В ноябре 1917 – весной 1918 гг. влияние анархистов распространялось и на некоторые из частей Российской армии, сохранявшиеся до демобилизации. Так, в Петрограде анархисты имели сильное влияние в Московском резервном полку, в то время как газета ПФАГ «Буревестник» активно распространялась и среди солдат Павловского полка. По свидетельству Антонова-Овсеенко, сторонники анархо-синдикализма фактически руководили Финляндским полком. Но особенно серьезное влияние анархистских идей прослеживается среди матросов военно-морского флота. Их сторонники преобладали во 2-м Балтийском флотском экипаже, даже направившем своего делегата на общее собрание ПФАК 13 декабря 1917 г. На Черноморском флоте с ноября 1917 г. анархистские организации контролировали команды судов «Алмаз», «Евфрат», «Ростислав» и «Синоп». В ноябре 1917 – феврале 1918 гг. главным комиссаром Черноморского флота был избран анархист В.В. Романец. 23 марта – 30 мая того же года комиссаром Балтийского флота был его единомышленник Е.С. Блохин. В то же время во главе Центрального комитета Мурманской флотилии находился анархист С.Л. Самохин. Под влияние анархистских деятелей Скурихина и Дудина в начале 1918 г. переходит Центробалт. По инициативе П. Скурихина эта организация лишила большевика П. Дыбенко места своего представителя в Верховной морской коллегии. Делегаты Центробалта 5-го созыва не одобрили создания централизованного Рабоче-крестьянского красного флота, выступая за сохранение принципов матросского самоуправления и добровольности. Протестовали они и против вывода Балтийского флота из Ревеля и Гельсингфорса в Кронштадт. Итогом противостояния стал роспуск Центробалта 4 марта 1918 г.

Весьма значительную роль анархисты сыграли в становлении Красной армии. Особенно это проявлялось на местном уровне. Так, они имели большое влияние в штабе по формированию Красной армии Московско-Заставского района Петрограда. На Петроградской городской конференции представителей Красной армии, состоявшейся 30 марта 1918 г., широко проявлялись проанархистские настроения, а одним из наиболее популярных ораторов стал представитель ПФАГ И. Блейхман.

Анархисты заняли видные командные посты. К.В. Акашев в декабре 1917 г. был назначен комиссаром Управления Военно-воздушного флота (ВВФ), а затем председателем Всероссийской коллегии по управлению ВВФ республики, фактически же – главнокомандующим авиацией. В мае-июле 1918 г. он занимает пост военного комиссара Главного управления Рабоче-крестьянского красного воздушного флота. Другой известный анархистский деятель, А.В. Мокроусов, командовал матросскими отрядами и рядом оборонительных районов на территории Украины, а затем в мае 1918 г. – левым флангом Доно-Кубанского фронта. В.С. Шатов в феврале 1918 г. был назначен чрезвычайным комиссаром по охране железных дорог и комиссаром Николаевской железной дороги, руководя эвакуацией из Петрограда. С 18 июля он занимал пост коменданта Центральной комендатуры революционной охраны Петрограда, руководя милицией. В конце 1918 г., во главе отряда петроградских милиционеров, сражавшихся с белогвардейцами Булак-Балаховича, Шатов возглавил ревком в Пскове.

Анархистские отряды сражались в составе войск советских республик, противостоя интервентам и белогвардейцам на Украине, Урале, в Сибири. Так, два отряда самарской Черной гвардии сражались против А.И. Дутова под Оренбургом. Наибольшую известность среди военачальников-анархистов получили А.Г. Железняков, Н.А. Каландаришвили, А.В. Мокроусов, М.Г. Никифорова, П.И. Жебенев и Д.М. Третьяков. Сыграли роль в боевых действиях и лидеры анархистского движения. Отряд кронштадтских матросов, комиссаром которого был Е. Ярчук, в конце 1917 – начале 1918 гг. сражался против Каледина на Дону. И.М. Гейцман вошел в состав военно-революционного штаба, созданного в Чите для противодействия наступлению войск атамана Г.М. Семенова в Забайкалье.

Анатолий Железняков в январе 1918 г. был назначен командующим Дунайской флотилией, действовавшей против румынских войск. На Украинском фронте роль анархистов в это время прослеживается особенно ярко. Так, отряды В. Желябова, Я. Зайделя, М. Касесимова, А.В. Мокроусова и А. Фельдмана действовали под Одессой и на Николаевском направлении. Подразделения Мокроусова, А. Порубаева, М.Г. Никифоровой защищали Екатеринослав и Кривой Рог. Отряд Люблинского и Огаркова оборонял Бахмач, Девицкого – Павлоград, Барона – Полтаву, Воронова – Мариуполь, Максюты – Севастополь.

Пожалуй, одной из наиболее противоречивых, интересных и поистине контрастных фигур среди анархистских командиров была Мария Григорьевна Никифорова (1890–1919), известная как «Маруся». Она происходила из крестьян Черниговской губ., Стародубского уезда и волости, села Печеникова. В то же время в опросном листе следственного дела, открытого в 1918 г., указано иное место рождения: «Екатеринославская г[уберния] экономия Левшино». Это согласуется со сведениями, что в 1917 г. ее мать и сестра проживали на станции Пологи Александровского уезда той же губернии. Вероятно, ее родители действительно происходили с Черниговщины, но как многие промышленные и сельскохозяйственные рабочие, переехав на новое место жительства, не порвали с сельским обществом. В 1904 г. Маруся работала нянькой, торговкой, а затем посудомойкой на водочном заводе в Александровске Екатеринославской губ. В 1907 г. она действовала в группе анархистов в Стародубе, где участвовала в двух экспроприациях – в доме священника и акцизного надзирателя. Вместе с тем она вела агитационную работу в Клинцах Брянской губ., где организовала рабочие кружки и собирала пожертвования на революционную деятельность. 13 октября 1907 г. военный суд в Чернигове приговорил Никифорову к 20 годам каторжных работ и лишению «всех прав и преимуществ». Свой срок она отбывала в Новинской женской тюрьме в Москве. В ночь на 1 июля 1909 г. Маруся совершила побег в числе 13 каторжанок, при помощи революционеров-подпольщиков перебравшись затем во Францию.

В воспоминаниях ее сокамерницы по Новинской тюрьме Е.Д. Никитиной-Акинфиевой изложена версия об интерсексуальности Никифоровой. Никитина неоднократно сравнивает Марусю с «мальчиком», называет ее «он», вспоминает о «старообразном и вместе мальчишеском испитом лице» Никифоровой. По описанию Никитиной, Маруся избегала раздеваться в присутствии сокамерниц: «И от нас она явно пряталась: раздевалась под одеялом, не мылась, как все мы, в уборной до пояса, в коридор выскакивала, обязательно убедившись, что все сидят в камере». Такое поведение вызвало подозрение, возникли слухи, что на самом деле она – мужчина, переодевшийся в женскую одежду провокатор. Кроме того, Маруся влюбилась в сокамерницу, известную эсерку-максималистку Наталью Сергеевну Климову, часто ходила за ней по камере, пыталась обнимать и плакала из-за того, что Климова не отвечала ей взаимностью.

В результате проверки, которую устроила Никифоровой по решению сокамерниц А.П. Гервасий, Маруся признала себя мужчиной: «Действительно, мужчина, вернее – мальчик, зовут Володя. Но история совсем особенная: участвовал в убийстве пристава, потом скрывался в женском платье, был так арестован и осужден. Сидел в одиночке в Чернигове, потом шел этапом в Москву, везде его принимали за женщину. Знает тех-то и те его знают, могут подтвердить. В общем несчастный, просит, ради бога, понять и пожалеть». В итоге же сокамерницы признали Марусю именно интерсексуалом: «это оказался не мальчик и не девушка, а полного и редкого типа гермафродит, т. е. существо, соединявшее в себе признаки и психологию мужского и женского рода. Более грамотные из нас об этом догадались и звали его „Оно“. Он не был провокатором, но половое уродство сказалось на всей душевной жизни – истерической, извращенной и аморальной». Об интерсексуальности Никифоровой в тюрьме ходили легенды: «по тюрьме поползли слухи: у политических сидит какая-то чудная: девка – не девка, мужик – не мужик». Ей предоставили отдельную койку, запретили без сопровождения посещать баню и уборную. Как видим, революционерки оказались готовы признать автономное положение «третьего пола», хотя и не скрывали брезгливо-негативного отношения к этому, давая нелицеприятные оценки «гермафродитизму». С ним Никитина связывает отрицательные качества личности: «Вернее, что это урод, лживое и хитрое создание.». Внешний вид Никифоровой она оценивала как «нелепый». Судя по всему, с нее взяли обещание отказаться от притязаний на любовь Н. Климовой.