Что касается Царя, то ему не приходило в голову, что этих несколько сотен человек надо принимать как законных представителей народа, который до сих пор встречал его так восторженно. Мы сразу же почувствовали, что Его Величество не допускает и мысли, что эта Дума, эти депутаты смогут помочь ему в выполнении обязанностей Государя».

Всеми членами царствующего дома, включая и Марию Федоровну, открытие Государственной думы было воспринято «как похороны самодержавия». По свидетельству В. Н. Коковцова, императрица-мать долго не могла успокоиться от того впечатления, которое произвела на нее толпа новых людей, впервые заполнившая дворцовые залы.«…Они смотрели на нас, — говорила она, — как на своих врагов, и я не могла отвести глаз от некоторых типов — настолько их лица дышали какой-то ненавистью против нас всех».

Выслушав Коковцова о перспективах работы правительства с таким составом Думы, Мария Федоровна заявила: «…Все это меня страшно пугает, и я спрашиваю себя, удастся ли нам избегнуть новых революционных вспышек, есть ли у нас достаточно сил, чтобы справиться с ними, как справились с московским восстанием, и для этого — тот ли человек Горемыкин, который может понадобиться в такую минуту…»

8 июня 1906 года в Думе выступил новый министр внутренних дел П. А. Столыпин, в прошлом саратовский губернатор. Он сказал: «Власть не может считаться целью. Власть — это средство для охранения жизни, спокойствия и порядка; поэтому, осуждая всемерно произвол и самовластье, нельзя не считать опасным безволие правительства. Не нужно забывать, что бездействие власти ведет к анархии, что правительство не есть аппарат бессилия и искательства. Правительство — аппарат власти, опирающейся на законы, отсюда ясно, что министр должен и будет требовать от чинов министерства осмотрительности, осторожности и справедливости, но и твердого исполнения своего долга и закона».

20 июня после опубликования заявления правительства о неприкосновенности частной собственности на землю, после того, как стало известно о желании думского большинства принять законопроект о насильственном перераспределении земли, ситуация накалилась, и 9 июля царь распустил Думу. Летом 1906 года Столыпин занял пост премьера.

«Я очень устал головою, хотя телом здоров, — писал Николай II матери 21 июля. — Приходится видеть много народу; между прочим, вчера я принимал Львова (Саратовской губ.) и Гучкова. Столыпин им предлагал места министерские, но оба отказались. Также и Самарин, которого я видел два раза, — он тоже не желает принять место обер-прокурора! У них собственное мнение выше патриотизма вместе с ненужной скромностью и боязнью скомпрометироваться. Придется и без них обойтись…»

В августе 1906 года было предпринято первое покушение на П. А. Столыпина, осуществленное эсеркой З. В. Коноплянниковой, — взрыв его дачи на Аптекарском острове в Петербурге: 36 человек убиты, многие ранены, в том числе дети Столыпина. Среди убитых был генерал-майор Г. А. Мин, командир лейб-гвардии Семеновского полка, стоявший во главе сил, подавивших восстание в Москве. Мария Федоровна, приехавшая с его похорон, писала сыну 16 августа: «Не могу тебе передать, какую скорбь я испытала, узнав о смерти нашего храброго и чудного Мина! Я так надеялась, что Бог не позволит тронуть этого человека, обладавшего такой трогательной и глубокой верой. Я ездила вчера в Петербург, чтобы встретить его на вокзале, где я смогла присутствовать на литии. Было невыносимо тяжело смотреть на его бедную старую мать, жену и дочь в их ужасном горе. Когда же окончатся все эти ужасы преступлений и возмутительных убийств! Мы никогда не будем иметь отдыха и покоя в России, пока не будут истреблены все эти чудовища. Благодаренье Богу, что бедным маленьким Столыпиным стало лучше, и какое чудо, что Столыпин уцелел! Но какое страдание для несчастных родителей видеть подобные мучения своих собственных детей, — и есть множество других невинных жертв. Это до такой степени чудовищно и возмутительно, что у меня нет слов выразить все, что я чувствую». После взрыва царь предложил Столыпину апартаменты в охраняемом Зимнем дворце.

Террористические акты и убийства генералов, губернаторов, градоначальников, судейских чиновников, прокуроров, жандармов, городовых и даже кучеров следовали теперь одно за другим. За один 1906 год были убиты 768 и ранены 820 представителей власти.

19 августа, опираясь на статью 87, правительство внесло подготовленный еще Витте закон о военно-полевых судах. Это касалось губерний, объявленных на военном положении или находившихся в положении чрезвычайной охраны (их было 82).

Грань между политическими и уголовными убийствами почти полностью стиралась. Шайки грабителей похищали крупные суммы денег в банках, заявляя, что это для «нужд революции».

Политический террор в России между тем набирал силу, несмотря на попытки царя и правительства покончить с ним.

Царь с семьей уезжает вскоре в Финляндию, а по возвращении, 27 сентября, сообщает Марии Федоровне:

Речь в Думе нового премьер-министра П. А. Столыпина, сторонника самодержавного строя, с подробным изложением программы государственной деятельности произвела большое впечатление в России. «Когда в нескольких верстах от столицы и царской резиденции, — говорил он, — волновался Кронштадт, когда измена ворвалась в Свеаборг, когда пылал Прибалтийский край, когда революционная волна разлилась в Польше, когда начал царить ужас и террор — тогда правительство должно было или отойти и дать дорогу революции, забыв, что власть есть хранительница государственности и целости русского народа, — или действовать и отстоять то, что ей было вверено».