В заливе Минамата (Южный Кюсю), известном обилием и разнообразием рыбы, находился химический завод компании Chisso. После войны наивысшим приоритетом было производство продуктов питания, а удобрения и сельскохозяйственные химикаты компании Chisso сделали ее лидером отрасли. Химические отходы завода сливались в залив без переработки. В середине 1950-х годов местные рыбаки заметили резкое снижение количества и качества улова. В заливе плавала мертвая рыба, а местные кошки начали двигаться странно, в судорогах, — некоторые даже бросались в море. На людей тоже напала неизвестная болезнь, характеризующаяся сильными судорогами, которые перемежаются потерей сознания и приступами безумия, и заканчивающаяся комой и смертью. Все жертвы ели много рыбы из залива, и, хотя многие полагали, что проблема связана с Chisso, говорить вслух о вероятности этого было табу: местное сообщество находилось в экономической зависимости от компании. Работая в тесном сотрудничестве с японским правительством, Chisso десятилетиями отрицала свою ответственность. Когда доказательства умножились, компания согласилась выплатить небольшую компенсацию жертвам, чтобы они не выдвигали дальнейших исков. В 1971 году переговоры зашли в тупик, и группа пострадавших устроила сидячую забастовку продолжительностью в 18 месяцев — крупнейшую и самую долгую в истории Японии. Дело Минаматы, все еще не полностью завершившееся, стало трагическим примером ситуации, когда тесные связи между бизнесом и правительством могут навредить простым людям.

Дело Минаматы было не единственным случаем крупного промышленного загрязнения. В 1965 году аналогичный случай загрязнения ртутью был выявлен в префектуре Ниигата: в 1967 году серосодержащий дым с завода Mitsubishi в префектуре Миэ стал причиной множества случаев хронической астмы, а в 1968 году в префектуре Тояма загрязненная вода для полива рисовых полей вызывала отравления кадмием. Вместе с делом Минаматы эти три эпизода известны как «четыре больших иска о промышленном загрязнении». Они стали очень мощными стимулами для гражданских движений против загрязнения окружающей среды, а действия активистов привели к принятию одного из самых строгих в мире законодательств о борьбе с загрязнением. К 1980 году Япония тратила на эту борьбу самую большую долю ВВП среди всех стран планеты.

Другие гражданские движения были связаны с противостоянием сельских жителей промышленному развитию, а также с городским сопротивлением высотному строительству, которое угрожало «праву на солнечный свет». В 1960-х и 1970-х годах фермеры активно противостояли строительству нового международного аэропорта Токио в городе Нарита (ныне аэропорт Нарита). Когда власти стали принудительно отчуждать фермерские земли, некоторые приковали себя к своим домам, выстроили укрепленные лагеря и отказались уезжать. К ним присоединились студенты и участники протестов против войны во Вьетнаме, они вступали в жестокие схватки с полицией. В 1978 году (с семилетним отставанием от графика) строительство аэропорта Нарита было завершено. Однако его открытие пришлось отложить, поскольку в диспетчерскую вышку ворвалась группа, вооруженная «коктейлями Молотова». В день открытия более 6000 протестующих забросали службу безопасности аэропорта камнями и зажигательными бомбами, а полиция задействовала водометы. Долгий конфликт в Нарите стал важным фактором в решении о месте строительства международного аэропорта Кансай в Осаке. Вместо того чтоб опять пытаться изымать земли в густонаселенных районах, его построили на искусственном острове.

Осенью 1945 года для большинства японцев все было в дефиците: жилье, продукты, медицина и даже надежда. Война стоила Японии трети национального богатства и четверти жилого фонда. В то же время со всей империи возвращалось около 6 миллионов военных и штатских, и в разрушенной экономике они создали жестокую конкуренцию за рабочие места. Люди выживали как могли, самыми разными способами. Одни стали бездомными пьяницами, другие присоединились к якудза — преступным синдикатам, которые, помимо прочего, занимались торговлей наркотиками, сутенерством, азартными играми и рэкетом. (Якудза и сегодня активны и широко известны своими замысловатыми татуировками на все тело, некоторые из которых дополняются в течение всей жизни.) Многие женщины стали заниматься секс-работой, обслуживая оккупационные войска, — одни были вдовами или сиротами войны, другие — старшими дочерьми семей, которые они пытались прокормить. Вместо прямого обмена секса на деньги многие брали сигареты или алкоголь, которые потом можно было обменять или продать на черном рынке (ямиити).

Случаи смерти от голода и истощения были обыденностью: за первые три месяца после капитуляции из-за этого погибли около 1000 токийцев. Нехватка продовольствия стала острой еще во время войны, когда американское наступление отрезало страну от импорта продуктов из колоний. Власти призвали население добывать углеводы из желудей и опилок, а недостаток белка восполнять, употребляя в пищу коконы тутового шелкопряда, насекомых и грызунов. После капитуляции ситуация стала еще хуже. Американские продовольственные пайки, состоявшие в основном из пшеницы, давали только от трети до половины суточной потребности в калориях. Из пшеницы обычно делали рамэн или заготовки для дамплингов, продававшиеся в продуктовых ларьках (часто принадлежавших тем, кто вернулся из Китая). Тем не менее жестокий голод постоянно присутствовал в жизни большинства японцев вплоть до 1949 года. Пайки можно было дополнять покупками на черном рынке, но они были непомерно дорогими и формально незаконными. В течение первых трех лет оккупации за сделки на черном рынке арестовывалось более миллиона человек в год. В 1947 году тяжесть продовольственного кризиса продемонстрировал шокирующий инцидент: 33-летний судья, в чьи обязанности входило судебное преследование правонарушителей за деятельность на черном рынке, поклялся есть не больше нормированного пайка и вскоре умер от голода. Горожане ездили в деревню менять вещи на рис и другие продукты. Их образ жизни называли «побегом бамбука» или «луковицей», потому что люди плакали, снимая слои одежды, украшения и другие ценные вещи, чтобы обменять их на еду.

Черный рынок зачастую был единственным местом, где можно было купить продукты, необходимые товары или заработать на жизнь. К октябрю 1945 года по всей стране (большей частью в крупных городах) работали 17 000 рынков под открытым небом, и общая стоимость товаров всего черного рынка превышала годовой национальный бюджет. В ларьках с едой и напитками продавалось все — от тушеного мяса (из отбросов военных баз США) до дешевых алкогольных смесей (касутори), которые могли привести к слепоте или даже смерти. В других палатках продавали или обменивали одежду и хозяйственные товары. Ловкие дельцы изготовляли кухонную утварь из товаров военного назначения: столовые приборы — из мечей, кастрюли — из касок. Бывшие офицеры и коррумпированные чиновники богатели, продавая краденый уголь, бензин, сигареты, цемент и сталь из военных запасов. В целом рынки находились под жестким контролем якудза.

Нехватка жилья больше всего затронула рабочих, потому что американские бомбардировки опустошали районы, где они жили, оставив нетронутыми многие самые богатые районы. Десятки тысяч бездомных семей поселились в трущобах, ютясь вместе в хлипких лачугах из обугленной древесины, гофрированной жести и другого мусора. Некоторые нашли приют в выгоревших трамваях и автобусах, в подземных переходах вокзалов и даже в пещерах, прорытых в кучах мусора на свалках. К 1950 году достойного жилья все еще не было у миллионов японцев.