Однако и в годы войны советское руководство заботила мысль о грядущих великих стройках. В связи с этим приказом Наркомата внутренних дел от 19 апреля 1942 года в составе Главпромстроя НКВД СССР было организовано Проектно-изыскательское управление гидротехнических работ (Гидропроект) в составе 74 человек, начальником и главным инженером которого назначили Жука С.Я.

После войны одной из самых великих сталинских строек явились сооружение Волго-Донского водного пути и обводнение засушливых земель в районе Нижнего Дона. Следует отметить, что к этому времени существовало две схемы решения данной задачи. Первая схема, разработанная ещё в 1927 году, преследовала чисто транспортные цели: от Волги до Дона прокладывался канал длиной 100 километров с питанием водой из Дона при помощи насосной станции. На канале предполагалось строительство 10 судоходных сооружений с плотинами, которые поддерживали бы движение по водному пути только летом, а зимой и весной плотины должны были разбираться. Глубину канала проектировали в 3,6 метра. Стоимость строительства канала предполагалась от 1600 до 1800 млн. рублей.

Второй вариант схемы был разработан позднее и преследовал цель не только прокладки водного пути, но и создания Куликовского водохранилища для орошения прилегавших засушливых земель. Глубина канала предполагалась до 5,5 метра, а на Дону — до 6 метров. Донские плотины и водохранилище составляли единую систему, обеспечивавшую поступление воды из Дона в канал самотеком, а оттуда — в Волгу и далее в Каспийское море. Ниже главной плотины предполагалось построить 3 крупные и 3 малые гидроэлектростанции. Вода для орошения должна была направляться в Сарпинскую низменность (южнее Сталинграда) и в пойму Дона. Поскольку второй вариант требовал затрат около 6–8 млрд. рублей, в 1940 году было дано указание спроектировать более дешёвую схему Волго-Донского канала. В 1941 году руководитель проекта Жук С.Я. доложил о завершении проработки схемы канала с насосным способом подкачки воды и с одним водохранилищем, что обеспечивало судоходство по самому Дону и позволяло создать сквозной путь с Волги до Ростова-на-Дону. Стоимость новой схемы составляла около 3,5 млрд. рублей. Однако начавшаяся война прервала дальнейшую работу над этой схемой. Несмотря на все трудности, идея прокладки Волго — Донского водного пути никогда не оставляла вождя народов, и решение этой проблемы являлось лишь делом времени.

13 июня 1946 года министр внутренних дел СССР Круглов С.Н. вместе с начальником и главным инженером Гидропроекта МВД СССР Жуком С.Я. направил на имя Сталина И.В. и Берия Л.П. докладную записку, в которой говорилось следующее: «По Вашему указанию НКВД СССР в начале 1941 года разработал ряд схем водного соединения Волги с Доном. Рассмотрев эти схемы, Вы остановились на варианте, по которому Волго-Донской канал начинается у г. Красноармейска на Волге и выходит к Дону у г. Калача; далее путь проходит по реке Дону, глубина на котором обеспечивается попусками воды из крупного водохранилища с плотиной у хутора Кумовского. Дальнейшая разработка проекта была прервана войной». Затем в документе сообщалось, что в 1946 году МВД СССР возобновило проектную работу по Волго-Дону и наметило пути для удешевления принятой Сталиным И.В. схемы. Основным изменением в этом плане являлся перенос плотины к станице Цимлянской, что позволяло сделать полноводным наиболее трудный для судоходства участок Дона и снизить объёмы работ на строительстве предлагавшегося варианта плотины. Примерная стоимость нового проекта составляла около 2,4 млрд. рублей. При этом глубина фарватера на канале и по Цимлянскому водохранилищу планировалась не менее 3,6 метра, а на Дону, ниже Цимлянской плотины, — около 2,4 метра, что близко соотносилось с существовавшей тогда глубиной на Средней Волге. «Если осуществление указанной схемы строительства Волго-Донского водного пути будет признано необходимым, — говорилось далее в докладной записке, — то МВД СССР, обладая кадрами и накопленным опытом при строительстве Беломорско-Балтийского канала имени товарища Сталина, канала Москва — Волга и других гидротехнических сооружений, могло бы выполнить строительство этого пути». Срок завершения всех работ, включая подготовительный период, оценивался в пять лет [47].

После внимательного рассмотрения и общего одобрения высшим руководством страны представленного проекта, 8 марта 1947 года Круглов С.Н. и Жук С.Я. направили на имя Сталина И.В. (в копии Берия Л.П. и Вознесенскому Н.А.) ещё одно письмо по данному вопросу: «В соответствии с Вашим указанием Гидропроект МВД продолжил разработку представленной Вам в 1946 году новой схемы Волго-Донского пути в целях выяснения возможности использования Цимлянского водохранилища для орошения прилегающих засушливых земель. Установлено, что без особых технических затруднений можно оросить и обводнить значительные площади земель по рекам Нижнему Дону, Салу и обоим Манычам». Далее в документе подробно описывалась конкретная схема соединительного канала, ирригационной системы и гидроузла с водохранилищем и излагался порядок реализации этого замысла. «Если предлагаемая схема заслуживает внимания, — обращались к вождю министр и главный инженер, — и к осуществлению Волго-Дона может быть приступлено в ближайшие годы, то целесообразно теперь же произвести необходимые изыскания и составить проектное задание Волго-Донского пути и схему орошения земель из Цимлянского водохранилища. На выполнение изыскательских и проектных работ потребуется времени около двух лет и ассигнований 30 миллионов рублей, в том числе на текущий 1947 год — 6 миллионов рублей. МВД просит Ваших указаний» [47].

На основании представленных материалов было подготовлено постановление Совета Министров СССР «О проектно-изыскательских работах по Волго-Донскому водному пути, орошению и обводнению засушливых земель в прилегающих к нему районах», которое Сталин И.В. подписал 16 марта 1947 года. Согласно этому документу, Министерству внутренних дел СССР (тов. Круглову) поручалось к 1 мая 1949 года выполнить «все необходимые изыскательские и исследовательские работы и составить проектное задание на строительство Волго-Донского водного пути со схемой орошения и обводнения засушливых земель по Нижнему Дону и рекам Салу и Манычам» [47].

27 мая 1947 года начальник и главный инженер Гидропроекта Жук С.Я. провёл более двух часов на приёме у Сталина И.В. в Кремле, где также присутствовали заместитель председателя Совета Министров СССР Берия Л.П., министр финансов СССР Зверев А.Г. и министр сельского хозяйства СССР Бенедиктов И.А. Проект Волго-Донского канала, энергетических комплексов и оросительной системы подвергся всестороннему обсуждению и не вызвал у присутствовавших принципиальных возражений против его реализации. Решено было принимать по этому вопросу правительственное постановление, подготовку проекта которого поручили Министерству внутренних дел СССР.

Помимо этого, в июле 1947 года министр внутренних дел Круглов С.Н. и председатель Мосгорисполкома Попов Г.М. направили на имя Сталина И.В. и Берия Л.П. письмо, в котором говорилось о необходимости строительства в Москве Северной водопроводной станции с забором воды из Учинского водохранилища, образованного при прокладке канала Москва — Волга, и сооружения Курьяновской станции биологической очистки сточных вод (аэрации) на левом берегу Москвы-реки ниже Перервинской плотины.