Японская военная оккупация приносила бесконечную резню и страдания. Филиппины лишились 125 000 человек, как гражданских, так и военных. В Индокитае сотни тысяч человек умерли от голода во время японского правления. По оценкам ООН, под японской оккупацией в Индонезии погибло 4 миллиона человек — они были убиты японцами или умерли от голода, болезней и недостатка медицинской помощи в оккупации. Количество погибших китайских солдат и гражданских лиц оценивается в почти непостижимые 9–12 миллионов. Такой оказалась жестокая реальность японского идеала паназиатского братства. Военная жестокость по отношению к мирным жителям и по сей день остается основной причиной напряжения в отношениях между Японией и ее азиатскими соседями, особенно Кореей и Китаем.

На протяжении периода Мэйдзи японские власти расширяли контроль над айнами — коренным населением острова Хоккайдо — и рюкюскими обитателями Окинавы, что являлось формой колонизации собственной территории. В 1869 году открылся Отдел по колонизации Хоккайдо, чтобы стимулировать переезд японцев на северный остров ради попытки ассимиляции местного айнского населения. Отдел поощрял переселения на северную окраину семейств бывших самураев, предоставляя им займы на покупку земли и выделяя переселенцам дома, утварь, сельскохозяйственные орудия и трехлетний запас еды, поскольку это помогло бы доказать окружающему миру, что Хоккайдо — неотъемлемая часть Японии. В результате туда переселилось около 8000 бывших самураев. В 1890-х годах Отдел расширил свою аудиторию до всего населения, предлагая освобожденные от арендной платы фермы сроком на 10 лет. Количество переселенцев заметно росло.

Японцы пытались ассимилировать коренное население айнов, запрещая им надевать серьги и делать татуировки и заставляя вместо этого носить японскую одежду и прически. Также айнов заставляли брать себе японские имена, говорить по-японски и молиться в синтоистских святилищах. Государство старалось искоренить их образ жизни, основанный на охоте и собирательстве, обучая айнов земледелию и выделяя небольшие участки земли, однако японские переселенцы зачастую обманом выгоняли айнов из их владений. Многие в результате оказались в рыболовецких артелях или в городских трущобах. К концу периода Мэйдзи Хоккайдо оказался без сомнения японским. В 1908 году айны составляли всего 1,25 % населения острова из полутора миллионов человек. Хотя официальная политика государства была направлена на ассимиляцию, обычные японцы продолжали относиться к айнам как к экзотической диковинке, а айнские деревни часто становились своего рода экспонатами официальных антропологических выставок, которые были призваны продемонстрировать отличия традиций цивилизованных японцев от варварских обычаев других народов.

Острова Рюкю на юге были независимым королевством и государством, зависимым от Китая. В период Токугава эти острова контролировало княжество Сацума, которому была выгодна рюкюская торговля с Китаем и Юго-Восточной Азией. Рюкюский суверенитет поддерживали номинально, чтобы избежать конфликтов с Китаем, однако в 1871 году, когда отменили княжества даймё, правительство Мэйдзи предъявило права на эти острова. В 1879 году последнего короля заставили отречься, а острова Рюкю формально вошли в состав Японии в качестве префектуры Окинава. Как и в случае с айнами и другими позднее присоединенными колониями, коренной язык, культура и религия оказались под запретом, так как жителей Окинавы принудили к ассимиляции, но японцы все равно никогда не относились к ним как к равным.

Захватив свою первую заморскую колонию, Япония стала проводить колониальную политику по западным образцам. Тем не менее Японская империя отличалась от своих западных конкурентов в нескольких важных аспектах. Во-первых, она стала империей довольно поздно и сама оказалась жертвой полуколониального положения с несправедливыми торговыми договорами. Важнейшей заботой Японии была стратегическая безопасность государства. Зная о своей слабости по сравнению с другими империалистическими странами, Япония оправдывала принятие статуса империи как меру по сохранению государственной независимости в бурном море геополитики. Лидерам страны требовались «буферные зоны», чтобы защищать и территорию самой Японии, и новые колонии. Другие же империалистические страны, наоборот, имели в основном экономическую мотивацию, заботясь об открытии новых рынков и о новых инвестиционных возможностях в других странах. Европейские колонии часто устраивались для защиты растущих экономических интересов, как в случае Британской Индии и Голландской Ост-Индии. В отличие от них, Япония начала имперскую экспансию не из-за избытка, а из-за дефицита средств. Второе важное отличие состояло в небольшом размере Японской империи, особенно по сравнению с колониями Великобритании, Франции и Нидерландов, простирающихся по всему миру. Японская империя была сосредоточена в приграничных с Восточной Азией регионах, что позволяло максимально увеличить экономические и военные ресурсы. Наконец, последним ключевым отличием было чувство культурного родства с покоренными народами, особенно на Тайване и в Корее. Здесь сыграла роль идея того, что у них с японцами было одинаковое расовое происхождение, общие культурные и религиозные воззрения, ценности и практики. Эта уникальная для империалистических стран ситуация глубоко повлияла на отношение японцев к управлению колониями.

Жизнь в колониях часто описывают черно-белым противопоставлением сотрудничества и сопротивления, однако для многих жителей колонизированных стран это плохо отражает реальность: зачастую они шли на сотрудничество, вынужденные при этом ассимилироваться, чтобы спасти свою жизнь или получить какие-то блага, даже если им было горько из-за утраченной независимости своей страны. Любая успешная колонизация требует какой-то степени сотрудничества и поддержки со стороны колонизированных. Многие представители местных элит и богачи, то есть те, кому было что терять или кто обретал возможности продвижения себя или наживы, сотрудничали с японскими должностными лицами. Большинство из них при этом не считали, что они предают свой народ, однако восприятие сотрудничества с колониальными властями обычно становилось очень болезненным вопросом в период после обретения независимости.

Японские лидеры воспринимали обретение заморских колоний как доказательство высокого уровня цивилизованности своей страны. Как и другие поздние империи, скажем Германия или США, Япония поначалу изучала и зачастую копировала европейские колониальные приемы. Свои колонии они описывали в том же уничижительном духе — как грязные, шумные, варварские и нецивилизованные. Как и их предшественники, японцы обращались к международному праву для оправдания владычества своей страны над другими народами: у японцев была идея «цивилизационной миссии», в процессе которой они приносили блага цивилизации в темные и отсталые страны. Однако японский колониализм в нескольких важных аспектах отличался от своих западных конкурентов. В то время как европейские и американские колонизаторы проводили четкую границу между собой и теми, кем они правили, подчеркивая инаковость колонизированных народов, японская колониальная политика и пропаганда подчеркивала схожесть японцев и покоренных ими народов, по меньшей мере в дискурсе, если не в общественных представлениях или массовой культуре. Когда японцы колонизировали своих восточноазиатских соседей и острова Южных морей, они позиционировали себя как братьев по оружию с такими же расовыми и культурными корнями, которые точно так же страдали от западного империализма.