2 сентября 1918 года в газетах опубликовали воззвание Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета «Всем, всем, всем!» за подписью М. Свердлова, где врагам революции объявлялся беспощадный массовый террор. Поводом к началу красного террора стали два события, произошедшие 30 августа: ранение Ленина эсеркой Фанни Каплан в Москве и убийство председателя Питерского ЧК Моисея Урицкого в Петрограде.

В первый же день красного террора в Петрограде и Кронштадте расстреляли более 900 заложников – из тех, кого арестовали и держали в тюрьмах как «контрреволюционный элемент». Среди них было много узников из духовенства.

Еще в июне в газете «Известия» вышла клеветническая статейка «Коммерческая сделка Патриарха Тихона, протоиерея Восторгова и Ко», после которой был арестован и посажен в Бутырскую тюрьму настоятель храма Покрова Божией Матери на Рву, более известного как храм Василия Блаженного на Красной площади, протоиерей Иоанн Восторгов и с ним еще несколько прихожан. Настоятель обвинялся в том, что с согласия Патриарха разрешил продажу епархиального дома, национализированного новой властью.

5 сентября 1918 года большевики устроили в Петровском парке Москвы публичную казнь заключенных Бутырки, расстреляв как «врагов революции» около восьмидесяти человек. Жертвами красного террора стали протоиерей Иоанн Восторгов, епископ Ефрем Селенгинский, бывший председатель Государственного Совета Иван Щегловитов, бывшие министры внутренних дел Николай Маклаков и Алексей Хвостов и многие другие.

Верующие стали опасаться за жизнь Патриарха Тихона и установили на Троицком подворье круглосуточное дежурство. В случае ареста добровольцы из прихожан должны были ударить в набат и поднять православных на защиту Патриарха. Многие советовали Патриарху Тихону хотя бы на время скрыться за границу, но он говорил в ответ: «Бегство Патриарха было бы на руку врагам Церкви, пусть делают со мною все, что угодно».

В октябре 1918 года большевики отмечали первую годовщину советской власти. В Москве прошла демонстрация – пародия на крестный ход: вместо икон и хоругвей демонстранты несли красные флаги и портреты вождей революции.

13(26) октября Патриарх Тихон направил в Совет народных комиссаров «праздничное послание», где по-своему подвел итоги власти большевиков: «Целый год держите в своих руках государственную власть и уже собираетесь праздновать годовщину октябрьской революции. Но реками пролитая кровь братьев наших, безжалостно убитых по вашему призыву, вопиет к небу и вынуждает нас сказать вам горькое слово правды…»

Патриарх Тихон обвинял новую власть в братоубийственной гражданской войне, заключенном большевиками позорном Брестском мире, повсеместных арестах и казнях епископов, священников, монахов и монахинь, в чудовищной клевете на Церковь. «Да, мы переживаем ужасное время вашего владычества, и долго оно не изгладится в памяти народной, омрачив в ней образ Божий и запечатлев в ней образ зверя», – Патриарх открытым текстом называл власть, поставившую своей целью уничтожение Церкви, сатанинской.

В ночь с 24 на 25 ноября 1918 года по распоряжению ВЧК Патриарх Тихон был подвергнут домашнему аресту. В его покоях устроили обыск – искали воззвания к Белой гвардии или компрометирующую переписку с иностранцами.

Но ничего не нашли: Патриарх Тихон не позволял втягивать себя в политическую борьбу.

Русский эмигрант Григорий Трубецкой вспоминает, как летом 1918 года навестил Патриарха Тихона на Троицком подворье: «Я ехал на юг, в Добровольческую армию, рассчитывая увидеть всех, с кем связывалась надежда на освобождение России. Я просил разрешения святого Патриарха передать от его имени, разумеется, в полной тайне, благословение одному из таких лиц, но Патриарх в самой деликатной и в то же время твердой форме сказал мне, что не считает возможным это сделать. Ибо, оставаясь в России, он хочет не только наружно, но и по существу избегнуть упрека в каком-либо вмешательстве Церкви в политику».

В марте 1919 года на VIII съезде партии большевиков было отмечено, что строительство светлого будущего существенно тормозится из-за «связей капитала с религиозной пропагандой». Съезд принял программу новых антирелигиозных мероприятий, и одним из ее «ударных» пунктов стала кампания по вскрытию и изъятию из храмов мощей святых угодников. Повсеместное осквернение святынь совершалось якобы «по почину и настойчивому требованию трудящихся масс».

В храмы и монастыри являлись специальные комиссии, так называемые «тройки», вскрывали раки, и если мощи не были в целости, их выставляли в целях атеистической пропаганды на всеобщее обозрение. Борцы с Церковью не понимали, что останки святых, сохранившиеся в виде костей, а не целого тела, это тоже святые мощи. Мощи преподобного Александра Свирского, лежащего в теле, объявили восковой куклой.

Патриарх Тихон обратился к председателю ВЦИК М. И. Калинину, пытаясь объяснить, что вскрытие мощей является неправомерным действием даже с точки зрения декрета об отделении Церкви от государства и принятой в июле 1918 года Конституции РСФСР. «Мощи, канонизация, восковые свечи – все это предметы культа. И ныне во имя попираемой идеи свободной совести приходится взывать к власть имущим в РСФСР, как обратился когда-то Донат к Константину Великому со словами: „Какое дело государству (особенно атеистическому) до Церкви?“ – надеялся достучаться Патриарх до здравого смысла руководителей безбожного государства. Но антирелигиозная кампания в стране набирала обороты, во многих городах изъятие мощей происходило с применением оружия, сопровождалось арестами священнослужителей и активистов-прихожан.

12 июня 1919 года на Патриарха Тихона было совершено покушение. Патриарх выходил после службы из Храма Христа Спасителя, когда к нему подбежала некая женщина и ударила ножом в бок. К счастью, рана оказалась не смертельной:

Патриарха спас кожаный пояс на подряснике, смягчивший удар ножа. Келейник Патриарха Яков Полозов и кучер Иван Гаврилович задержали преступницу и отвели в участок, но власти замяли расследование дела и преступницу вскоре освободили, якобы по состоянию психического здоровья. В окружении Патриарха многие были уверены, что покушение было инспирировано самими чекистами.

В своей первой после выздоровления проповеди в Храме Христа Спасителя Патриарх Тихон упомянул и о покушении, сказав с присущим ему спокойствием: «Если мне суждено прожить мало дней и умереть от ножа, от расстрела, или иною наглою смертию, и не будут знать место погребения – да будет воля Божия: я не лучше собратий моих, которые так умирали».

Летом 1919 года многим казалось, что с властью большевиков вот-вот будет покончено. К началу осени Добровольческая армия под командованием А. И. Деникина контролировала почти всю Украину, взяла Курск, Воронеж, Орел и продвигалась к Москве. Большевики были в панике и арестовывали всех, на кого падало хоть какое-то подозрение в пособничестве белогвардейцам.

В декабре 1919 года Патриарх Тихон был вызван в ЧК. Вместе с ним на Лубянку отправился по доброй воле протопресвитер Николай Любимов, ставший свидетелем допроса. Больше всего чекистов интересовало, передавал ли Патриарх через Камчатского епископа Нестора благословение адмиралу Колчаку.

– Нестора знаю, благословения же не посылал, и посылать