разной политической ориентации. Именно так объясняли позорящую Никифорову информацию активисты анархистского движения. Не отрицали они, впрочем, и «неанархические» действия с ее стороны.

В апреле 1918 г. Никифорову арестовали в Таганроге по приказу Военного комиссариата УССР. Отряд был разоружен, а Марусю специально созданная Судебная комиссия судила за разгон Советов в Елизаветграде и самовольное наложение контрибуций на население. Но она была оправдана, получив поддержку командиров многих отрядов, Федерации анархистов Таганрога и местной организации левых эсеров. В ее защиту выступил Антонов-Овсеенко. Следственная комиссия в составе 3 большевиков, 2 анархистов и 2 левых эсеров признала вину Маруси недоказанной. Выяснилось, что в Таганроге нет свидетелей преступных действий подследственной и все сведения носят косвенный характер. Кроме того, среди тех, кто передавал комиссии данные о злоупотреблениях, было немало «пьяных матросов» из мародерствующих отрядов, по своему поведению подходивших под те же, если не более суровые, пункты обвинения. Через три дня Марусю освободили на поруки федерации анархистов, а ее отряду вернули часть оружия и имущества, большая часть которого, по словам Никифоровой, уже была разграблена бойцами других революционных частей. Она утверждала, что было расхищено и имущество четырех коммун, эвакуировавших из Украины под защитой ее бойцов. В результате обыска в эшелоне Никифоровой «ничего подозрительного не нашли – ни дорогих вещей, ни товару, ни денег». Вскоре, по инициативе недовольных оправданием Маруси руководителей КП(б)У была создана следственная комиссия под руководством Г. Пятакова. Но она просуществовала недолго и не успела завершить следствие, хотя Пятаков и утверждал, что при повторном обыске были обнаружены большое количество сахара, слиток серебра, множество драгоценностей, серебряных изделий, дорогие ткани. Впрочем, что в данном случае означает «множество» и «большое количество», Пятаков не сообщает.

После освобождения Никифорова входила в штаб, руководивший обороной Таганрога. До 8 мая ее отряд вел оборонительные бои с немецкими войсками на Дону. Кроме того, они отбили несколько станиц у белых. В мае, в ходе 8-дневных боев у станицы Кагальницкой отряд Никифоровой был почти полностью уничтожен, а Маруся тяжело ранена. Затем она выехала в Царицын, где уже началось разоружение прибывавших с Украины отрядов, а оттуда в Саратов. Эту информацию подтверждает и А. Чубенко, впоследствии адъютант Н.И. Махно, утверждавший, что вместе с Марусей добирался от Таганрога до Царицына. Существует версия, что в Царицыне Маруся объединилась с отрядом Петренко, приняв участие в вооруженном конфликте между ним и царицынскими Советами. Однако достоверность этой истории вызывает сомнение в силу того, что она не всплыла в ходе суда, состоявшегося в Москве 21–23 января 1919 г. Ведь собрать показания против Маруси, участвуй она в царицынских событиях, было бы несложно. Но представитель царицынских военных властей, давший показания, свидетельствовал в пользу Никифоровой, а не против нее.

20 июня 1918 г. Маруся была обнаружена в Саратове и вместе с А. Гладким-Гурскайненом арестована чекистами. Ее перевезли под конвоем в Москву. Никифорова и Гладкий протестовали и на разных станциях призывали матросов освободить их. 9 августа Следственная комиссия Московского ревтрибунала начала расследовать ее дело. Одновременно анархисты начали кампанию в защиту Маруси. Во второй половине августа – сентябре в Московский ревтрибунал были переданы заявления деятелей анархистского движения – П.Д. Турчанинова, А.А. Карелина, А.М. Авсеева, В.С. Бжостека и П. Резникова. Среди ходатаев были известные военные деятели В.А. Антонов-Овсеенко и К.И. Калнин. До 21 сентября 1918 г. Маруся находилась в Бутырской тюрьме, затем была освобождена под поручительство Антонова-Овсеенко и Карелина. При этом оба настаивали на ее реабилитации от обвинений. После освобождения из Бутырок Маруся вышла замуж за Витольда Бжостека, анархиста, впоследствии погибшего вместе с ней. Спустя месяц на I Всероссийском съезде анархистов-коммунистов она выступила с докладом о ситуации на Украине. Съезд принял решение вынести протест против ее ареста, утверждая, «что она предана суду только потому, что ее нагло оклеветали».