В 1786 году были направлены военно-морские силы под командованием главного адмирала Кезаирлы Хасан-паши, но это закончилось стратегическим отступлением, после того как высаженные им войска не смогли припереть к стене смутьянов, которые отступили в удаленные районы провинции, а в следующем году, когда была объявлена война России, адмирала отозвали в Стамбул. Ибрагим-бей и Мурад-бей были помилованы султаном и продолжали пополнять свои финансовые ресурсы за счет доходов провинции. Обстановка неопределенности, царившая в 80-е и 90-е годы XVIII столетия, отрицательным образом сказалась на доходах французских купцов в Египте.

Предпринятое в 1798 году вторжение Бонапарта в Египет заставило турок испытать такое же глубокое потрясение, какое они испытали в 1770 году, когда русская эскадра появилась в Эгейском море. Французы дали вполне рациональное объяснение своему вторжению на территорию государства, формально считавшегося дружественным. Они сделали заявление в духе османской дипломатии, в котором утверждали, что являются «врагами врагов султана», то есть вздорных семейств, которые столь ненадлежащим образом правили Египтом. Бонапарт надеялся на то, что как только стоявшие во главе этих семейств продажные военные лидеры будут смещены, народ восторженно примет новый режим, который французы намеревались установить. Джезар Ахмед-паша дал султану схожие рекомендации, отличавшиеся тем, что их целью было восстановление власти Стамбула, а не насаждение власти Парижа.

Джезар Ахмед-паша доказал свою преданность Османскому государству и свою ценность, когда в 1799 году Сирия оказалась под ударом Бонапарта. В ноябре 1798 года Бонапарт заверил Джезар Ахмеда в своих мирных намерениях, но потом выступил в направлении Сирии, с целью помешать возможному соединению войск под командованием Джезар Ахмеда с экспедиционными силами, которые Османская империя могла направить на помощь Египту. К середине марта 1799 года Бонапарт подошел к Акре. Некоторые из имевшихся в этом районе соперников Джезар Ахмеда присоединились к французам, которые блокировали Акру, но ему оказала поддержку британская эскадра, в состав которой входили два крупных военных корабля. Осада продолжалась до прибытия османского флота и конвоя. Это обстоятельство в сочетании с распространением чумы среди французских войск повлияло на решение Бонапарта отступить, что и было сделано в ночь с 20 на 21 мая.

Сами турки потерпели поражение от Бонапарта в бухте Абукир, когда в июле 1799 года там была высажена армия. Но уже в августе Бонапарт тайно покинул свое новое завоевание и направился во Францию. После его отъезда стало сложно удерживать Египет. Представители низшего духовенства не верили обещаниям французов уважать ислам и сосредоточили свои усилия на создании широкой оппозиции. Вскоре французская армия столкнулась с угрозой восстания. В самом Каире французское правление удалось восстановить только весной 1800 года, после осады этого города, продолжавшейся несколько недель. В марте 1801 года британские и османские войска высадились в бухте Абукир, а сухопутная армия под командованием великого визиря, пройдя через Сирию (то есть двигаясь тем же маршрутом, который в 1517 году Селим I выбрал для завоевания Египта, находившегося под властью мамлюков), подошла к Египту. Каир был окружен, французы капитулировали, и британцы удерживали Египет до тех пор, пока он не был возвращен туркам по Амьенскому договору 1802 года.

Группировки, не поддержавшие французов, пользовались благосклонностью британцев, которые, как турки и французы, считали установление независимой власти в Египте труднодостижимой целью. Изможденное борьбой кланов и войной население оказалось в ужасных условиях, которые после ухода британцев в 1803 году не сразу улучшились. Тщетными оказались попытки назначенного Стамбулом губернатора создать современную армию по французскому образцу, и в 1803 году он был вынужден бежать по причине мятежа, вспыхнувшего в одном из албанских полков, который входил в состав османских экспедиционных сил, направленных в Египет два года назад с целью изгнать оттуда французов. Неудавшиеся попытки восстановить порядок стали причиной того, что молодой командир этого полка, некий Мехмед Али из находившейся на северном побережье Эгейского моря Кавалы, сумел перехитрить всех остальных претендентов на власть, и в 1805 году Стамбул не нашел ничего лучшего, чем назначить его на пост губернатора.

Такое решение оказалось отнюдь не кратковременной мерой. Вскоре Мехмед Али успешно подавил противодействие, которое ему как губернатору оказывали кланы, боровшиеся за то, чтобы восстановить то высокое положение, которое они занимали до 1798 года. Он учредил свой собственный двор, пригласив к себе родственников и верных союзников с родины. То ли в ответ на искренность султана, то ли по причине того, что он не отличался своекорыстием, но губернатор Египта признавал за султаном исключительное право чеканить монету и то, что его имя упоминается в пятничных молитвах. Более того, он направлял в Стамбул излишки египетской казны. Вскоре Мехмед Али превратился в образцового слугу османского государства.

В последние десятилетия XVIII века Стамбулу стало трудно поддерживать свой авторитет в арабских землях по причине появления аскетической исламской секты, зародившейся на недоступных племенных территориях в центре Аравийского полуострова, то есть далеко за пределами сферы влияния Османской империи. Опираясь на притягательность движения по восстановлению старых устоев и отрицанию всех принятых на протяжении веков неисламских традиций (культа святых, идолопоклонничества, жертвоприношений и т. п.), основатель секты ваххабитов, давший ей свое имя, Мухаммед бин Абд аль-Ваххаб, добился политической и религиозной поддержки, но в то же самое время навсегда ее дискредитировал. К 70-м годам XVIII столетия ваххабиты со своими религиозными правилами, настолько отличавшимися от тех, которые были приняты в самом центре Османской империи, уже проникли на территорию, подчинявшуюся власти шарифов Мекки, и вскоре двинулись в Ирак. К моменту смерти Мухаммеда бин Абд аль-Ваххаба, скончавшегося 1792 году, были созданы все условия для создания государства, в основе которого лежало его учение, а во главе стоял племенной вождь, Абд аль-Азиз бин Мухаммед бин Сауд.

Вскоре амбиции в духовной сфере и в сфере территориальной экспансии заставили новое саудо-ваххабитское государство вступить в конфликт с интересами Османской империи. Но далеко не сразу Стамбул понял, что к сообщениям, поступавшим из дальнего угла империи, следует относиться со всей серьезностью. Шариф Галиб, который в 90-е годы XVIII столетия был шарифом Мекки, организовывал карательные экспедиции против ваххабитов и их племенных союзов, но его силы часто переходили на сторону противника, а призывы о помощи, с которыми он обращался к османским губернаторам Сирии и Ирака, а потом и к Стамбулу, остались без внимания. В 1798 году армия Шарифа Талиба была разбита, и ему пришлось уступить обширные территории. Успехи «неверного» Бонапарта, которые он одержал в Египте в 1798 году, еще больше уменьшили авторитет османского султана-халифа как защитника святых мест и лидера мусульманского сообщества (этот авторитет накапливался на протяжении многих столетий) и утвердили ваххабитов в мнении, что только они могут сохранить ислам. В 1802 году они взяли священный для шиитских паломников город Карбала в Ираке, но длительное время поглощенный кризисом в Египте Стамбул лишь в 1803 году дал официальное распоряжение начать против них военную кампанию. Но он не смог собрать надлежащее количество войск и обеспечить их снабжение, а саудиты продолжали свое наступление. В 1803 году они заняли Мекку и оставались в ней, пока их оттуда не вытеснил Шариф Талиб. В 1805 году саудиты захватили Медину, а в 1806 году снова заняли Мекку. Понимая всю слабость своего положения, Шариф Талиб надеялся добиться хотя бы какого-то сосуществования между традиционным порядком и агрессивной новой сектой, но саудиты с пренебрежением отнеслись к его попыткам прийти к соглашению, и в 1807 году закрыли Хиджаз для караванов с турецкими паломниками. Сауд бин Абд аль-Азиз, ставший преемником Абд аль-Азиза бин Мухаммеда бин Сауда, заменил в пятничных молитвах имя султана на свое собственное, тем самым узурпировав важнейшее в исламском мире право на суверенитет. Это было полным унижением султана Селима, а его претензии на роль высшего исламского правителя теперь едва ли были уместны.