Такая оперативная конфигурация носила вынужденный характер и была крайне неудачной. 3-я румынская армия не имела пехотных дивизий и состояла лишь из одного горного и одного кавалерийского корпусов. Она была способна осуществлять преследование ослабленного предыдущими боями противника, но 6 ее бригад (половина из которых была горными, а другая — кавалерийскими) не могли выдержать удар хотя бы нескольких стрелковых дивизий.

Как вспоминал впоследствии сам Манштейн, «ясно было, что командование армии шло на большой риск, принимая эти меры, так как противник мог прекратить отход на Восточном фронте армии и попытаться взять инициативу в свои руки. Но без этого мы не могли обойтись, если не хотели начать битву за Крым с недостаточными силами».

Таким образом, Манштейн подарил советскому командованию еще один шанс на исправление ситуации в Крыму. И то, как удастся воспользоваться этим шансом, теперь зависело от командования Южным фронтом и Ставки Верховного Главнокомандования.

14 августа 1941 г. Ставка ВГК приняла решение по обороне Крыма и созданию 51-й отдельной армии, а назначенный командармом генерал-полковник Кузнецов принял новый инженерный план на оборону Крыма. План предусматривал, кроме укрепления позиций в северном Крыму, строительство восточнее Феодосии у основания Керченского полуострова Ак-Монайского укрепрайона. Тыловым рубежом укрепрайона был намечен Керченский оборонительный обвод. Никаких промежуточных рубежей обороны, узлов сопротивления и полос заграждения на путях к Симферополю и Севастополю план строительства, разработанный штабом 51-й армии, не предусматривал.

Согласно директиве Ставки, ЧФ переходил в оперативное подчинение командующего армией. Понимая, что безопасность базирования кораблей и авиации ЧФ в Крыму зависит от надежного удерживания Перекопа, нарком ВМФ Кузнецов, на следующий день после подписания Сталиным директивы о формировании 51-й армии, телеграммой приказал Военсовету ЧФ договориться о взаимодействии с командованием армии и определить, «какое количество пушек мог бы выделить флот для Перекопского перешейка».

В течение трех дней группа, возглавляемая Моргуновым, в сопровождении двух офицеров от артиллерии и инженерных войск армии обследовала район от Чонгарского моста до Перекопа, выбрала места для семи батарей и ознакомилась с ходом строительства рубежей обороны. Группа прошла и проехала вдоль Перекопа, но ответственного руководителя работ отыскать не смогла, как не отметила и особого размаха оборонительных работ, констатировав, что «повсюду встречались небольшие подразделения, занимавшиеся строительством оборонительных сооружений».

Вернувшись в Севастополь, Моргунов доложил Военному совету флота и находившемуся в городе заместителю наркома ВМФ вице-адмиралу Левченко о выбранных местах батарей. Они были одобрены. Также Моргунов информировал адмирала Левченко о том, что оборонительные работы идут очень медленно. Левченко немедленно сообщил об этом в Ставку и наркому ВМФ.

Кроме замнаркома, Кузнецову также написали командующий флотом Октябрьский и член Военного совета Кулаков. Они напомнили, что еще 14 июля и 2 августа ими ставился перед командованием 9-го СК вопрос об усилении обороны Крыма с севера. Из доклада коменданта береговой обороны и начальника инженерного отдела флота, лично обследовавших Перекоп и Сиваш, им стало ясно, что качество оборонительных работ там очень низкое, особенно на Перекопе, где окопы были только в одну линию, проволочное заграждение в один кол, и работал всего лишь один саперный батальон. В заключение командование флота сделало вывод, что «создаваемый оборонительный рубеж серьезной преграды для противника не представляет», и попросило Кузнецова «доложить Ставке о необходимости спешных мер по форсированию оборонительных работ».

Однако Кузнецов не проявил той решимости, которую он демонстрировал при организации обороны Одессы. На этот раз все свои усилия он сосредоточил на организации обороны главной базы флота.

Из состава войск береговой обороны Севастополя в район Перекопа были выделены 31 морское орудие (8 батарей) и бронепоезд «Орджоникидзе». Большая часть личного состава также была взята из береговой обороны. Кроме того, Каркинитский сектор был усилен двумя тяжелыми полевыми батареями. Командование флота считало, что оборонять Севастополь надо на Перекопе, и поэтому усиливало артиллерией Каркинитский сектор и Чонгарско-Перекопские позиции.

После выделения артиллерийских орудий из главной базы на Чонгарско-Перекопские рубежи, в резерве орудий не осталось, и пришлось для установки в ДОТах использовать учебные орудия, изъятые из военных училищ и Учебного отряда и приведенные в боевое состояние в артмастерских.

Поэтому Кузнецов не решился передать на Перекоп артиллерию находившихся на длительном ремонте кораблей, распорядившись через Главный морской штаб использовать ее только при обороне главной базы. Взвесив все «за» и «против», Кузнецов решил в дальнейшем ограничиться огневой поддержкой Перекопского участка с помощью вооруженных мелкосидящих барж и малотоннажных судов.

Наиболее трудоемкие работы по устройству противотанковых препятствий планировалось производить силами местного населения. Его мобилизацию, оповещение и доставку к месту работ должны были производить местные органы власти, которым должны были помогать в этих вопросах коменданты укрепрайонов.

Для оказания всемерного содействия командованию 51-й армии в укреплении Перекопского и Чонгарского направлений, мобилизации населения и материальных ресурсов Крымский областной комитет партии образовал комиссию под руководством заместителя председателя правительства республики Жукова. Комиссия должна была мобилизовать на оборонительное строительство Перекопско-Чонгарских позиций и возведение противотанковых рвов на Перекопе 20–25 тыс. человек из близлежащих районов Крыма.

Оборону Чонгарского и Перекопского перешейков предписывалось «строить непрерывно днем и ночью». Однако распоряжение командующего армией о привлечении рабочей силы не удалось выполнить полностью. 18 августа было привлечено для участия в оборонительных работах 11 тысяч человек, из которых только 7 тысяч были гражданскими. На следующий день количество вышедших на работы оказалось еще меньше: в них приняли участие всего 3551 человек. При этом к ним было привлечено всего 2 тысячи жителей Крыма (ЦАМО РФ, ф. 406, оп. 9837, д. 2, л. 13).

Впоследствии первый секретарь Крымского обкома Булатов возложил ответственность за срыв работ на военных, написав, что после направления 25 тыс. человек «военные специалисты утверждали, что оборона будет непроницаемой».

Из Керчи прибыла группа инженеров для установки противотанковых заграждений, из Севастополя — минеры для создания минных полей.

Для усиления заграждений перед передним краем полосы главной обороны и в связи с нехваткой штатных средств минирования было решено устанавливать в Сиваше морские мины разных типов, а по всему фронту — еще и авиабомбы (ЦАМО РФ, ф. 406, оп. 9837, д. 2, л. 19).