Поскольку великий визирь и главнокомандующий янычар уехали на войну, иметь дело с ополченцами и ставшими их союзниками янычарами пришлось прежде всего шейх-уль-исламу, помощнику великого визиря, Кёсе Муса-паше и заместителю главнокомандующего янычар Мехмеду Ариф-аге. Годом ранее и Сеид Мехмед Атаулла-эфенди, и Кёсе Муса проявляли сочувствие к восставшим против «нового порядка» жителям Эдирне. Именно после тех событий Атаулла-эфенди был назначен на пост шейх-уль-ислама (как консерватор, который мог сделать реформы более привлекательными). На самом деле то, что Кёсе Муса не приказал войскам «нового порядка» подавить Босфорский мятеж в зародыше, избавило от кровопролитного противостояния, но в то же время лишило султана возможности принять военное решение.

В том, как развивался этот мятеж, не было ничего нового. Площадка для парадов была заполнена взбудораженными янычарами, а также оружейниками и ополченцами. Котлы, в которых янычарам готовили пищу, были вынесены на площадь и опрокинуты, что было традиционным жестом неповиновения султану. Результатом проходивших в казармах дискуссий стал список из двенадцати высокопоставленных чиновников, которых мятежники обвинили в своих обидах. Некоторые из бунтовщиков отправились на ипподром, чтобы потребовать выдачи этих чиновников. По пути они убили писаря янычарского корпуса, который оказался настолько безрассудным, что предложил им умерить свой пыл. Командиры янычар попытались успокоить толпу, но мятежники хотели заполучить в свои руки чиновников из списка, распустить армию «нового порядка» и уничтожить все следы ее существования. Испытывая страх, султан Селим согласился выполнить эти требования и пообещал вернуться к системе султанской пехоты и кавалерии, которая преобладала в годы правления султана Сулеймана I.

Когда слухи о неминуемом расформировании войск «нового порядка» достигли казарм в Гареме и Левент-Чифтлиги, обожаемые Селимом войска просто побросали свои посты и разбрелись по округе. Некоторых из правительственных чиновников, имена которых были внесены в список мятежников, были обнаружены там, где они скрывались, доставлены на площадку для парадов и убиты. Ради собственного спасения султан казнил других чиновников в своем дворце, а их головы послал янычарам. Вечером того же дня взбунтовавшиеся солдаты объявили, что нужно обеспечить безопасность престолонаследников (кузенов Селима и сыновей султана Абдул-Хамида I, Мустафы и Махмуда, которым тогда было уже более двадцати лет), намекая на то, что Селим может причинить им вред. По словам очевидца тех событий, воззвание, которое султан зачитал в канцелярии великого визиря и на площадке для парадов янычар, заставило прослезиться даже мятежников:

Был четверг 28 мая. И священнослужители, и командиры янычар (которые все это время настойчиво старались отделить себя от рядовых) полагали, что сентиментальный призыв, с которым Селим обратился прошлой ночью, положил конец этому мятежу: ведь султан согласился с требованиями мятежников, армия «нового порядка» распущена, а многие из государственных чиновников, упомянутых в списке двенадцати, уже убиты. Они считали, что солдат Босфорского ополчения можно усмирить с помощью денег, а их командиров по традиции наградить халатами и чинами. Однако когда это было предложено ополченцам, их командир Кабакчи («Продавец тыкв») Мустафа выразил несогласие, заявив, что у них есть еще одно требование: смещение султана Селима и возведение на трон принца Мустафы. Они больше не считали Селима ни своим светским, ни своим духовным лидером. В ответ на вопрос о дальнейшей судьбе Селима говорившие от лица ополченцев сообщили шей-хуль-исламу, что они не намерены причинять ему вред, и напомнили о том, что после низвержения в 1730 году султан Ахмед III мирно доживал свои дни во дворце. Тотчас были прочитаны те места из Корана, в которых говорится о престолонаследии, вознесены соответствующие молитвы, а с находившейся внизу площадки для парадов раздался одобрительный возглас многочисленной толпы: «Так тому и быть!» Шейх-уль-ислам Атаулла-эфенди побоялся в одиночку идти во дворец, чтобы передать Селиму известие о его смещении и совершить церемонию возведения на трон. Согласившись идти в сопровождении 2000 человек, он направился во дворец, находясь в центре толпы, которая по мере продвижения увеличивалась. Дворцовые ворота были закрыты, поэтому внутрь было передано письмо, адресованное главному черному евнуху. В этом письме сообщалось, что мятежные солдаты не разойдутся до тех пор, пока Селим не спустится вниз и не принесет клятву верности новому султану Мустафе IV.

Пятидесятитысячная толпа заполняла пространство перед дворцом и вокруг мечети Айя София, распевая: «Мы хотим султаном Мустафу!» Пока шейх-уль-ислам, заместитель великого визиря и их свита ожидали за воротами дворца, главный черный евнух передал Селиму ультиматум о низвержении. Это произошло в павильоне для обрезаний, находившемся внутри Висячего сада (ныне четвертый двор). Отчаявшись и не зная, что теперь делать, Селим направился в гарем, чтобы там разыскать своего кузена Мустафу, который после долгих лет изоляции проявлял нерешительность. Нового султана посадили на трон перед Воротами Блаженства и в ознаменование его восхождения на престол государственные деятели принесли клятву верности.

Султан Мустафа IV был возведен на престол на исходе того дня, когда был смещен Селим. На следующий день, в пятницу 29 мая, в Айя Софии возносили молитвы. Босфорское ополчение охраняло своего нового султана, но они добились не только этого. Их командиры требовали командных постов, и они их получили. Рядовые добились повышения жалованья. Лидер ополченцев Кабакчи Мустафа был назначен инспектором босфорских крепостей европейского берега. Новый султан издал указ, подтверждающий расформирование войск «нового порядка». В том же указе он просил ополченцев дать обязательство, что впредь они никогда не будут бунтовать и что в обмен на это обязательство они будут помилованы и все обвинения с них будут сняты. К началу июня волнения закончились. Янычары и ополченцы получили щедрые премии в честь восхождения нового султана на престол, и все военнослужащие вернулись в свои казармы.

Подобно тому как это случилось с султаном Османом II в 1622 году, султан Селим был низвергнут в ответ на попытки осуществить план реорганизации вооруженных формирований (существуют некоторые сомнения относительно того, входило ли это в намерения Османа. В расхожем представлении, именно в этом трагизм судеб обоих султанов), но, во всяком случае для Селима, царствование не всегда было тяжелым бременем. Его секретарь написал подробный и глубоко личный отчет о правлении своего владыки. Это хроники повседневной дворцовой жизни, не отягощенной заботами о государстве, описания путешествий, совершенных монархом по водным артериям города, пикников и выездов на охоту, музыкальных вечеров и приемов, а также военных смотров. Несмотря на всю серьезность стоявших перед ним целей, Селим (который был талантливым композитором) и его окружение имели такую же склонность доставлять себе удовольствие, как Ахмед III и его придворные.