На Канарских островах инквизиция была создана в 1505 г., когда туда направили Лопеса Трибальдоса с ограниченными полномочиями, так как было решено, что все важнейшие дела будут разбираться в Севилье.

Позднее Великий инквизитор Эспиноза понял, что таким образом был причинен ущерб полномочиям инквизиции, и сделал ее автономной, направив туда энергичного Диего де Фунеса. Последний вскоре организовал на островах аутодафе, привлекшее огромное количество зрителей. Одному обвиняемому, мориску, богатому купцу Фелипе, удалось с семьей и несколькими товарищами бежать на корабле в Марокко, где он многое рассказал об испанской инквизиции. Вскоре, однако, на Фунеса стали поступать жалобы, и из Испании был послан инспектор для проверки. Они с Фунесом подружились и вместе — готовили аутодафе, но одновременно инспектор готовил обвинения против инквизитора. Фунес, был обвинен в присвоении средств инквизиции, сделках с богатыми маврами, принятии подарков и. т. д. — довольно обычные обвинения для людей его положения, находившихся вдалеке от центральных властей. Ему пришлось отчитываться о своих делах в Мадриде.

Многие английские и голландские моряки, предстали перед инквизицией на Канарах, как и многие новообращенные, бежавшие туда из Испании в надежде, что там их оставят в покое. Преследовали и морисков, но чаще обвиняли в кощунстве или колдовстве, нежели в ереси.

Приобрело известность одно дело об обольщении, тем более что в том же десятилетии подобный случай произошел во Франции. В 1747 г. брат Бартоломео Белло соблазнил юную прихожанку Марию Гонсалес. Она забеременела, родила и принесла ребенка священнику, своему любовнику, который сначала окрестил ребенка, а потом удавил его. Так как приговоры за соблазнения были легкими, то неудивительна частота этого преступления, насколько можно судить по сохранившимся записям (при этом вполне возможно, что становились известными далеко не все такие случаи). Из 22 человек, представших перед трибуналом в 1706–1708 гг., по данным Ли, семеро обвинялись в совращении — довольно большой процент.

Инквизиция была ликвидирована на Канарских островах в 1813 г., что вызвало бурную радость населения. Все висевшие в церквах «санбенито» были тогда изъяты и публично сожжены. Радость была несколько преждевременной, поскольку в 1814 г. инквизиция была введена вновь.

Однако в 1820 г. она была упразднена навсегда и инквизиторы покинули Канары. При этом никто не позаботился об архивах, вследствие чего многие интересные документы были утрачены.

В 1581 г. Филипп II присоединил Португалию к Испании и, конечно, сразу обратил внимание на инквизицию. Он пожелал подчинить ее Великому инквизитору, но папа Григорий XIII не согласился на это. Все же активность инквизиции в Португалии в это время возросла, и с 1581-го по 1600 г. состоялось пятьдесят аутодафе.

Теперь, когда обе страны объединились, многие иудеи, жившие в Португалии, решили перебраться в куда более богатую Испанию, надеясь найти там более широкое поле для своих предприятий. После изгнания 1492 г. Хуан II разрешил иудеям жить в Португалии за большую плату, но лишь временно. Многие из них приняли христианство, чтобы им разрешили остаться. Эти-то люди теперь вернулись в Испанию.

К концу XVI в., после двадцати лет испанского господства, Португалия сильно обеднела. Богатые купцы покинули Лиссабон, и некогда многолюдный город опустел. В стране из 700 кораблей оставалось только 200. Народ обвинял в этом иудеев. Еще в начале века, в 1506 г., в столице вспыхнули беспорядки, повлекшие за собой резню иудеев, когда погибли тысячи людей. Португальская инквизиция отличалась еще большей жестокостью, чем испанская. Однако в XVII в. в этой стране появился человек, который стремился к реформам. Это был иезуит Виейра, прибывший сюда в 1661 г. из Южной Америки и пораженный тем, что он увидел. Этот человек воспитывался в иезуитской школе и был разлучен с родителями, которые не желали, чтобы их сын стал иезуитом.

Когда этому человеку было тридцать три года, Хуан IV дал ему место проповедника в придворной церкви; но, видя блестящие способности священника, король решил использовать их и стал посылать своего протеже с дипломатическими поручениями в Голландию, Англию, Францию и в Рим. Затем он был послан миссионером в Бразилию. После того как правительство Португалии решило отозвать оттуда своих миссионеров, Виейра вернулся в Лиссабон и снова стал придворным священником. Но в столице у него были враги, которые добились его изгнания в Коимбру. Не довольствуясь этим, они продолжали преследование Виейры. Все его проповеди записывались и исследовались на предмет выявления еретических мыслей.

В октябре 1665 г. он оказался в тюрьме инквизиции. Ему ставили в вину осуждение преследований еретиков и требование обнародовать имена доносчиков и свидетелей. Кроме того, он выражал мнение, что иудеям можно разрешить занимать государственные должности и даже исповедовать свою религию, если только они не нападают на христиан. Виейра записал несколько случаев преследования еретиков инквизицией, в частности случай некой Марии да Консейсао, которая была обвинена в исповедовании иудаизма и, после дыбы, дважды признавала себя виновной, но перед трибуналом отказывалась повторить признание. Ее отправили на дыбу в третий раз, и на этот раз она не покаялась. Ее приговорили к бичеванию на улицах столицы и к ссылке в Африку. Такой человек, как Виейра, был опасен для инквизиции. Но поскольку он был членом влиятельного и могущественного Общества Иисуса, с ним нельзя было обращаться так же, как с каким-нибудь марраном или мориском.

Он был приговорен к лишению сана и содержанию под арестом в колледже иезуитов по указанию Святой палаты, который он не имел права покидать без согласия инквизиции. Виейру отправили в Котовийский колледж Общества Иисуса в столице.

В то время орден иезуитов оказывал помощь королеве-матери в низложении Альфонса VI и возведении на престол Педру (будущего Педру IV), поэтому влияние иезуитов при дворе было велико. Виейру освободили, и он уехал в Рим. Там он продолжал нападки на португальскую инквизицию, обвиняя ее в жестокости и лицемерии и утверждая, что она не делает различий между правыми и виноватыми.

Между тем в 1671 г. началось новое гонение на новообращенных христиан в Лиссабоне. Все началось с кражи облаток из церкви. Инквизиция сразу же обвинила в этом новообращенных. Сотни людей были арестованы. Но нашлись люди, напуганные этими гонениями, которые обратились с прошением к королю, с тем чтобы преследования были остановлены.

Король решил передать этот вопрос на рассмотрение в Рим. В это время был найден вор; им оказался не новообращенный, а обычный прихожанин. Однако и после этого инквизиторы продолжали задерживать заключенных «для выяснения всех обстоятельств». Папа Климент X попросил инквизиторов выслать дела осужденных, чтобы он мог ознакомиться с ними. Только под угрозой отлучения от церкви они выслали два дела. Король просил папу римского рассмотреть положение в португальской инквизиции и внести какие-то изменения. Но на расстоянии осуществлять такие вещи было трудно, а инквизиторы тогда обладали большим могуществом. Утешением для преследуемых могло стать лишь то, что люди, занимавшие столь высокое положение, пытались добиться справедливости.