В эти годы в Польше объявился лже-Дмитрий первый (всего во время смуты было восемь царей-самозванцев, четверых из них выдвинули казаки). Донские и Запорожские казаки, обозленные на Бориса Годунова, сразу же поддержали лже-царевича. Поскольку среди казаков было много бывших беглых холопов, они шли на Москву также в надежде отомстить ненавистным боярам, ну и, понятное дело, «погулять», пограбить. Поляки с запорожцами в 1604 году взяли город Чернигов, но позже, в 1605 году они потерпели поражение от царских войск на Добрыницах в Камаринской волости. Лже-Дмитрий, он же Григорий Отрепьев, бежал в город Рыльск. А царская армия, развивая успех, пошла на силы донских казаков, укрывшиеся в городе Кромы под командой атамана Корелы, считавшегося колдуном. Но, не смогла выбить казаков, насчитывавших 6 тысяч человек, из Кром. Потому что Корела, как пишет Ригельман: «…был воин искусный, а к тому досужий волшебник, и оттого делалось, что войска тут Московские, часто с конными козаками и, на всякий день много раз бившись, ничего важного, ради несоюзства, сделать Кромам не могли и отступили: одна часть войска к Гришке перешла, а другая в бега, третья в сомнении повисла». После поражения царской армии под Кромами у Лжедмитрия открылась прямая дорога на Москву. И он вместе с казаками дошел до нее практически маршем.

После захвата Москвы казаки начали требовать с лже-Дмитрия денег за службу, но тот отказался или не смог им заплатить. Казаки, разозлившись, вернулись к себе на Дон, выбрали нового, своего, лжецаря и снова пошли на Москву, теперь уже воевать с лже-Дмитрием. По дороге до них дошла новость, что тот убит, и совет бояр избрал царем Василия Шуйского. Ему присягнули на верность почти все. И на Руси вполне мог установиться мир. Но этого не случилось из-за того, что донские и запорожские казаки не признали нового царя. Смута продолжилась. Очень долгое время у стен Москвы стояли две армии: одна польская и другая донских казаков под командованием атамана Межакова и князя Трубецкого. И ни у одной не было решающего перевеса для победы. Казачья армия при этом постоянно грабила не только купцов и бояр, но и местное население.

Вскоре после того, как недовольство разорительной смутой со стороны разных волостей достигло предела, была собрана и третья армия — ополчение Минина и Пожарского. Оно двинулось на Москву и напало на польское войско. В решающий момент сражения князь Пожарский понял, что без казаков ему поляков не одолеть, и направил им гонца священника Авраамия Палицина. Тот уговорил казаков и пообещал им богатую награду — велел снять дорогую ризницу в Троицком монастыре и отдать ее казакам. После чего те пришли на помощь к Пожарскому и одолели поляков (правда, потом в казаках пробудилась совесть, и они вернули ризницу в Троицкий монастырь).

На выборах нового царя в 1613 году казачье войско, стоявшее в Москве, сыграло решающую роль. Атаман Петр Краснов писал, что Пожарский сам хотел стать царем, но казаки, присутствовавшие в большом количестве на этом соборе, ему не позволили. Не случайно выбранного государя — одного из самых знатных бояр того времени — Михаила Романова, долгое время называли «казачьим царем».

Романов обещал казакам всевозможную помощь и даже оказывал ее после восхождения на престол. Но это продлилось недолго и вскоре началась эпоха казачьих восстаний…

Во время правления династии Романовых в 17 и 18 веках произошли три крупных восстания, под предводительством Разина, Булавина и Пугачева. Еще Пушкин писал в «Капитанской дочке»: «Не приведи бог видеть русский бунт — бессмысленный и беспощадный». Но он прав лишь отчасти. Все три вышеупомянутых восстания хоть их принято считать русскими крестьянскими бунтами, на самом деле были, прежде всего, казачьими выступлениями. Казаки в них были главными действующими лицами и зачинщиками. Восстания действительно носили беспощадный характер. Но есть основания полагать, что они были не такими уж стихийными и бессмысленными, а, наоборот, хорошо спланированными военными акциями казачьей «верхушки» — ответной реакцией на действия российского правительства, предпринимаемые во вред казакам.

Зачинщик и атаман первого восстания — Степан Разин был очень непростой фигурой. Он принадлежал к казачьим верхам — являлся крестным сыном главного Донского атамана Корнея Яковлева, командовал казачьими войсками в битве с татарами под Молочными водами, входил в казачье посольство, которое прибыло с Дона на переговоры в Москву. Ему незачем было бунтовать, потому что казачья верхушка и так жила припеваючи. Обитая на плодородном Нижнем Дону, она получала из Москвы хорошее жалование за казачью службу по защите южных русских рубежей. И, тем не менее, Разин восстал. Но восстал не сразу, а после очень грамотной подготовки. Дело в том, что еще со времен смуты центром всех казачьих военных выступлений против русского государства был буйный Верхний Дон. Именно туда на пограничную территорию с Московским государством прибывали новые силы в лице беглых, озлобленных крестьян. Там постоянно зрело недовольство как Москвой, так и зажиточным Нижним Доном, который, по мнению верхнедонских казаков, пошел на сговор с Москвой и предал казачьи интересы.

И вот, скорее всего по указу казачьей верхушки, Разин покидает Нижний Дон и приходит на Верхний Дон, чтобы сформировать там армию из недовольных казаков — самых бедных и отпетых людей донского казачества. Но эта армия на Москву сразу не пошла. Степан Разин сначала повел ее на Волгу, где они разграбили большой русский караван, а потом казаки совершили поход в Персию, где им удалось разгромить персидский флот. Вернулась на Дон разинская армия с огромной добычей. А сам Разин стал в глазах казаков чуть ли не богом. Теперь они готовы были пойти с ним не только на Москву, но и в огонь и в воду. А кроме того, разинская армия закалилась в боях и представляла собой грозную силу. Походы Разина стали значимым событием для Войска Донского. Не только Верхний Дон, но и все казачество вспомнило о своем вольном разбойном прошлом. Не случайно родились песни о походах Разина, которые народ поет до сих пор. Например, о том, как атаман ради своих товарищей-казаков выбросил в реку персидскую княжну.

Возвратившись с победой и добычей на Дон, Степан Разин первым делом казнил московского посла «за шпионаж». Это было прямое объявление войны сильному Московскому государству. Но зачем это надо было казакам? Восстание началось в 1667 году, а за десять лет до этого на Руси были предприняты реформы патриарха Никона, вызвавшие на Руси религиозный раскол. С 1652 по 1658 года были переписаны многие церковные книги с целью приблизить православие к католичеству. После того как казаки выразили свое несогласие с этим, церковный наставник Романовых — Филарет угрожал казакам отлучением от церкви.

Разин не только казнил московского посла, но и запретил строить на Дону церкви и выгнал всех новых, московских попов из казачьих церквей. Так же запретил петь нововведенные духовные стихи. Его поведение совсем неудивительно — в молодости Разин некоторое время жил в Соловецком монастыре, а он долгое время оставался главным оплотом старой веры. Таким образом восстание Разина было направлено за сохранение на Дону веры предков и против московского наступления на казачьи вольности и территории.

Разину удалось захватить Астрахань, Царицын. Но восстание не увенчалось успехом. Казачья армия была разгромлена, а Разина четвертовали в Москве.