Тем временем перестроили в основательном и простом стиле здания таможенных складов между храмом Санта-Мария делла Салюте и пристанью Сан-Марко. Завершение здания таможни в стиле достойном плана – с возвышающимся над ней собором Санта-Мария делла Салюте, сверкающим Дворцом дожей слева и Сан-Джорджо впереди – стало сложной задачей. Комитет по присуждению премий объявил конкурс. Победителями, которые выполнили задание и заполнили брешь, стали Джузеппе Бенони и Бернардо Фальконе.

В противовес выросшим вокруг него зданиям в стиле барокко и ренессанса Дворец дожей сохранил готический внешний вид без изменений. Во внутреннем дворе, где Антонио Риццо отобразил изящное изобилие раннего ренессанса, его церемониальную лестницу переименовали в «Скала деи Гиганти», когда Сансовино подчеркнул ее доминирование над двором, поместив на ней две гигантские статуи, Меркурия и Нептуна, которые символизировали источники венецианского богатства и власти: торговлю и море. Сансовино создал и Скала д’Оро в западном крыле, Золотую лестницу, которая вела к местам власти: залам заседаний коллегии, сената и Совета десяти. Кроме того, Палладио спроектировал несколько величественных комнат, которые были перестроены и отремонтированы после пожара 1574 года.

Во время еще одного пожара, случившегося 20 декабря 1577 года, сгорели верхние этажи крыльев, выходящих на пристань Сан-Марко и на Пьяццетту, пострадал зал Большого совета. Ущерб был так велик, что встал вопрос, не перестроить ли весь Дворец дожей в «более современном» стиле ренессанс. Спросили мнения у 15 ведущих архитекторов. Некоторые из консультантов предлагали снести до основания старый дворец и построить новый по плану, в котором предлагались дорические, ионические и коринфские колонны, расположенные в классическом стиле одни над другими. Хронист того времени писал, что Палладио был вождем тех, кто предлагал полную перестройку; данное предложение повторяют до сих пор, так как оно запечатлелось благодаря красноречию Рескина, викторианского историка искусства, который ненавидел ренессанс. Полное издание предложений Палладио позволило его почитателям отговорить его от замысла такого кощунства, как разрушение готических арок дворца, но Палладио все же описал ущерб от пожара как достаточно веский повод, чтобы требовать строительство нового дворца с нуля; воспользовавшись случаем, он осудил любые здания, зависевшие от деревянных балок, железных скоб и цепей. На примере Античности он отстаивал превосходство каменной кладки, когда прочные нижние этажи поддерживают более легкие верхние.

Решение сената было консервативным. Как рекомендовал комитет, сенат проголосовал за перестройку двух сожженных крыльев с помощью укрепления фундамента и изменений в интерьере – предлагалось перевести в отдельное здание тюремные камеры, которые до того располагались в юго-восточном углу, но фасады оставить без изменения. До 30 сентября 1578 года Большой совет собирался в огромном цехе Арсенала, в котором раньше изготавливали и хранили весла. Тем временем старшины корабельных плотников нашли на лесном складе Арсенала необходимые массивные брусья. Верхние этажи дворца перестроили, применив презираемые Палладио деревянные и металлические части; работа заняла гораздо меньше времени, чем два-четыре года, которые Палладио осторожно назвал необходимым. Честь такой быстрой постройки принадлежала старшине Арсенала. Административным инспектором также был плотник по профессии, Антонио да Понте, старшина Соляного цеха. Он занял этот пост не потому, что был специалистом в солеварении, но потому, что Соляной цех распределял большую часть денег, которые сенат выделил на строительство. Под руководством да Понте рядом с дворцом построили и тюрьму, в которую входила штаб-квартира полиции. Ее грубый стиль и малая высота уравновешивают Дворец дожей. Знаменитый мост Вздохов, по которому можно было проводить узников из камер в залы Совета десяти или инквизиции для допроса, был завершен в 1614 году.

Площади Сан-Марко и Риальто с самого начала были двумя главными центрами Венеции. В то время как Пьяцца и пристань Сан-Марко в XVI веке постепенно застраивали красивыми зданиями, Риальто оставалось сравнительно заброшенной. Большой пожар 1514 года не стал поводом для проектирования более крупного и живописного места встреч купцов и финансистов; не было построено ничего способного сравниться с Биржей, которая появилась в Антверпене в 30-х годах XVI века. Предложение о такой перепланировке было обречено с самого начала, так как правительство озаботилось скорейшим открытием вновь киосков и лавок, от которых привыкло получать существенный доход. В разгаре была война с Камбрейской лигой; контроль материковых владений Венеции оставался под вопросом; для дорогого долгосрочного планирования время было неподходящее. Более того, стоимость недвижимости в соседних кварталах была чрезвычайно высока. Подчеркивая оживление торговли в окрестностях Риальто, Марино Сануто отмечал, что его семье принадлежала там крошечная таверна, аренда которой приносила больший доход, чем самые роскошные городские дворцы. Многие аристократы получали ренту от недвижимости, примыкающей к небольшой открытой местности у подножия моста Риальто рядом с правительственными учреждениями и портиком церкви Сан-Джакомо, которые образовали сердце Риальто. Предложения о перепланировке не находили достаточной поддержки. Конечно, незадолго до того перестроили Фондако деи Тедески на другом берегу Большого канала и к 1525 году отремонтировали Дворец казначеев, который также пережил пожар. Около 1554 года призвали Сансовино, чтобы спланировать дополнительное правительственное здание и прибыльный торговый центр рядом с ним на берегу Большого канала; это стало одним из его самых банальных, неинтересных произведений.

Нужен был новый мост, так как старый, деревянный разрушался. В 1551 году приняли решение о постройке нового, более прочного и изящного каменного моста, пригласили архитекторов, но Совет десяти отказался выделить необходимые для строительства средства. Только после того, как власть Совета десяти была ограничена, в 1587 году комитет по заключению контрактов приступил к изучению перспектив. Решено было поставить на мосту два ряда коммерческих лавок. Мост должен был возвышаться на 24 фута над водой, чтобы под ним могли проходить бученторо. Предметом долгих и ожесточенных дебатов стал вопрос о количестве арок у моста – сделать три или достаточно одной. Приглашенные полдюжины архитекторов-инженеров никак не могли прийти к согласию. Скамоцци высокомерно настаивал на необходимости трех арок. Антонио да Понте говорил, что можно построить и одноарочный мост, причем один пролет создаст более внушительную структуру. Комитет, состоявший из аристократов, проголосовал двумя голосами против одного в пользу предложения да Понте, и сенат одобрил его решение. Член комитета, оставшийся в меньшинстве, возможно по наущению Скамоцци, продолжал критиковать решение, сомневаясь в прочности основания даже после того, как да Понте приступил к работе. Мост был закончен в 1592 году и доказал свою прочность, пережив сильное землетрясение в июле того же года.

Контраст между нежеланием обновления в окрестностях Риальто и ростом числа красивых зданий вокруг Сан-Марко отражал преобладание государственных дел над торговыми в Венеции в XVI и XVII веках.

Пожары во Дворце дожей лишили нас многих произведений знаменитых венецианских художников. Не сохранились сцены, нарисованные Джентиле и Джованни Беллини, Джорджоне и Карпаччо; из работ Тициана до нас дошел только его «Святой Христофор» на лестнице, ведущей в жилые покои дожа. К счастью, не только правительство Венеции заказывало произведения искусства. Многим картинам, написанным для храмов и скуоле, повезло больше, и они избежали огня, так что Беллини и Карпаччо известны благодаря своим работам, сделанным для скуоле. Тициан так много писал для международного рынка, что в самой Венеции находится сравнительно мало его знаменитых работ. Однако есть по крайней мере три: «Введение Марии во храм», написанная в 1534–1538 годах для религиозного братства Санта-Мария делла Карита, одной из «скуоле гранди». Она обладает тем преимуществом, что до сих пор находится в том месте, для которого была написана, в здании, теперь входящем в комплекс Венецианского музея изящных искусств, Академии. Еще две работы Тициана находятся в соборе Санта-Мария Глориоза деи Фрари: «Мадонна Песаро» (ок. 1519–1526) и «Успение Богородицы» (1516–1518). Они показывают новые возможности в композиции и цветовом решении крупных полотен на религиозные темы. Когда в 1518 году торжественно открыли «Успение Богородицы», Тициана тут же признали главой венецианской школы, соперничающей с Римом.