Пражский сезон, открывшийся «Лоэнгрином», позволил Малеру с блаженным умилением наблюдать за работой Зайдля, чье художественное кредо получило личное благословение самого Вагнера. Передача из первых рук всех тонкостей работы вагнеровского дирижера была бесценным уроком, запомнившимся Малеру на всю жизнь и помогавшим ему в дальнейшей работе над идеальным оркестровым исполнительством. Но посещать репетиции Зайдля Густаву пришлось недолго. В том же году знаменитый дирижер согласился возглавить основанную незадолго до того немецкую оперу в Нью-Йорке, и Малер, пришедший в Пражский театр в качестве ассистента, получил должность ведущего дирижера.

Надо отметить, что Пражская опера долгое время не имела сильного руководства, отчего качество оркестра и солистов оставляло желать лучшего. С приездом Ноймана театр окунулся в атмосферу нового дела, и Малер, приступив к работе ведущего дирижера, сразу понял: успех сезона будет полностью зависеть от энергии человека, под управлением которого осуществляются музыкальные постановки. Такая обстановка, взывавшая к полной самоотдаче, идеально подходила для реализации малеровского потенциала. Гэбриел Энджел в этой связи говорит: «Казалось, искусство было религией для Малера, дирижерский пульт — алтарем, а партитура — книгой, описывающей ритуал. Здесь он чувствовал себя действительно как верховный жрец, несший экстаз от “священного огня”, которым был наделен. В те первые месяцы в Праге он был по-настоящему в своей стихии».

Одним из самых запоминающихся музыкальных впечатлений Малера в Праге была его работа над Девятой симфонией Бетховена. Управлять исполнением этой «музыкальной иконы» должен был дирижер Карл Мук, однако из-за его вынужденного внезапного отъезда за последнюю бетховенскую симфонию взялся Малер. Задача стояла почти невозможная: времени оставалось лишь для одной репетиции, но Густав, даже не имея в руках партитуры и дирижируя наизусть, выполнил ее с таким мастерством, что на концерте чешские слушатели испытали огромную радость и гордость, оттого что за пультом стоял не немец Мук, а их соотечественник. Не менее значимым событием для Густава в пражский период было издание сборника «Песни и песнопения для молодежи», куда вошло несколько его ранних песен, три из которых были исполнены 18 апреля сопрано театра Франк в рамках концертной программы. Похоже, «влюбленная “Fraulein F”», упомянутая Малером в письме, написанном несколько месяцев спустя, и есть эта певица. В той же программе, состоявшей как минимум из двадцати восьми номеров, были исполнены «Императорский марш» Вагнера и Скерцо из Третьей симфонии Брукнера, подтверждавшее обещание Густава распространять славу его старшего друга.

Пражский период оказался для Густава вполне удачным. К моменту его прихода театр нуждался в обновлении не меньше, чем те провинциальные «храмы искусства», где он успел поработать, но, в отличие от них, здесь Густаву была предоставлена полная свобода в рамках вмененных ему обязанностей. Мечты о новых подходах к постановкам оперных спектаклей, появившиеся у Малера еще в Байройте, именно в Праге впервые получили возможность воплотиться. Более того, номинально оставаясь вторым, он реально был первым дирижером театра: руководил императорской постановкой, на «Дон Жуане» стоял на том самом месте, где столетием раньше дирижировал премьерой оперы сам Моцарт. Что уж говорить о работе Густава с вагнеровскими операми, кстати, декорированными и костюмированными реквизитом байройтских спектаклей. Пожалуй, именно в Праге Малер впервые ощутил артистическую свободу. Его яркая манера дирижирования, охарактеризованная Анджело Нойманом как «излишняя подвижность», была вызвана попыткой создать новую профессию — дирижера-интерпретатора, что было весьма необычным в понимании тогдашних музыкантов.

Подобно Данте, странствовавшему по загробному миру, Малер, по собственному выражению, прошел все круги «ада театральной жизни». Начав путь с низшего — «чертовского Бад-Халле» — через перипетии провинциальных интриг и лицемерия, перешел в первый круг, которым оказалась последняя временная должность в Пражском театре. Эти странствия «подмастерья большого искусства» только закалили его и подготовили к настоящей работе.

Фанатичный перфекционизм и обостренное чувство справедливости, свойственные амбициозной молодежи, часто приводили Малера к конфликтам с теми, кто стоял у него на пути. С годами эти черты характера изменились несильно, поэтому можно утверждать, что извечное стремление к идеалу сопровождало всю его жизнь, зачастую приводя к разнообразным размолвкам.

Неудивительно, что даже в спокойной Праге, позитивно отнесшейся к молодому дирижеру, нашлись причины для противоборства. В стремлении добиться наилучшего результата Малер был весьма требователен и к музыкантам оркестра, и к солистам, и эта строгость зачастую воспринималась как дирижерская тирания. Нойман, будучи хорошим управленцем, предвидел опасность неприятия властности молодого человека, что могло негативно отразиться на функционировании театра. Но он искренне восхищался талантом Малера и надеялся, что всё обойдется.

К сожалению, Нойман ошибался, и постановка «Фауста» Гуно стала переломной в работе Малера в Праге. Гэбриел Энджел, описывая конфликт, послуживший «яблоком раздора», утверждает, что в силу «посредственного художественного уровня» и некоторой «балетности» музыки это сочинение не было любимым у Густава и всегда приводило его в плохое настроение. Главная балерина театра Берта Мильд, «бесспорная императрица своего королевства», отвечавшая за постановку хореографических номеров, перед спектаклем оставила дирижеру указания относительно темпов балетных сцен. Однако Малер на ее указания почти не обратил внимания, отдав приоритет звуковой, а не визуальной составляющей представления. Анри Луи де ла Гранж — пожалуй, самый авторитетный из биографов Малера — пишет со ссылкой на первоисточник: «Та, кого молодой директор называет “жирная Мильд”, хочет навязать свои слоновьи темпы». Естественно, игнорирование ее указаний привело танцовщицу в ярость, и, бросившись в слезах к Нойману, она потребовала уволить Малера. Служащие театра приняли сторону балерины, поэтому, не желая заострять конфликт, поскольку оскорбленная прима могла подать в отставку, Нойман для приличия отчитал Малера, надеясь, что тот поймет его менеджерский ход. Слова «мой опыт руководства балетом больше, чем у вас!», «вы должны делать то, что она вам приказывает, даже если это не нравится!», «если она говорит вам рвать кишки из Фауста, то делайте это и делайте с улыбкой!» — были восприняты Густавом близко к сердцу, и, несмотря на очевидную нелепость ситуации, он чувствовал себя ущемленным. Естественно, молодой человек потребовал, чтобы Нойман извинился перед ним за слова, которые, по его мнению, поколебали позицию дирижера в глазах актеров и оркестра. Директор уклонился, однако в конце сезона, когда Малер уже собирался покидать Прагу, дал ему самую теплую характеристику, где благодарил за заслуги, что было принято вместо формального извинения. После этого они расстались лучшими друзьями. 15 июля в «Prager Abendblatt» появилась статья, где сообщалось: «Капельмейстер Малер заработал благодарность за то, что защитил свою позицию от капризов певцов и инструменталистов. В Праге об этом молодом человеке останутся самые лучшие воспоминания». 16 июля Густав уже прохаживался по Йиглаве.