Не прошло и недели с момента вступления в должность Кёпрюлю Мехмед-паши, как движение Кадизадели бросило истэблишменту вызов в виде развернутой программы возврата к фундаментальным принципам веры. Когда они собрались в мечети Мехмеда II, чтобы решить, каким образом привести свою программу в действие, Кёпрюлю Мехмед открыто показал, что намерен полагаться только на «официальные» институты государства и готов прислушаться к советам церковного истэблишмента, положению которого, как религиозного крыла государственного аппарата, угрожало то влияние, которым обладало движение Кадизадели в высших эшелонах власти. Возможно, опасаясь настроений, царивших в обществе, новый великий визирь не стал предавать казни лидеров Кадизадели, на которых он произвел облаву, а лишь выслал их, в том числе и могущественного Юстювани Мехмед-эфенди, на Кипр.

Другим жертвам репрессий, направленных против тех, кого Кёпрюлю Мехмед опасался или обвинял в разжигании беспорядков, повезло меньше. Совершенно беспрецедентной была казнь через повешение православного патриарха, на том основании, что он поощрял христиан Валахии на восстание против османского правления. Дели Хусейн-паша, обвиненный в незаконном присвоении средств, направленных на Критскую войну, поначалу избежал смерти благодаря вмешательству покровителей Кёпрюлю Мехмеда, находившихся в окружении валиде-султан и утверждавших, что такая судьба неприемлема для человека, который так долго и так достойно служил империи. Поэтому шейх-уль-ислам отказался дать фетву, которая санкционировала бы его казнь. Но вскоре сторонников Дели Хусейна обвели вокруг пальца. Спустя два года Кёпрюлю Мехмед пригласил его в Стамбул и сумел убедить султана в необходимости осуществления быстрой казни своего соперника.

Отнюдь не очевидно то, что Кёпрюлю Мехмед-паша сумел бы удержать власть до самой своей смерти, ведь его соперники тешили себя надеждой на то, что если они найдут достаточную поддержку, то у них появится шанс войти во власть. Любой высокопоставленный государственный деятель Османской империи, который пережил недавние рецедивы насилия по принципу «зуб за зуб», мог считать себя счастливчиком, а тот факт, что он остался жив, укреплял его честолюбивые надежды на то, что однажды он станет великим визирем. Продолжали тревожить старые противоречия, и недовольные искали возможности выразить свое отношение и устранить их. Вскоре после своего возвышения Кёпрюлю Мехмед, преследуя цель удалить своего очередного соперника из Стамбула, приказал сместить Сейди Ахмед-пашу с поста главного адмирала, полученного им за ту роль, которую он сыграл в конце лета 1656 года, отбивая нападение венецианцев на Дарданеллы. Взамен он получил должность губернатора Боснии. Султанская кавалерия, которая поддерживала Сейди Ахмеда, была вне себя от гнева. Что касается янычар, то их убедили стать на сторону властей и противостоять кавалеристам, а сам Кёпрюлю Мехмед постарался создать единый фронт, созывая в свой дворец ведущих представителей всех ветвей государственной власти. Султан наделил его полномочиями наказывать непокорных, и был введен комендантский час. Были казнены некоторые высшие офицеры кавалерийских полков и обезглавлены многие кавалеристы, пытавшиеся скрыться в караван-сараях города и на другом берегу Босфора, в Усюодаре. В ходе дальнейших действий, направленных на то, чтобы уничтожить всех возмутителей спокойствия, стали преследовать тех, кто действовал с ними заодно. По элегантному выражению Абдурахмана Абди-паши, который был наперсником и летописцем султана Мехмеда IV, трупы этих людей «стали пищей для морских тварей».

Крит все еще не был завоеван. Венецианцы не сумели надолго заблокировать Дарданеллы, и в 1657 году турецкие корабли, как обычно, появились в Эгейском море. Венецианцы распыляли свои силы, пытаясь удержать острова Базкаада и Лемнос, которые находились слишком близко от Малой Азии и слишком далеко от их баз. После нескольких месяцев ожесточенных морских сражений в Дарданеллах, в ходе которых сам Кёпрюлю Мехмед командовал сухопутной армией, стоявшей лагерем на анатолийском берегу Проливов, турки снова взяли эти острова и казнили тех, кого сочли нарушившими свой долг во время военной кампании, что стало первым признаком того, что режим Кёпрюлю Мехмед-паши отличается от правления его недавних предшественников. Не менее очевидным было и то, что война с Османской империей становилась для Венеции той прорехой, сквозь которую она теряла свои финансы. Некоторые сенаторы понимали, что восстановление нормальных отношений необходимо для того, чтобы предоставить венецианским купцам доступ к рынку Османской империи, который давал им значительную часть доходов. Однако эта прагматическая точка зрения не являлась господствующей. Был момент, когда турки рассматривали (хотя и совсем недолго) возможность заключения мира с Венецией. Это случилось, когда независимая внешняя политика султанского вассала, Георга Ракоши II, заставила их осуществить несколько военных экспедиций в Трансильванию. Но требование отдать им весь Крит оказалось для Венеции неприемлемым.

Ракоши выдавал себя за горячего сторонника венгерских протестантов. С мужеством, источником которого стало заключенное им в декабре 1656 года соглашение со шведским королем Карлом Густавом X, Ракоши двинулся на север, в Польшу. Он сумел переманить на свою сторону соседние вассальные государства Валахию и Молдавию, что встревожило правительство в Стамбуле, так как это угрожало существовавшему балансу сил, поддерживать который было в интересах и Габсбургов и Османской империи. Слабая Речь Посполитая на северо-западных рубежах устраивала Османскую империю гораздо больше, чем земли, захваченные энергичным вассалом и удерживаемые им благодаря шведской поддержке. Между тем, походы Ракоши против Речи Посполитой не принесли ему никакого выигрыша. Весной 1657 года Мелек Ахмед-паша, который в то время был губернатором провинции Ози, приказали поставить на место и самого Ракоши и его союзников. В конце лета к его силам присоединились войска крымского хана, а в 1658 году в поход на Трансильванию выступила армия под командованием самого Кёпрюлю Мехмед-паши, причем в состав его сил вошли и несколько тысяч человек, направленных Речью Посполитой. Ракоши бежал, но и его самого и скитавшихся правителей вассальных княжеств Валахия и Молдавия вскоре заменили менее склонными к независимости или менее поддающимися на уговоры фигурами.

В период после того, как армия, возвратив острова Бозкаада и Лемнос, отправилась на зимние квартиры в Эдирне, и до того, как весной была предпринята экспедиция в Трансильванию, Кёпрюлю Мехмед-паша, стремившийся ликвидировать смутьянов до того, как они смогут затруднить ведение военной кампании, с особенной жестокостью расправился со многими кавалеристами, которым было приказано прибыть в Эдирне. Даже Мустафа Наима не смог хладнокровно отразить это событие: он написал, что берега реки Тунджа в Эдирне были усеяны трупами. Абдурахман Абди-паша записал, что зима в том году была особенно холодной и вызвала много страданий. Снег был таким глубоким, что дороги стали непроходимыми. Возникли трудности с продовольствием, нечем было топить дома, поэтому приходилось рубить фруктовые деревья, которые использовались в качестве топлива.

Кёпрюлю Мехмед-паша сумел навести порядок в Стамбуле и воспользовался плодами побед над Венецией и Ракоши, но его все еще не признавали губернаторы провинций Малой Азии. В конце 1658 года, возвратившись из похода в Трансильванию, он столкнулся с бунтом, который подняли некоторые из них и который, если бы он его не подавил, несомненно положил бы конец его пребыванию в должности и имел бы серьезные последствия для всей правящей верхушки. Восстание закончилось тем, что были с особенной жестокостью убиты приблизительно тридцать пашей (большинство из которых уже давно находились на государственной службе), что на некоторое время положило конец тем частым мятежам, которые в последние десятилетия стали отличительной чертой жизни в Малой Азии.