Сталин, как пишет Ю. А. Жданов в своих воспоминаниях 1993 года (2), с вниманием и симпатией следил за его учебой на химфаке МГУ и за становлением его взглядов (сведения об этом хранились и в Центральном Политическом Архиве Института марксизма-ленинизма (3)). У высших руководителей партии, как и у самого Сталина, подрастали дети примерно одного возраста. Некоторых из них Сталин откровенно недолюбливал (в частности, младшего сына Анастаса Ивановича Микояна Серго, которого он даже постарался упрятать в тюрьму) или просто не замечал, но к Юрию Жданову относился приветливо и, пока Юрий был студентом химфака МГУ, нередко приглашал к себе поговорить на разные темы с глазу на глаз. Спустя сорок лет, Юрий Андреевич во время наших с ним бесед несколько раз повторил, что и его отец, и особенно тетя очень боялись этих встреч со Сталиным, а несколько раз тетя даже нарочито ездила с племянником к Сталину, чтобы присутствовать при разговорах (и Сталин не мог ей воспрепятствовать, столь она была решительна).

По окончании университета в 1941 году Жданов-младший как свободно владеющий немецким языком работал в немецком отделе Главного Политуправления Красной Армии (занятом пропагандой среди войск противника). После войны он стал специализироваться по философии науки под руководством Б. М. Кедрова, начал интересоваться психологией научного творчества, написал и защитил кандидатскую диссертацию. Для формирования его взглядов важным стало то, что в обширной библиотеке отца оказалось много книг по биологии, в том числе книги Н. И. Вавилова. Тянуло его и к публицистике. Так, в 1945 и 1947 году он опубликовал две статьи в журнале "Октябрь". Последнюю из них, как Жданов узнал много позже от Кагановича, рекомендовал к печати лично Сталин.

В годы учебы в МГУ он проделал под руководством ученика Кольцова В. В. Сахарова небольшой практикум по генетике и убедился в правоте заключений Менделя и тех материалистических выводов, которые словесно "опровергали" лысенкоисты. Он понял, что не красивые слова, а строгость и продуманность законов отличают учение генетиков. Осмеивавшиеся "пресловутые законы Менделя" (фраза Мичурина, повторявшаяся лысенкоистами) неизменно воспроизводились в опытах, вопреки хуле лысенковцев. В то же время Ю. А. Жданову картина противостояния лысенковцев и биологов не казалась черно-белой. Он признавал, что в годы работы в аппарате ЦК партии видел и положительные стороны в деяниях сторонников Лысенко (4).

Встречи и разговоры со Сталиным кончились тем, что в декабре 1947 года он был назначен начальником сектора науки ЦК партии, преобразованного затем в отдел. Он занял относительно независимую позицию. Многие генетики лично посетили (и были приняты!) этот Отдел и оставили свои докладные записки и справки о различных сторонах деятельности Лысенко. Юрий Андреевич, впрочем, указал в воспоминаниях, что часто он встречался и с сотрудниками Лысенко — Столетовым и Глущенко, "общение с которыми было спокойным и деловым".

Жданов-старший, как уже было сказано, относился к Лысенко с прохладцей. Не случайно во многих своих речах с 1946 по 1948 годы, когда он как секретарь ЦК ВКП(б) громил деятелей культуры и науки в СССР, он ни разу не коснулся такой, казалось бы, благодатной темы, как роль выходца из трудового народа Лысенко в укреплении марксистско-ленинских позиций в науке. Об отрицательном отношении Жданова-старшего к Лысенко в частности говорил мне И. А. Рапопорт, упоминавший, что Жданов-старший потребовал от Г. Ф. Александрова детально переговорить с Рапопортом и другими сотрудниками кольцовского института по поводу состояния исследований в генетике и затем информировать его об этих беседах.

Ю. А. Жданов 12 февраля 1948 года послал А. А. Жданову материалы, подготовленные академиком И. И. Шмальгаузеном о научных ошибках Лысенко. К этому он присовокупил свою записку (5). Через две недели (24 февраля 1948 года) он направил уже непосредственно Сталину (копии А. А. Жданову и Г. М. Маленкову) докладную записку "О тетраплоидном кок-сагызе" (6). Этот вопрос тогда был важным для оборонной промышленности, так как резину выделяли из каучуконосных растений кок-сагыза и тау-сагыза. Генетики, используя воздействия на хромосомы, получили растения (тетраплоиды), дававшие больше каучука, отсюда интерес властей к этому вопросу был очевидным. Лысенко же нацело отрицал роль упражнений с хромосомами, обзывал полученные генетиками формы уродцами и тем объективно вредил своей стране. Жданов-младший прямо об этом сказал:

А затем Ю. А. Жданов решился на беспрецедентно смелый шаг. Одной из форм оповещения партийных функционеров на местах о внутрипартийных изменениях служили так называемые партактивы и семинары лекторов обкомов и крайкомов партии. Разъехавшись по местам, слушатели семинаров разносили сообщенную им информацию как руководство к действию. Именно такой семинар состоялся в Москве в Политехническом музее 10 апреля 1948 года. С лекцией о состоянии дел в биологии выступил Ю. А. Жданов. Он был хорошо подготовлен к выступлению. Но вряд ли дело ограничивалось собственными взглядами молодого Жданова. Смелость ему могла придать позиция отца, относившегося к Лысенко, как вспоминал Юрий Андреевич в разговоре со мной в 1987 году, "более, чем скептически". В 1993 году в воспоминаниях он утверждал, что его отец "после мимолетных встреч с ним [Лысенко] говорил о низкой внутренней культуре Лысенко". Молодой партаппаратчик мог опираться также на высказанное ему с глазу на глаз лично Сталиным недовольство научной ограниченностью Лысенко. Жданов вспоминал в своей лекции (я привожу выдержки из этой лекции по её тексту, переданному мне Юрием Андреевичем во время первой встречи с ним у меня дома в конце 1987 года (7)), что во время одной из бесед со Сталиным тот так отозвался о Лысенко:

Правда, Жданов привел в лекции резкие и совершенно несправедливые высказывания Сталина по адресу ученых, которых он открыто третировал и даже рассматривал как людей подлых, "купленных":

Жданов использовал ставшие привычными штампованные фразы о положительном значении новаторской идеи Лысенко относительно яровизации, упомянул — и не раз — "что он [Лысенко] дал очень много нового нашей биологической науке, нашей стране". Но не эти слова заостряли на себе внимание слушателей, а прозвучавшие негативные суждения о Лысенко и отрицательная характеристика позиции "Литературной газеты" и тех философов, которые "вмешавшись в спор [биологов], не только не способствовали его разрешению, но еще больше запутали вопрос" (несколько раз он упомянул в этой связи имя Митина). Работу Лысенко он оценил следующим образом: