Мусульманские участники набегов и пираты-христиане из этих государств Варварии веками угрожали венецианскому судоходству. Венеция считала Алжир, Тунис и Триполи подданными султана Османской империи и тщетно уговаривала султана заставить их соблюдать условия мирных договоров, в соответствии с которыми он обещал покровительство венецианским торговым судам. Правители стран Варварского берега теоретически признавали власть султана и поставляли людей для его флота, но находили предлоги для того, чтобы не повиноваться его приказам по защите торговых судов. Они щадили лишь суда тех стран, которые заключали с ними договоры напрямую. С другими, например с Венецией, они считали себя в состоянии войны.

Пираты Варварского берега делали рейсы венецианских кораблей в Западное Средиземноморье непрактичными (нецелесообразными), но Сиятельнейшая успешно патрулировала Адриатику и Левантийское море (то есть восточную часть Средиземного моря), несмотря на мавританских пиратов, которым попустительствовали турецкие наместники. В 1638 году галерные флотилии Алжира и Туниса, составлявшие всего 16 галер, вошли в Адриатику в то время, когда венецианский флот, состоявший из 28 галер и 2 галеасов, ушел на Крит. Когда флот вернулся, пираты нашли убежище в Албании и укрылись под защитой турецких пушек в Валоне. Устав блокировать бухту и встревоженный сообщением о том, что на помощь пиратам идет еще одна флотилия, венецианский адмирал приказал галеасам открыть огонь по крепостям, а галеры захватили и отбуксировали пиратские суда, освободив 3600 пленников. Договоры Венеции с султаном даровали ей право уничтожать корсаров-мусульман на Адриатике, но султан пришел в ярость, узнав об обстреле его крепости. Войны удалось избежать только потому, что в то время все помыслы султана были заняты войной с Персией.

Турки по-прежнему представляли главную угрозу для остатков морского владычества Венеции. Хотя в начале XVII века Османская империя утратила часть своей былой мощи и стремления к экспансии, это по-прежнему была огромная империя, обладавшая большими военными ресурсами. На суше она представляла собой непосредственную угрозу владычеству Венеции над Адриатикой, так как управляемая Венецией часть Далмации в XVI веке сократилась до узкой полосы, а в Албании Венеция почти не имела точек опоры. На море турецкая угроза была не столь прямой, пока Венеция удерживала острова Ионического моря и Крит. Но Крит в руках христиан, с точки зрения турок, угрожал их сообщению в пределах своей империи. Когда рыцари-иоанниты забрали у флотилии, возвращавшейся из Александрии в Константинополь, добычу, включавшую представительниц султанского гарема, совершавших паломничество в Мекку, султан оснастил мощную армаду. Он сделал вид, что флот собирается напасть на Мальту, а на самом деле флотилия высадилась на Крите, куда рыцари зашли пополнить припасы по пути домой. Напасть на Крит было легче, чем на Мальту, а обладание островом было одинаково важным в подавлении набегов пиратов-христиан на восточное побережье Средиземного моря.

По экономическим подсчетам, оборона Венецией Крита, возможно, не стоила расходов. Но сдача Крита могла означать непосредственную турецкую угрозу для Адриатики, и национальная честь требовала защищать остров.

В последующей и еще двух войнах (всего их было три в 1645–1718 годах) Венеция сражалась с турками в Далмации, а также на Эгейском и Ионическом морях. Греческое население Крита почти не выказывало интереса в битве с турками ради того, чтобы оставаться под властью Венеции, но в горах Далмации многие крестьяне, особенно морлаки, охотно сражались с турецкими правителями. Поэтому Венеция получила значительные приобретения в Далмации. При поддержке немецких канониров, которым Венеция поставляла боеприпасы, морлаки взяли на первый взгляд неприступную крепость Клис, расположенную на пути, ведущем от Спалато (Сплита) в глубь материка. Позже были завоеваны земли за Зарой и Сплитом и вокруг Которского залива, так что венецианские владения в Далмации утроились. Таким образом Венеция расширила свою власть на адриатическом побережье.

На море Венеция выиграла большинство сражений в войне за Крит, но все же не сумела помешать туркам захватить остров. Венецианские стратеги давно поняли, что Крит невозможно защитить с самого Крита. Его можно было отстоять, только применяя морскую силу, чтобы перехватить любую наступающую армию или прорвать ее пути сообщения. Поняв, что целью турок является Крит, а не Мальта, венецианцы быстро мобилизовали огромный флот, который дополнялся галерами с Мальты, из Папской области, Неаполя и Тосканы. Каждая из этих областей посылала от пяти до шести галер в помощь Венеции. Все христиане-крестоносцы или корсары понимали, чем им грозит захват Крита турками, и эскадры, которые раньше готовили для плавания в страны Леванта, в военное время действовали в связке с венецианским военным флотом; по крайней мере, Папская область и Мальта присылали свои галеры почти каждое лето. Хотя подкрепление добавило живой силы, корабли перемешались и ослабили цепь командования. В 1645 году адмирал Папской области добился высшего ранга. Кем бы ни был главнокомандующий, всякое решение подчинялось военному совету, в котором велись ожесточенные споры. Христианские силы, собранные в 1645 году, насчитывали 60–70 галер, 4 галеаса и около 36 галеонов – достойная армия для сражения с турецким флотом. Но разделенные советы, неудачная погода и нерешительность мешали нанести удар захватчикам и в 1645-м, и в последующем году, когда главнокомандующим стал венецианец. Захватчики получили подкрепление и вскоре атаковали столицу острова, Кандию.

За 24 года последующей войны главенство и боевой дух венецианского флота разительно возросли. В целом венецианцы на море предпочитали нападать и не боялись вступать в бой даже при явно превосходящих силах противника. Они одержали несколько громких побед: в центре Эгейского моря в 1651 году и в Дарданеллах в 1655 и 1656 годах. Битва при Дарданеллах 1656 года, по словам Хаммера, историка Османской империи, была «самым серьезным поражением османов после Лепанто». Венеция обладала достаточной властью на море, чтобы собирать дань и вербовать новобранцев на многих островах Эгейского моря. Однако венецианцы не могли помешать туркам провозить припасы армии на Крите. Турки обычно избегали морских сражений, кроме тех случаев, когда необходимо было провезти припасы. В 50-х годах XVII века венецианцы сосредоточили силы на блокаде Дарданелл. Они наносили большой ущерб турецким флотилиям, пытавшимся вырваться оттуда, но преобладавшие северные ветра и сильное течение из Черного моря не давали осуществлять постоянную блокаду, и турки организовали караваны с подкреплениями, которые шли к Криту с Хиоса, Родоса, из Александрии и Монемвасии. Попытка Венеции захватить базу снабжения турок в Канее (Ханье) окончилась неудачно, а на следующий год, после прибытия сильных подкреплений под командованием великого визиря, судьба Кандии была решена.

Упорная двадцатичетырехлетняя оборона крепости к тому времени вызвала в Европе восхищение; рассказывали романтические легенды об атаках и вылазках, минах и контрминах, захваченных и отбитых равелинах. «Никогда еще за крепость, ни в Османской империи, ни где-либо еще, не сражались так ожесточенно, как за Кандию, и ни одна не стоила столько крови и денег» (Hammer). Весь христианский мир жаждал нанести удар на этом театре военных действий. После окончания в 1659 году затяжной войны между Испанией и Францией христианские государства стали отзывчивее к многочисленным призывам пап послать людей и деньги в поддержку Венеции. Молодые аристократы стремились показать свое мужество. Многие приезжали поодиночке и поступали на службу в Венецию, некоторые приезжали группами по приказу своих правительств, особенно французы, которые храбро сражались даже под знаменами папы, чтобы не препятствовать традиционному союзу французского короля с турками. После одной особенно храброй, но разорительной вылазки французов, которые после нее сразу же уехали, венецианский главнокомандующий Франческо Морозини в 1669 году договорился о сдаче Кандии, однако условия договора позволяли венецианцам отступить с воинскими почестями, сохранить на Крите небольшие базы, имевшие решающее значение в военно-морской стратегии, два острова в Эгейском море (Тине и Китиру) и территорию, которую венецианцы захватили в Далмации.