Хотя сначала его многие осуждали за смирение с потерей Кандии, Франческо Морозини через 15 лет вновь выбрали главнокомандующим, когда Венеция решила отомстить. В 1683 году войска Австрии и Речи Посполитой отбили турок от стен Вены. Затем они, при поддержке папы, призвали Венецию примкнуть к ним и разбить общего врага. Партия войны в Венеции выдвинула логичный довод: если Венеция не откликнется на этот призыв, она сама не получит поддержки, если турки снова решат обрушиться на нее. Позже Россия, стремившаяся получить доступ к Черному морю, вступила в антитурецкую коалицию, и 13 корабельных плотников из венецианского Арсенала послали в Россию для помощи в постройке военного флота.

Ослабевшие турки отступили. За четыре года Франческо Морозини захватил все и больше того, что Венеция ранее отдала туркам в Ионическом море и Морее. В сентябре 1687 года он предпринял атаку на Афины. Один из его канониров пробил ядром крышу Парфенона и взорвал боеприпасы, которые турки там хранили. Разрушение чуда античного искусства, простоявшего более двух тысячелетий, не способствовало успеху военной кампании. После неудачной попытки взять Негропонте и эпидемии на флоте Морозини решил отступить в Морею. Ее захват способствовал такому росту популярности Морозини, что его избрали дожем. К моменту смерти он сочетал пост дожа с новым назначением главнокомандующим.

Ни один из преемников Морозини не добавил новых территорий к завоеванным им, хотя в течение следующих шести лет в Эгейское море посылали немало крупных флотилий. Когда в 1699 году союзники Венеции закончили войну, заключив Карловицкий мир, Венецианская республика сохранила то, что завоевал для нее Морозини. После этого Венеция 15 лет жила в мире, хотя остальная Западная Европа вела ожесточенную Войну за испанское наследство, после которой Австрия сохранила свою власть в Италии, хотя была ослаблена, и турки решили, что могут перейти в наступление, тем более что они ощущали прилив сил после победы над Россией на Черном море. Считая, что найдут Венецию без союзников, в 1714 году турки вернули себе Морею без особого труда. Ни один из венецианских командиров тамошних крепостей не сражался особенно ожесточенно перед сдачей, а венецианский флот отступил, так как турецкий флот вдвое превышал его размерами. Однако, когда турки пошли дальше и напали на Корфу, венецианцы усилили сопротивление. Другие христианские флотилии, особенно португальцы и флот Папской республики, поспешили на помощь. В войну вступил австрийский император. Победа Австрии в Венгрии в 1716 году помогла спасти Корфу. Венецианцы снова перешли в наступление на море и почувствовали себя обманутыми, когда австрийцы вынудили их заключить мир, смириться с потерей Мореи и отказаться от попыток включить в венецианскую часть Далмации пиратское гнездо Ульцинь.

Действия флота в этих последних войнах с турками редко имели решающие последствия, однако были отнюдь не ограничены в размере. Во Второй Морейской войне, например, когда галеры и армия нападали на Ульцинь, венецианская флотилия парусных судов стояла на якоре близ южной оконечности Греции, чтобы удерживать турецкий флот. Выполняя свою задачу, флот понес тяжелые потери в Битве при мысе Матапан в 1718 году. Занятые в войне флотилии были гораздо больше, чем во время знаменитой победы Нельсона над французами в заливе Абукир в конце века, а именно: при Матапане: венецианцы – 26 кораблей, 1800 пушек, 1824 убитых и раненых; турки – 36 кораблей, 2 тысячи пушек, количество убитых и раненых можно установить лишь приблизительно, но, судя по нежеланию турок возобновлять бой, можно предположить, что их потери были не меньше, чем венецианцев; в заливе Абукир: англичане – 14 кораблей, 1212 пушек, потери составили 895 человек; французы – 14 кораблей, 1206 пушек, потери, по приблизительным подсчетам, – 3 тысячи человек.

Конечно, на океанах и раньше проходили более масштабные морские сражения: французы в 1690 году собрали 75 кораблей и разбили англичан у мыса Бичи-Хед в Ла-Манше. На следующий год англичане, жаждавшие реванша, собрали примерно столько же судов и одержали ответную победу.

Все суда, о которых говорилось выше, принадлежали к типу, называемому «линейными кораблями». В годы войны за Крит военно-морская архитектура и тактика завершили приспособление к артиллерии. В то время как Венеция сражалась со старым врагом, новые морские державы, Англия и Голландия, сражались друг с другом и в процессе разработали тактику и характеристики линейного корабля. Они сражались колонной, первый ряд впереди, что позволяло каждому судну производить бортовые залпы по противнику. Из галеона развился тип корабля, зависевшего только от парусов, который считался достаточно сильным, чтобы занять место в этом строю. Он был крепко сбит, с относительно низким ютом, большими орудиями на двух или трех палубах и улучшенными топами, благодаря которым на нем было легче управляться. В то время как на галеонах, которые Венеция применяла в войне против герцога Осуны около 1620 года, устанавливали всего 20–30 пушек, многие линейные корабли, использованные в последних войнах с турками, несли на себе более 70 орудий.

Однако в Средиземном море галеры по-прежнему играли решающую роль благодаря их способности двигаться в то время, когда парусные суда двигаться не могли. Если корабль оказывался полностью заштилен, галера могла избежать бортового залпа и нанести серьезный ущерб, стреляя по нему из пушки, установленной на носу. Более того, в безветренную погоду турки имели возможность регулярно доставлять припасы своей армии на Крит, если бы у венецианцев не было галер, способных противостоять турецким галерам. В то же время галеры довольно часто вынуждены были покидать места стоянки, где блокировали проходы, чтобы пополнить запасы пресной воды и избежать штормов.

Применение галер совместно с парусниками было характерно для Критской войны и затем усовершенствовалось, насколько это было возможно. Когда галера и галеон объединялись, галера зависела от пушек галеона, которые защищали ее, а галеон зависел от галеры, которая буксировала его на позицию. Вместо флотилий, идущих под парусами параллельными курсами и обменивающихся бортовыми залпами, они обычно шли на одной линии, как при Лепанто. Капитан каждого корабля старался воспользоваться преимуществом, когда заходил с наветренной стороны противника. Тогда он мог либо атаковать, либо уйти от столкновения. Галеры обычно буксировали корабли на позицию с наветренной стороны, выравнивали линию фронта или спасали судно с пробитыми снастями. С усовершенствованием артиллерийского дела все меньше кораблей брали на абордаж, что достигло своего апофеоза при Лепанто. Дни и ночи проходили в артиллерийских обстрелах, иногда со смертельно близкого расстояния, но чаще издали, нарушая боевой порядок.

Венеция, обладательница прославленного Арсенала, ранее считалась лидером в поддержании в мирное время военного флота. В 1499 году ее флот даже включал три или четыре очень крупных парусных корабля, предназначенные для сражений. В течение XVI века строительство таких парусных военных судов по заказу правительства почти прекратилось. В Арсенале строили только галеры, а корабли типа галеонов Венеция мобилизовала, превращая арендуемые или конфискованные торговые суда в военные. Так же поступали и другие государства. Так как в 1617–1619 годах, во время войны с герцогом Осуной, у Венеции было мало своих крупных судов, республика наняла не только иностранные корабли, стоявшие в ее гавани, но и несколько кораблей, которые наняли в Голландии в то же время, когда нанимали и голландских солдат. В 1617 году такое применение голландцев и англичан в Средиземном море было в новинку. Испанцам и правительству Папской области это казалось возмутительным, почти приравненным к распространению ереси. В последних войнах с турками обе стороны нанимали голландские и английские суда. Венеция не начинала строить собственные линейные корабли до 1667 года, когда за образец взяли английский военный корабль. Тогда жизнь в Арсенале оживилась, подогретая войной и спросом на новый тип корабля. В течение следующих 50 лет со стапелей Арсенала сошли 68 линейных кораблей, и около половины из них было «первоклассными», то есть способными нести 70–75 орудий.