3 октября в процесс решил вмешаться Генеральный штаб, издав специальную директиву «О строительстве оборонительных рубежей». Директивой предусматривалось форсирование строительства третьего оборонительного рубежа (ЦАМО РФ, ф. 48а, оп. 3408, д. 15, л. 505–506). При этом твердого мнения о том, где должен проходить этот рубеж и что должно в него входить, в Ставке не существовало. Его линия была намечена лишь приблизительно, и на ней не были закончены даже рекогносцировочные работы.

Третий рубеж был наиболее протяженным из всех сооружавшихся и проходил по местности, неудобной для обороны, — от совхоза Тузлы — Шейх Эли до Сак.

Через 6 дней Ставка своей директивой № 002803 еще больше расширила третий рубеж, включив в него «оборонительные работы в горных проходах Ста[рый] Крым, Карасубазар, Шумхай, Бахчисарай», район Симферополя и даже Ак-Монайскую позицию.

То, что соорудить подобный мегарубеж сложно, было ясно и в самой Ставке. Поэтому в директиве указывалось, что строительство необходимо вести, «несмотря на трудности с выделением рабочей силы и получением позиционного имущества» и приступить немедленно к оборонительным работам на рубеже Окречь, Мулла-Эли, Карача-Кангил, Саки.

При этом сам рубеж хотя и возводился на случай, «если противнику удастся прорвать Ишуньские позиции и второй рубеж обороны», задача его была прежней — сохранение базы Черноморского флота, а следовательно, и удержание нами Крыма. Для выполнения этой задачи за пределами перешейков у 51-й армии не имелось ни сил, ни средств (ЦАМО РФ, ф. 48а, оп. 3408, д. 4, л. 367).

Ак-Монайская позиция рассматривалась только как часть этого рубежа, а не как последняя возможность не пропустить противника на Кубань и к Кавказу. Так задача была поставлена лишь в ноябре, когда время для создания третьего рубежа в том виде, в котором он был необходим, оказалось уже упущено.

1 сентября приказом командующего 51-й армии была создана конная группа, в состав которой вошли все три кавалерийские дивизии: 40-я, 42-я и 48-я. Начальником конной группы был назначен командир 48-й КД генерал-майор Аверкин.

Основной задачей группы являлись действия в северном и западном направлениях — то есть при создании угрозы перешейкам. При этом дислокация частей оставалась прежней, а менялось лишь их оперативное подчинение. Все три дивизии теперь должны были вводиться в бой на одном направлении и под общим командованием уже не штаба армии, а начальника конной группы.

При этом два полка самой 48-й КД (62-й и 71-й) оставлялись в непосредственном подчинении Авдеева, а 68-й КП передавался на усиление 1-й КСД (ЦАМО РФ, ф. 406, оп. 9837, д. 2, л. 62).

Массирование конницы в целом играло положительную роль, так как позволяло довольно быстро перебрасывать значительное количество боевых подразделений на большие расстояния. Это давало возможность быстро концентрировать силы в местах наметившегося успеха врага. Но применение конной группы могло помочь только в случае нанесения контрударов по относительно слабому противнику, так как кавалерийские дивизии имели слабую артиллерию. В дальнейшем конная группа по своему прямому назначению так и не применялась, хотя одна такая попытка все-таки была.

Обстановка перед фронтом 51-й армии продолжала ухудшаться, и командованию приходилось реагировать на ее изменения, укрепляя передний край обороны и принимая меры для отражения внезапных ударов передовых отрядов противника.

7 сентября начальник Генерального штаба в целом одобрил мероприятия по обороне полуострова, рекомендовав предусмотреть варианты действий на тыловых рубежах. Авиацию Шапошников посоветовал «на дальние цели не распылять, используя ее по важнейшей группировке противника», а также доработать с командующим флотом вопросы управления ПВО и использования авиации и кораблей флота для поддержки сухопутных войск. Также Шапошников потребовал немедленно приступить к работам на Ак-Монайских позициях и совершенствовать оборону Керченского полуострова.

11 сентября стало ясно, что отход 9-й армии остановить уже не удастся. Будет ли часть ее войск отходить на Крым, оставалось неясным. На всякий случай был отдан приказ «отходящие части 9-й армии быстро пропускать через проходы в нашей обороне в тыл, в районы по назначению командиров дивизий и приводить немедленно в порядок, доносить, какие части в каком состоянии отошли, где сосредоточены».

В это время в штабе армии вспомнили о группе Аверкина и стали рассматривать возможность рейда кавгруппы через Перекоп по тылам противника. Группа должна была, действуя в направлении Аскании-Новы и Мелитополя, облегчить отход 9-й армии, уничтожая тылы и подходящие резервы противника. Но части отступающей армии на Крым отходить не стали, и привлекательность плана для командования армии заметно снизилась, так как в случае неудачи подобного рейда 51-я армия могла остаться без резервов.

Всего через 2 недели после создания конной группы из ее состава была изъята 42-я КД, что сильно уменьшило ее возможности. Фактически группой две дивизии Аверкина являлись уже чисто номинально, так как никаких значимых задач самостоятельно решить они уже не могли. Удары этими кавдивизиями наносились только при поддержке других соединений и успеха не имели.

Ко встрече с противником продолжали готовиться уже без организации кавалерийских рейдов. С отходом частей 9-й армии надлежало выслать разведывательные отряды, установить ближайшие скопления сил противника и организовать их уничтожение огнем артиллерии и ударами ВВС.

В распоряжение командиров батальонов первого эшелона обороны выделялся дополнительный резерв противотанковых мин и раздавались бутылки КС (ЦАМО РФ, ф. 406, оп. 9837, д. 2, л. 90).

К моменту подхода противника к передовым оборонительным позициям на Арабатской стрелке их занимала 4-я рота 873-го СП, окопавшаяся в районе Геническа, и 5–6-я роты 873-го СП, занимавшие позиции в районе Генической горы. Район Генической горы прикрывался одной линией металлических надолбов и заграждениями из колючей проволоки. В районе имелся только один законченный железобетонный ДОТ и еще один находился в работе.

На Чонгарском перешейке между станцией Сальково и Сапунцевым укреплений было больше. Здесь успели построить металлические надолбы, противотанковый ров и установить до 8 рядов проволочных заграждений. Район прикрывался двумя железобетонными ДОТами. Оборонительные позиции здесь занимали два батальона 876-го СП, поддерживаемые дивизионами 852-го АП. Третий батальон 876-го СП был выдвинут вперед, в район Новоалексеевки. Сам Перекопский перешеек обороняли два стрелковых полка, занимавших довольно необычный трехэшелонный оборонительный порядок. Их поддерживали 498-й ГАП и 434-й АП (ЦАМО РФ, ф. 406, оп. 9837, д. 2, л. 97).

Первые столкновения с противником, произошедшие у Чонгарского перешейка и на Арабатской стрелке, показали, что готовность частей армии к встрече с врагом довольно условна.

События под Новоалексеевкой и взятие Сальково произвели сильное впечатление на командование 51-й армии. Через шесть часов после начала боев у Чонгарского перешейка командующий армией принял решение о создании оперативной группы, которую можно было бы использовать в случае возможного прорыва немцев на правом, наиболее слабом фланге оборонительных позиций.