Война за Крит продолжалась. Правящие круги настолько увязли во внутриполитической борьбе за власть, что едва ли можно было надеяться на последовательную внешнюю политику. Военачальники, как могли, выполняли свои задачи (как они их понимали), никогда не зная наверняка, прибудут ли к ним войска и финансовые средства или нет, и опасаясь того, что случаи мятежей (таких, как мятеж в августе 1649 года, когда янычары потребовали, чтобы их отправили домой после двухлетней службы в траншеях Ираклиона) будут повторяться. Им были нужны не только боевые корабли, но и качественное обеспечение живой силой и материальной частью, без которого они были совершенно не в состоянии функционировать. В июле 1651 года (в то лето, когда происходили волнения лавочников и была убита Кёсем Султан) состоялось первое серьезное морское сражение этой войны. Сильный османский флот вышел из Стамбула и, двигаясь на юг, столкнулся с венецианцами у берегов острова Санторин. За первой стычкой последовало сражение у берегов Наксоса в Кикладах, в ходе которого османский флот был рассеян и около тысячи человек попали в плен к венецианцам.

Во время пребывания Тархонку Ахмед-паши на посту великого визиря война на Крите носила вялотекущий характер, но как бывший главный адмирал, его преемник, Дервиш Мехмед-паша придавал ей гораздо большее значение. Во время его пребывания на этой должности, которую он занял в мае 1654 года, это подтвердилось в первом из четырех морских сражений, состоявшихся в проливе Дарданеллы. Оно закончилось победой османского флота, но венецианцы могли утешить себя тем, что турки понесли значительные потери в количестве шести тысяч человек. Новый главный адмирал Кара Мурад-паша, перегруппировав свой флот возле острова Хиос, совершил внезапное нападение на Тинос, затем столкнулся с венецианцами у острова Милос, после чего взял курс на Фочу, что к северу от Измира, а потом вернулся в Дарданеллы, откуда снова двинулся на юг, к острову Крит, и к осени вернулся в Стамбул. В 1654 году венецианцы сумели избежать второго полномасштабного сражения с османским флотом, но в июне 1655 года объединенный венецианско-мальтийский флот столкнулся с противником в Дарданеллах. На сей раз турки ретировались после шестичасового боя. В июле закончилась ничем предпринятая венецианцами пятинедельная осада расположенной на полуострове Пелопоннес Монемвасии.

В XVII веке победа или проигрыш в морском сражении могли зависеть от смены ветра. В июне 1656 года венецианцы получили преимущество в Дарданеллах не только по причине благоприятного для них течения, но и в силу перемены ветра, прибившего османский флот к берегу пролива, и его корабли не могли уйти от залпов венецианских пушек. Те чувства, которые испытывал главный адмирал Кенан-паша, становятся понятны из его доклада об обстоятельствах поражения. Перед этой битвой он был прекрасно осведомлен о том, что его флот испытывает нехватку личного состава: войска султанских полков отказались нести службу на море, и ему пришлось довольствоваться личным составом худшего качества. Вступив в навязанное венецианцами сражение, он понес больше потерь от дезертирства, так как его люди прыгали за борт и плыли к находившемуся поблизости берегу. Сам он мог лишь бессильно наблюдать за тем, как ветер сносит его корабли, которые загораживают друг друга. Прежде удавалось срывать все попытки Венеции блокировать проливы и таким образом препятствовать морскому снабжению и переброске войск из Стамбула на Крит с целью усиления османских войск, осаждавших Ираклион, но в этом катастрофическом столкновении турки потеряли стратегически важные острова Бозкаада и Лемнос. Удерживая их, венецианцы могли контролировать проливы и выход османского флота в открытые воды Эгейского моря и за его пределы. Если турки легко отделались в 1655 году, писал Мустафа Наима, то в 1656-м они испытали самое сокрушительное поражение на море со времен Лепанто.

Война с Венецией была не единственным международным кризисом семнадцатого столетия, в котором приняла участие Османская империя. После многих лет мирного сосуществования отношения с польско-литовской Речью Посполитой были нарушены событиями на северо-западных рубежах империи, в ходе которых украинские казаки под умелым командованием гетмана Богдана Хмельницкого поднялись против своих польских господ. Составляя планы того, как заставить турок, которые все еще боролись с Венецией за владение Критом, сражаться и на втором фронте, в бассейне Черного моря, король Владислав вел тайные переговоры с казачьими вожаками (одним из которых был Хмельницкий) с целью выяснить степень их желания принять участие в реализации его планов. Хотя его надежды не оправдались, эти дискуссии нарушили статус-кво и пробудили ожидание каких-то улучшений для казаков, которые в Речи Посполитой находились на положении угнетенных. Однако непосредственной причиной восстания под предводительством Хмельницкого стал захват его земель одним польским дворянином. В отличие от многих своих сотоварищей, Хмельницкий не стал мириться с таким поведением, что вызвало целый ряд событий, которые привели к открытой войне между казаками и Речью Посполитой.

Отбросив прежние разногласия, Хмельницкий и татарский хан Ислам Гирей III заключили военный союз, соединивший казачью пехоту и татарскую кавалерию, что было вселяющим ужас сочетанием. Такой прецедент уже имел место в] 624 году, когда казаки поддержали Мехмеда и Шахин Гирея в их сопротивлении попыткам Османской империи восстановить Канбег Гирея на троне Крымского хана. Согласно одному из условий союза, который Хмельницкий заключил с Ислам Гиреем, казаки должны были сжечь 3000 лодок своей черноморской флотилии, которая являлась причиной столь сильного разорения берегов Османской империи, в том случае, если эти лодки будут использованы для набегов на прибрежные земли ханства. Вооруженные силы Речи Посполитой не имели ни единого шанса оказать сопротивление татарско-казачьему войску. Польская армия проиграла несколько сражений, и Варшава стала уязвимой для нападения. Однако этот крымско-казачий союз являлся противоестественным в силу весьма значительного отличия геополитических интересов, и хан следил за тем, чтобы казаки не усилились настолько, чтобы достичь полного успеха своего восстания. Хмельницкий искал других союзников, среди которых он видел султана Османской империи. Последовали долгие переговоры. В 1634 году Московия подписала договор с Речью Посполитой и поэтому не могла ответить на просьбу Хмельницкого о помощи. Однако в 1654 году, когда его бывший крымский союзник уже находился в хороших отношениях с польским королем, Хмельницкий принес клятву верности царю, тем самым форсируя войну за Украину между Московией и Речью Посполитой. Восстание Хмельницкого и его кровавые последствия были важным элементом подготовки к полномасштабной схватке в степи, лежавшей между Речью Посполитой, Московией и Османской империей, схватке, которая достигла кульминационного момента спустя столетие и закончилась разделом Польши, гибелью Крымского ханства и уходом Османской империи из северного Причерноморья.

В 1656 году еще один весьма серьезный бунт в течение нескольких месяцев сотрясал Стамбул и нашел свое отражение в отчетах целого ряда современников. По сведениям жившего в Османской империи армянина Еремии Челеби Кёмюркюяна, который в то время был еше юношей, волнения начались в полдень пятницы, 1 марта 1656 года. Он сидел в лавке, когда раздался страшный шум и лавочники стали закрывать ставни. Важная молитва, которую читали в полдень по пятницам, была отменена, так как офицеры и рядовые султанских полков собрались на своей площадке для парадов и стали выражать недовольство тем, что им выплачивают жалованья неполновесными монетами. В самом этом факте не было ничего необычного, но на сей раз деньги оказались настолько обесцененными, что на рыночной площади 1000 таких асперов оценивалась менее чем в одну сотню полновесных асперов. Войска направились к ипподрому, громогласно требуя казни тех, кто обманул султана Мехмеда, произведя порчу монет. Спустя два дня султан согласился принять зачинщиков бунта. Они принесли клятву верности, обвинили «нескольких черных и белых начальников, а также женщин», возложив на них ответственность за очернение правления султана. В ответ эти начальники слуг гарема резко ответили, что они мол старались только ради него. Это так напугало султана, который был еще ребенком, что он задрожал и стал плакать. Затем он вытер слезы и спросил у бунтовщиков, чего они хотят. В ответ ему преподнесли список из тридцати одного имени, в том числе и его матери, а также главного черного евнуха. Продолжая рыдать, Мехмед попросил, чтобы его мать пощадили. Эта просьба была принята зачинщиками мятежа, но вскоре тела главного черного евнуха и главного белого евнуха были сброшены со стены дворца прямо в собравшуюся внизу толпу, и их изуродованные трупы были повешены вниз головой на одном из платанов ипподрома.