2-я КСД, занимавшая участок береговой линии в районе Евпатории, считавшийся одним из наиболее угрожаемых де-сантоопасных направлений, была усилена одним строительным батальоном. Поэтому дивизия успела создать на берегу развитую сеть полевых укреплений, включавшую в себя не только окопы и ходы сообщения, но и крытые пулеметные точки. И приступила к постройке ДЗОТов. Правда, ее положение несколько осложнялось тем, что на ее участок совсем не завезли колючей проволоки.

3-я МСД активно занималась укреплением Симферополя, в чем ей оказывало значительную помощь местное население. Поэтому части дивизии, кроме окопных работ, успели приступить и к сооружению противотанкового рва. Однако отрытый в спешке ров оказался расположен слишком близко к городу, и дивизии пришлось делать еще один, который успели отрыть лишь на протяжении 10 километров, что было явно недостаточным и позволяло противнику в условиях равнинной местности легко обойти это препятствие.

11 сентября в связи с «обстановкой, создавшейся на фронте 9-й армии», командующий 51-й армией потребовал немедленной боевой готовности войск ко встрече с врагом. Но при этом приказал командиру 9-го СК, «продолжая неослабное укрепление Чонгарского и Перекопского перешейков» силами войсковых частей, не позднее 12 сентября организовать работы по строительству укреплений в районе между станциями Ишунь и Воинка. Также надлежало укрепить западный берег Перекопского перешейка южнее турецкого вала и восточный берег Литовского полуострова в районе восточнее Тимохино. Помимо этого, предписывалось укрепить еще и районы станций Джанкой, Джурчи и Большая Магазинка — Кутюке немецкое для «использования этих районов как базы для контрудара в случае прорыва противника с Чонгарского НВ, Покровского и Перекопского направлений».

Сил для выполнения такого объема работ в распоряжении командования армии не было, и Кузнецов надеялся «к работе по укреплению этих районов привлечь все освободившиеся от работы на основных позициях силы с широким использованием местного населения». То, что сами работы на перешейках далеки от завершения, генерал-полковник как-то не учел.

Руководить работами в районе станции Джанкой должен был командир 40-й кавдивизии, в распоряжение которого передавалось УВПС № 2. Работами в районе Джурчи должен был руководить командир 271-й СД, которому приходилось одновременно «продолжать строительство позиций по северо-западному побережью с расчетом обороны на этом участке дивизии в полном составе».

Руководство остальными работами возлагалось непосредственно на командира 9-го СК генерал-лейтенанта Батова. Несмотря на то что обстановка перед фронтом 51-й армии продолжала ухудшаться, большое внимание по-прежнему уделялось обороне побережья, которую надлежало все так же строить «на принципе занятия наиболее вероятных районов морских десантов противника сильными отрядами» (ЦАМО РФ, ф. 406, оп. 9837, д. 2, л. 81).

Впрочем, даже это Крымские дивизии пока сделать не могли, так как были заняты строительством оборонительных рубежей. Поэтому в резерве командира каждой дивизии оставлялся один батальон «полевых войск» и приданные истребительные батальоны, которые надлежало расположить «с расчетом использования на наиболее вероятных направлениях высадки морских десантов».

При этом Черноморский флот должен был форсировать минирование подступов к западному и южному побережьям Крыма и готовиться к минированию Феодосийского залива и подступов к Ялте. Считалось, что силы, которые удастся освободить за счет «участков, прочно обеспечиваемых ЧФ», позволят образовать ударную группу, которую можно будет использовать в случае прорыва противника в северной части Крыма (ЦАМО РФ, ф. 406, оп. 9837, д. 2, л. 82).

Работы на перешейках велись с огромным напряжением, посменно, круглые сутки. Особенно трудно пришлось инженерно-техническому составу военно-полевых строительств, которые возглавлял подполковник Золотухин. Смены у этих людей не было, есть и спать им приходилось урывками. И все же к началу немецкого наступления полностью завершить строительство они не успели.

Если Перекопские позиции находились в относительной готовности, то на Ишуньских предстояло еще многое сделать. Помимо этих двух полос обороны — Перекопской и Ишуньской — позже по распоряжению Генерального штаба взялись строить и третью, восточнее Феодосии, у основания Керченского полуострова, на так называемой «Ак-Монайской позиции», где ширина суши между Черным и Азовским морями не превышает двадцати километров. На этом, самом узком месте Парпачского перешейка решено было создать Ак-Монайский укрепрайон. Кроме того, начали сооружать оборонительный обвод и вокруг самой Керчи.

Поторопившись с началом возведения Ак-Монайского укрепрайона, командование 51-й армии недооценило значение Ишуньского рубежа в обороне всего Крыма. С началом боевых действий на Перекопе 2-е УВПС сразу перебросили на Парпачский перешеек, еще более замедлив этим темпы строительства на Ишуньском рубеже. Учитывая, что ширина Парпачского перешейка почти втрое превосходила ширину Перекопского, возможность возвести на нем достаточное количество оборонительных сооружений силами одного управления была довольно сомнительной.

Несмотря на то что угроза выхода немцев к перешейкам становилась все более реальной, оборонительные работы продолжали вести по всему полуострову. 17 августа Генштабом было принято решение «об использовании бывших Ак-Монайских позиций, запирающих восточную часть Крыма» (ЦАМО РФ, ф. 48а, оп. 3408, д. 4, л. 112), а 10 сентября заместитель начальника Главного морского штаба дал указание Военному совету ЧФ разработать непосредственно сухопутную оборону г. Керчи аналогично тому, как это делалось в Севастополе, дооборудовав местный сектор береговой обороны.

Прикрывать новый оборонительный район должны были формируемая для этих целей в самой Керчи морская бригада и части народного ополчения. Оборону планировалось строить на «максимальную глубину», оборудовав оборонительные рубежи стрелково-пулеметными окопами и «ДОТами полевого типа». В результате укрепления Ак-Монайской позиции оказались в наименьшей степени готовности, но их возведение замедлило сооружение других оборонительных рубежей.

Уже в период начала боевых действий под огнем противника оставшимися силами продолжали возводиться укрепления на Ишуньских позициях. ДОТы строились в течение 2–3 дней. На оборудование тылового рубежа за Ишунем и позиций по реке Чатырлык времени уже не хватило. Командующий 51-й армией генерал-полковник Кузнецов, в свое время недооценивший значение этого рубежа в обороне всего Крыма, счел виновным в создавшейся ситуации начальника инженерной службы армии Новикова. Кузнецов отстранил его от должности, назвав «слабым специалистом и неумелым руководителем», что разительно контрастировало с мнением руководившего инженерной подготовкой Одесского, а впоследствии и Севастопольского оборонительных районов генерал-майора Хренова, считавшего его «достойным человеком».

Новикова отправили руководить строительством Ак-Монайского укрепрайона, а временно исполняющим обязанности начальника инженерной службы был назначен полковник Шурыгин. Однако существенно изменить ситуацию так и не удалось. Чтобы создать на Ишуньских позициях глубокоэшелонированную оборону, не хватало ни времени, ни сил. Если строительство батальонных районов обороны на первом оборонительном рубеже двигалось вперед, хотя и с многочисленными недоделками, то строительство второго рубежа по линии Новый Букеш — Томашевка — Воинка и реке Чатырлык разворачивалось крайне медленно, а на линии третьего рубежа почти не велось.