Ожидавшиеся воздушные атаки на Мальту начались сразу же. В 5.00 11 июня итальянские самолеты атаковали доки и аэродромы. В течение месяца было совершено 36 налетов разной силы, во время которых была повреждена верфь и потоплен плавучий док. На остров было переброшено подкрепление, и к концу месяца там находились 4 «Харрикейна» и 1 «Суордфиш» 767-й эскадрильи Воздушных Сил Флота (Fleet Air Arm — Воздушные Силы Флота).

Мальта была ключом английской средиземноморской стратегии, в этом адмирал Каннингхэм не сомневался. Однако остров был настолько слабо защищен, что не мог использоваться как опора в наступательных действиях, что беспокоило Каннингхэма. 1 июля он потребовал от Адмиралтейства послать на остров дополнительные истребители, заявив, что не может держать там свои легкие силы для атак против итальянского судоходства.

Каннингхэм собирался вывести с Мальты 2 конвоя с персоналом и припасами верфи, которые срочно были нужны в Александрии. Предполагалось, что итальянцы постараются помешать их проводке, и для прикрытия был задействован весь флот.

Каннингхэм вышел из Александрии 7 июля с 3 линкорами, 1 авианосцем, 5 крейсерами и 16 эсминцами. В это время в море находилось итальянское соединение из 2 линкоров, 16 крейсеров, 32 эсминцев. Днем 9 июля оба флота встретились в 50 милях к югу от Калабрии. После серии стычек итальянский линкор «Чезаре» получил попадание 15" снаряда с «Уорспайта», и итальянский флот ушел в Мессинский пролив под прикрытием дымзавесы. Адмирал Каннингхэм захватил владение морем, но его флот находился в 25 милях от берегов Калабрии. Под постоянными воздушными атаками флот провел следующие 24 часа юго-восточнее Мальты, пока линкор «Ройял Соверен» и эсминцы заправлялись там. Тем временем конвои вышли с Мальты и достигли Александрии без помех. Хотя материальный ущерб итальянцев был ничтожным, столкновение имело большие последствия. Королевский Флот показал свое моральное превосходство над итальянским, который оказался не такой уж грозной силой, какой выглядел на бумаге. По мнению адмирала Каннингхэма, итальянские подводные лодки и самолеты, — которые сбросили более 1000 бомб, но добились только 1 попадания в крейсер «Глостер», — не могли помешать его флоту действовать в центральной части Средиземного моря и использовать Мальту как заправочную базу.

Однако целью Каннингхэма было использование Мальты для наступательных операций, и он не был удовлетворен тем, что было сделано для укрепления обороны острова. Поэтому 22 августа он потребовал от Адмиралтейства ускорить решение проблемы. Он предложил к апрелю 1941 года полностью подготовить Мальту к базированию легких сил флота, поддерживаемых бомбардировочной и разведывательной авиацией и 4 эскадрильями истребителей. В конце концов было решено к 1 апреля доставить на остров требуемое количество зенитных орудий, истребители же предполагалось перебрасывать по возможности. Фактически 12 «Харрикейнов» прибыли на Мальту 2 августа, взлетев с авианосца «Аргус», находившегося в западной части Средиземного моря вместе с Соединением Н. Зенитки тоже были отправлены. 30 августа линкор «Вэлиант» (для замены «Ройял Соверена»), авианосец «Илластриес», крейсера ПВО «Ковентри» и «Калькутта» в составе Соединения Н вышли из Гибралтара, чтобы пройти на соединение с адмиралом Каннингхэмом. 2 сентября «Вэлиант» зашел на Мальту и выгрузил 8–3,7" зениток и 10 «бофорсов» вместе с оборудованием и боеприпасами. Адмирал Каннингхэм вышел из Александрии навстречу и воспользовался случаем, чтобы провести на Мальту 3 торговых судна. Итальянский флот не пытался помешать операции. Одно судно было повреждено бомбами, но все-таки доставило груз на Мальту.

13 сентября началось долгожданное наступление в Западной Пустыне. Войска маршала Грациани вторглись в Египет и 16 сентября заняли Сиди-Баррани. Здесь итальянцы остановились, чтобы перегруппировать силы и подготовиться к наступлению на Мерса-Матрух. После этого в Лондоне решили попытаться нарушить коммуникации итальянцев на море. 2 октября Адмиралтейство запросило Каннингхэма, какие подкрепления ему нужны, чтобы организовать действия легких сил с Мальты. Он потребовал еще 5 крейсеров и 4 эсминца типа «Трайбл». Каннингхэм также потребовал перебросить на Мальту эскадрилью бомбардировщиков и разведчиков и в кратчайший срок усилить ПВО базы. Однако он решил не дожидаться подкреплений, а рискнуть, если результаты оправдают риск.

Этот риск сознавали и в Лондоне. 13 октября премьер-министр направил в Имперский Комитет Обороны записку, обращая внимание на необходимость переброски на Мальту не только «Харрикейнов» и зенитных орудий, но и войск для усиления гарнизона. 1 октября на Мальту на борту крейсеров «Ливерпуль» и «Глостер» прибыли 1200 пехотинцев и летчиков. 11 октября пришли 4 судна снабжения, прикрываемые всем флотом адмирала Каннингхэма. Премьер-министр заявил, что переброска флота на Мальту может произойти только после усиления ПВО базы, но он приветствовал возможность базирования там легких сил для наступательных операций, так как чувствовал, что их присутствие обезопасит базу. Воздушное наступление на Мальту к этому времени почти прекратилось, за первую половину октября был только 1 налет. Но губернатор Мальты генерал Добби считал, что активные действия вызовут ответную реакцию итальянцев, которой нужно избегать до апреля 1941 года, когда будут закончены работы по усилению ПВО. Адмиралтейство информировало Каннингхэма, что дополнительные силы прибудут на остров в ноябре, а его флот будет усилен линкором «Барэм» (взамен «Рэмиллиса»), 2 крейсерами и 4 эсминцами. Торпедоносцев пока не было. Хотя эти подкрепления были меньше запрошенных, они позволили бы легким силам действовать с Мальты хотя бы периодически.

Обещанное подкрепление вышло из Гибралтара 7 ноября под прикрытием Соединения Н. Корабли несли 2150 солдат, в том числе 1 батальон пехоты, личный состав 2 — 25-фн полевых батарей, 1 танкового взвода, 1 легкой и 2 тяжелых зенитных батарей. Орудия и танки должны были прибыть позднее. Корабли прибыли на остров 10 ноября, выгрузили войска и пошли на соединение с Каннингхэмом, который вышел 9 ноября, сопровождая на Мальту 5 торговых судов. Операция еще не закончилась, когда 11 ноября «Суордфиши» с «Илластриеса» атаковали итальянский флот в Таранто. Результат превзошел самые смелые ожидания — были повреждены 3 линкора. Эффект атаки тоже был потрясающим. 12 ноября все итальянские корабли покинули Таранто и ушли в базы на западном побережье Италии.

Хотя адмирал Каннингхэм получил подкрепление, а итальянский флот больше не являлся угрозой, сил все равно не хватало. 28 октября итальянцы вторглись в Грецию. Нового союзника нужно было снабжать и поддерживать. Эсминцы Каннингхэма были заняты сопровождением конвоев в Грецию, на Крит, где в бухте Суда была создана передовая база. На Мальту в ноябре тоже пришли конвои из Гибралтара и Александрии. Переброска «Аргусом» «Харрикейнов» была не совсем удачной — у 9 истребителей в полете кончилось топливо, и они упали в море.

К концу 1940 года Средиземноморский флот твердо контролировал центральную часть Средиземного моря, Мальта выстояла и продолжала усиливаться. Хотя возможности держать там корабли пока не было, подводные лодки действовали с нее, КВВС (Royal Air Force — Королевские Военно-воздушные Силы) имели там 50 самолетов первой линии, в том числе истребительную эскадрилью.