Правительство без каких-либо колебаний натравливало одних провинциальных магнатов на других или использовало их для обуздания тех, кого в Стамбуле считали «бандитами» (алчных чиновников, демобилизованных солдат и прочий сброд), хотя их методы действий порой мало чем отличались от методов действий самих магнатов. Лишь немногих балканских аристократов в Стамбуле называли «горными бандитами», и впервые правительство предприняло шаги, направленные против них, только в 1791 году, когда война с Россией уже подходила к концу. После нескольких неудачных попыток ограничить их деятельность выяснилось, что они весьма умело манипулируют правительством, используя его в своих собственных целях, и что далеко не всегда срабатывает старая уловка, состоявшая в том, чтобы поощрять лояльность и подчинение центральной власти путем распределения губернаторских постов. Лояльное отношение к Стамбулу, которое продемонстрировало большинство самых известных семейств Анатолии, было редкостью на Балканах, где все были против «нового порядка» (включая тех, кто был обязан к нему приучать). Когда, согласно воспоминаниям одного современника, приказы о зачислении на воинскую службу стали поступать в балканские провинции, их категорически отказались исполнять: «Мы янычары и наши предки были янычарами, поэтому мы не признаем «новый порядок»».

В период правления Селима III международная обстановка была весьма нестабильной, поскольку Французская революция и Наполеоновские войны меняли баланс сил в Европе. В это время иностранные державы сочли возможным вмешиваться во внутренние дела приграничных провинций Османской империи, что теперь представляло большую опасность, чем когда-либо прежде. Россия, и в меньшей степени Австрия, продолжали оказывать влияние на западные и северные провинции. Когда необходимость обезопасить свои торговые пути на Восток заставила Великобританию принять более активное участие в ближневосточных делах, она тоже стала заявлять о себе как о силе, с которой турки должны были считаться. В тот период, когда отношения балканских аристократов с центральным правительством изменялись, они (особенно в Черногории и Албании, которые никогда полностью не подчинялись власти Османской империи) сочли весьма соблазнительным, действуя в своих собственных интересах, заключить союз с той или иной европейской державой. Те из них, территории которых примыкали к границам на Адриатике или на Дунае, ради достижения своих целей (зачастую ради достижения большей независимости) были готовы принять зарубежные предложения о помощи в обмен на поддержку политической игры той или иной великой державы.

Даже до вторжения Бонапарта в Египет существовала потенциальная возможность враждебного французского вмешательства в дела Османской империи. По условиям заключенного между Австрией и Францией договора Кампо-Формио (ставшего результатом военных усилий Наполеона в Италии) Франция получила Ионические острова и портовые города южной Албании и Эпира. Благодаря тому, что во владение Франции перешли колонии Венеции в Далмации, она получила общую границу с Османской империей. Французский министр иностранных дел Талейран планировал использовать Тепеделени Али-пашу из Янины и Пасваноглы Осман-пашу с целью свержения султана. Тепеделени Али явно не чувствовал себя настолько уверенно, чтобы отказаться от своей верности Селиму, который, чтобы гарантировать лояльность своего вассала, всячески его поддерживал и обещал вознаграждение. Что касается Пасваноглы Османа, то есть сведения о том, что он не только вступал в переговоры с французами, но в 1798 году установил контакты с русским и австрийским консулами в Бухаресте.

Когда после вторжения Бонапарта в Египет туда было направлено большинство воинских соединений, находившихся в балканских провинциях Османской империи, Пасваноглы Осман оказал поддержку (и не в первый раз) янычарам, поднявшим мятеж в Белграде против Хаджи Мустафа-паши. В действительности этими мятежниками, скорее были плохо дисциплинированные и корыстолюбивые ополченцы, чем надежные, преданные султану боевые части. Дополнительные налоги, которые Хаджи Мустафа счел необходимым ввести для того, чтобы защитить провинцию от мародерства янычар, вызвали протесты среди местных сербов. Пытаясь усмирить сербов после недавней войны с Австрией, Селим незадолго до этого предоставил им некоторую автономию. Приняв самое экономически выгодное решение, Мустафа-паша разрешил сербам в целях самозащиты вооружаться, что еще больше накалило обстановку, и вскоре ему, следуя фетве, изданной старшим священнослужителем Белграда, пришлось разрешить возвращение ранее изгнанных им из провинции янычар и прочих подрывных элементов. До этого они вместе с Пасваноглы Осман-пашой бежали в Видин, а в 1801 году снова взяли под контроль крепость Белград и казнили Хаджи Мустафу. К 1804 году сопротивление ополчению со стороны страдавшего от его действий населения (как христианского, так и мусульманского) было таким, что, согласно официально объявленной правовой оценке последствий, сопротивление бесчинствам ополченцев было законным, а снаряженная турецким губернатором Ниша почти тридцатитысячная армия сербов под командованием Георгия Петровича, также известного как Кара («Черный») Георгий, успешно блокировала крепость Белград. Имели место случаи нападений на другие крепости, занятые янычарским ополчением. Сербы умоляли о помощи Россию, которая предлагала тайно оказать им поддержку, но австрийское правительство оставалось нейтральным: и у той, и у другой державы имелись более неотложные дела в других регионах. Однако сербы из приграничных районов Австрии все-таки пришли на помощь своим осажденным соплеменникам.

Местных христиан и мусульман объединяла общая цель, которой было избавление от засилья янычар, но Стамбул вскоре оказался настолько встревожен успехами сербов, что направил против них армию — что было обычной реакцией на чрезмерные амбиции провинциальных властей. Сербы под командованием Карагеоргия, вышли победителями из противостояния и взяли под свой контроль всю провинцию. В конце концов 6 января 1807 года они заняли крепость Белград. Теперь, когда войскам Османской империи противостояли православные сербы (а не дискредитировавшее себя местное ополчение), казалось, что Россия впервые получила самые благоприятные условия для того, чтобы вторгнуться на Балканы, действуя в интересах своих единоверцев. С конца 1806 года Россия вела войну с Османской империей за контроль над Молдавией и Валахией, а в июне 1807 года она направила своего посланника в Белград, поручив ему посредничество на переговорах о соглашении с сербскими властями. Решив связать судьбу со своими православным покровителем, сербы согласились принять российских военных советников и разместить в провинции русские гарнизоны. Самим сербам была обещана конституция. Однако полномасштабная интервенция, которая уже казалась неизбежной, так и не осуществилась: среди положений Тильзитского мирного договора, заключенного между Россией и Наполеоном в 1807 году, было и предложенное французами посредничество между Россией и Османской империей, которое серьезно мешало русским оказывать поддержку православным подданным султана.

Сербское восстание нашло отклик в Австрии, поскольку население ее граничивших с турками балканских провинций преимущественно было славянским и православным. Австрия была католической империей, и обеспечение лояльности населения, считавшегося католической церковью схизматиками, было вопросом особой важности для Вены, опасавшейся, что «их вера [заставляет] их искать защиты у русского царя». Освященный веками компромисс между католическим правительством и православными подданными, примером которого была униатская церковь (адепты которой признавали папу римского своим духовным владыкой, но сохраняли православную литургию и обряды), теоретически еще сохранялся, но каждый раз, когда угроза османского завоевания ослабевала (например, в 1718 году после заключения Пожаревацкого договора), католическая церковь получала большую свободу действий, и тогда православные христиане подвергались преследованиям, их свободы, связанные с вероисповеданием, еще больше урезались, а беженцы, которые после войны переходили границу и перемещались на север, возвращались в свои прежние дома, находившиеся на территории Османской империи. Так повторялось снова и снова: например, незначительное участие Австрии в войне 1737–1739 годов привело к очередной волне репрессий против православного населения, в которых на сей раз приняли участие иезуиты, и принудительным обращениям в католичество, одного слуха о которых было достаточно для того, чтобы начались волнения в приграничных областях и возобновились побеги на османскую территорию (и провоцируемые русскими агентами побеги на российскую территорию). К 70-м годам XVIII столетия проходившая через Балканы граница Австрии с Османской империей представляла собой находившуюся под строгим контролем укрепленную линию, протянувшуюся от Адриатики до Карпат. Но когда Россия активизировала свое участие во внутренней политике этого региона, удерживать границу под контролем стало более чем проблематично. Император Иосиф II лелеял надежду, что политика религиозной терпимости и заключенный в 1788 году союз Австрии с Россией обеспечат лояльность православных подданных, а его преемник, Леопольд II, в период с 1790 по 1792 год отменил все законодательные акты, которые их дискриминировали.