Столыпинские аграрные реформы, являвшиеся частью большого Проекта государственных преобразований России, начали разворачиваться в конце 1906 года. Для модернизации сельского хозяйства требовалось создание крепкого индивидуального землевладения. Царь высоко ценил Столыпина и возлагал на него большие надежды. В октябре 1909 года, находясь в Ливадии, он писал Марии Федоровне: «Столыпин провел здесь три дня и каждый вечер просиживал со мною по два часа. У него отличный вид и весьма бодрое настроение; здесь он хорошо гулял. Теперь он в Петербурге переезжает с Елагина в дом министерства внутренних дел, так как он считает неудобным оставаться в Зимнем дворце. По-моему, он прав, и для него гораздо удобнее жить в своем доме, а не во дворце».

Но Столыпина ожидали новые непреодолимые трудности. Когда в 1911 году принятый Думой его законопроект о введении земств в губерниях Севера и Юго-Западном крае был провален в Государственном совете действиями министра внутренних дел П. Н. Дурново и Д. Ф. Трепова, Столыпин обратился к государю с прошением об отставке. Мария Федоровна попыталась вмешаться в ситуацию и защитить Столыпина.

Чтобы лучше понять ситуацию, сложившуюся в Государственном совете, императрица пригласила к себе на беседу В. Н. Коковцова, занимавшего тогда пост министра финансов.

Пытаясь объяснить действия своего сына, Мария Федоровна сказала:

Поразительно точным был и ее прогноз дальнейшего развития событий:

Набиравший силу терроризм беспокоил патриотические круги русской монархической интеллигенции. Ярким свидетельством этого является эпизод, имевший место 6 января 1911 года на сцене Мариинского театра в Петербурге во время представления оперы «Борис Годунов» с участием знаменитого певца Федора Шаляпина. На спектакле присутствовали император Николай II, императрица Мария Федоровна, великая княгиня Ксения Александровна, великий князь Константин Константинович Романов, великая княжна Ольга Николаевна и другие члены императорской семьи.

После сцены Бориса Годунова с детьми занавес неожиданно поднялся и зрители увидели на сцене стоявшего на коленях Шаляпина, а за ним хор в боярских одеждах и застывший в молчаливом ожидании. И вдруг раздались первые звуки гимна «Боже, царя храни» и грянул хор. Удивительный голос Шаляпина славил русского царя. Гимн под аккомпанемент могучего оркестра Мариинского театра был повторен три раза, подхвачен публикой.

Великий князь Константин Константинович, поэт и артист, находившийся в царской ложе, позже вспоминал: «Мы не сразу поняли, в чем дело. Заметив, что поют „Боже, Царя храни“, я вскочил, за мной сидевший рядом Георгий, встала императрица, жена, маленькая Ольга, Ирина и Ксения, встал и сам государь. Сбежался оркестр и подхватил гимн, раздались в зале крики „ура!“ и рукоплескания. Гимн повторили трижды. Императрица выдвинула государя, бывшего в углу ложи и скрытого от публики занавесками, вперед, и он откланялся и актерам и публике. Давно не переживали мы минут такого подъема. Я не мог удержать слез».

Лучшие представители русского общества, писатели, поэты и философы, понимали значение роли монарха в России как верховного лидера нации. Философ Сергей Булгаков в автобиографической повести писал: «Не хочу здесь богословствовать о царской власти, скажу только, что это чувство, эта любовь родилась в душе моей внезапно, молниеносно, при встрече Государя в Ялте, кажется, в 1909 году. Когда я его увидел (единственный раз в жизни) на набережной, я почувствовал, что и Царь несет свою власть, как крест Христов, и что повиновение Ему тоже может быть крестом Христовым во имя Его. В душе моей, как яркая звезда, загорелась идея священной царской власти, и при свете этой идеи по-новому загорелись и засверкали, как самоцветы, черты русской истории; там, где я раньше видел пустоту, ложь, азиатчину, загорелась божественная идея власти Божьей милостью, а не народным произволением. Религиозная идея демократии была низвергнута во имя теократии в образе царской власти».

1 сентября 1911 года в Киевском оперном театре во время представления оперы «Сказка о царе Салтане» в присутствии царя и его семьи был смертельно ранен премьер России Петр Аркадьевич Столыпин.