Самойлович учился хорошо, записи в документах о его успеваемости сохранились – отметки, в том числе и годовые, высокие, краткие характеристики гласят: «надежен», «благонадежен». О медицине молодой семинарист в то время и не помышлял, можно сказать, она сама его нашла – военная медицина. Кровопролитные войны, которые вела Россия, не просто приводили к резкому росту искалеченных и раненых, но и вызывали эпидемии – из-за перемещения десятков тысяч человек из затронутых болезнями районов. Квалифицированных медиков в армии не хватало катастрофически. Решение нашли быстро: по всем учебным заведениям России покатили военные вербовщики, подыскивая молодых людей, согласившихся бы переучиваться на медиков. Дело было серьезное, и власть не скупилась (как это с ней порой случается): всякий пожелавший стать врачом получал неплохие «подъемные», в том числе и для проезда к месту учебы, бесплатное питание и жилье.

В числе принявших это предложение оказался и Самойлович. Разумеется, дело тут было не в деньгах и благах, хотя Самойлович был беден. Вероятнее всего, как случалось со многими, он не горел особенным желанием продолжать семейные традиции и становиться священником. 27 ноября 1761 года Даниил был принят в лекарскую школу при «Адмиралтейском гофшпитале», с 1716 года лечившем моряков и рабочих адмиралтейских мастерских. В России к тому времени значительно улучшилась медицинская школа. Образование сочетало как лекции, так и практику – студенты обучались непосредственно у постелей больных и раненых. С самого начала обучения Самойлович стал перевязывать раны, дежурил по госпиталю, разносил больным назначенные докторами лекарства, слушал лекции в анатомическом театре и присутствовал в аптеке при изготовлении медицинских препаратов. Учили серьезно: лекции читали на латыни и немецком, посещение строго обязательное, как и строжайшая обязанность их записывать. Проверка знаний проводилась регулярно: как еженедельная, субботняя, так и «третная», раз в четыре месяца. Если за два года обучения студент все экзамены сдавал успешно, его переводили на последний, третий, курс, после окончания которого с каждым выпускником поступали соответственно показанным им знаниям: успешно сдавшим экзамены за полный курс присваивали звание полноправного лекаря, а провалившихся отправляли в войска «помощниками лекарей», по-нынешнему фельдшерами.

Экзамены были как теоретические, так и практические: студент не только обязан был рассказать об анатомическом строении органов и объяснить, как органы меняются при тех или иных болезнях, но и провести несколько операций на трупах. В 1767 году медицинская коллегия присвоила Самойловичу звание лекаря и оставила работать там же, при госпитале. Однако новоиспеченный врач, судя по всему, рвался к самостоятельной работе: согласно его прошению, в 1768 году Самойловича направили работать в лазарет Копорского полка. Вскоре, в том же году, началась очередная русско-турецкая война – пожалуй, самая затяжная и кровопролитная из ей подобных (да и прекратилась исключительно от того, что пришлось снимать с фронта значительные силы для подавления широко распространившегося пугачевского бунта).

Копорский полк оказался в составе Первой армии, которой командовал генерал Петр Румянцев, уже неплохо показавший себя в войне с Пруссией. Первая армия взяла хорошо укрепленную крепость Хотин, успешно штурмовала Измаил, Браилов, Аккерман. Самойлович работал не только как хирург. И климат для русского солдата был непривычен, и хорошей питьевой воды в тех местах было мало – в основном застоявшаяся, затхлая. Это вызывало кровавые поносы, выводившие из строя сотни солдат. Пока что это были не инфекции, но потом появились и они – чума впервые дала о себе знать, когда Копорский полк штурмовал Браилов. Самойлович, неплохо владевший латинским, французским и польским, в срочном порядке освоил еще и молдавский, чтобы выяснять у местных жителей, существуют ли какие-то относительно успешные народные способы борьбы с чумой. Особо внимательно он расспрашивал тех, кто переболел чумой, но остался в живых. И довольно полезные наблюдения сделал: убедился, что болезнь разносит не «воздух», как считалось очень долго, а прямой контакт с больным или зараженными вещами. Для тех времен, когда о микробах уже знали, но возбудителей болезней в них не видели и лучшие медицинские умы, это было немалое достижение. Вот только научно обосновать его Самойлович не мог, да и никто тогда не мог…

В ту «добактериальную» эпоху врачи разделились на два лагеря: «контагионистов» и «миазматиков». Первые, подобно Самойловичу, считали, что болезни сами по себе несут какую-то заразу, и причина – в контактах больных со здоровыми или зараженными чумой вещами. Вторые упрямо придерживались версии, что источником заразы служит воздух сам по себе, насыщенный некими «ядовитыми миазмами». Именно они в свое время для борьбы не только с чумой, но и с другими эпидемиями предлагали неустанно звонить в колокола и стрелять из пушек, чтобы «вредный воздух» побыстрее уходил из тех мест, где свирепствовали болезни. Как уже писалось, колокольный звон и впрямь помогал в борьбе с чумой, но отнюдь не по тем причинам, какие виделись «миазматикам». Еще они предлагали при эпидемиях вырубать леса, «мешавшие распространению воздуха», а чтобы уничтожить в воздухе те самые «миазмы», жечь во множестве костры из навоза и соломы. Оба лагеря, как это частенько случалось не только в медицине, боролись меж собой самым ожесточенным образом – разве что шпагами друг друга не пыряли.

Самойлович не только был завален изнуряющей работой по лечению больных и раненых, но и вынужден был отвлекаться на долгие тяжелые споры с «миазматиками». Спал по три-четыре часа в сутки и в конце концов слег – как считают современные исследователи, это было классическое нервное истощение, депрессия. Протекала она так тяжело, что Самойловича в конце концов перевели в тыл – в Оренбург, лекарем гарнизонного батальона. Дорога туда, как и все тогдашние дороги, была длинной и нелегкой. По пути в маленьком городке в окрестностях Киева Самойлович встретил старого доброго знакомого, доктора Ивана Полетику, который в свое время и привел Самойловича в медицину. В те дни киевские врачи, озабоченные возможным наступлением чумы, собрались в доме Полетики и составили киевским властям рекомендательные письма на случай возникновения заболевания. И губернские, и городские власти письмом пренебрегли…

В середине 1771 года Самойлович приехал в Москву, где свирепствовала чумная эпидемия, не уступавшая давней, 1654 года, когда умерла половина москвичей. Древняя столица, окутанная дымом многочисленных костров из навоза и соломы, являла собой зрелище жуткое. В свое время, когда к Екатерине поступили первые доклады о появлении в Москве чумы, суперуслужливые чиновники, как могли, преуменьшали опасность, в результате момент для устройства карантинов был упущен, болезнь вырвалась на улицы…

В конце июня 1771 года Самойлович принял начальство над больницей при одном из монастырей. Квалифицированных медиков в Москве почти не нашлось, и доктор работал едва ли не в одиночку, круглосуточно находился среди пациентов, не имея даже возможности применять уже известные в то время меры безопасности – например, слушать пульс больного через табачный лист, что давало хоть какую-то гарантию от заразы. Больных было столько, что невозможно было напастись табаку…