Русские без сопротивления взяли город, окружили замок и открыли по нему орудийный огонь. Немцы пытались отстреливаться с орудийной башни «Длинный Герман», но в спешке плохо зарядили орудие, и оно взорвалось, разметав всю артиллерийскую площадку. К Нарве на выручку подошел отряд Г. Кеттлера, но он остановился неподалеку и не стал ничего предпринимать.

Зеегафен провел ревизию ресурсов для обороны замка и нашел три бочки пива, немного ржаной муки, вволю сала и масла и пороху на полчаса стрельбы. Пришлось сдавать замок. Русские не настаивали на сдаче в плен и беспрепятственно выпустили из замка отряд кнехтов с оружием. С отрядом ушли горожане, не пожелавшие оставаться в занятом русскими городе.

Падение Нарвы резко изменило ход войны. «Юрьевская дань» стала Ивану IV более неинтересна: оказывается, можно ее брать не деньгами, а городами. Когда ливонская делегация с «юрьевской данью» наконец прибыла в Москву после взятия Нарвы, то денег у нее не взяли. Послам ответили, что царь уже довольно получает в Ливонии. Послы особо не настаивали, чтобы избежать объяснений, как 60 тысяч талеров по мере передачи денег от городов к магистру и от магистра к послам каким-то непостижимым образом превратились в 40 тысяч. По возвращении в Ливонию эти деньги присвоил магистр, сказав, что средства все равно были собраны на нужды ордена…

Взятие Нарвы стало символом для обеих сторон конфликта. В Россию торжественно перенесли найденные на пожаре неопалимые иконы (потом образы Богородицы и Святого Николая хранились в нарвской церкви) и объявили, что падение города было чудом, Божьей волей. В Европе стали утверждать, что Нарва — источник богатства и экономического процветания русских. Кеттлер писал императору Священной Римской империи: «Нарва, которой владеют русские, это — глаз Ливонии, и ее необходимо отвоевать, ибо без Нарвы русские, лишившиеся главной опоры, не страшны». Француз Губерт Ланге писал Кальвину 26 августа 1558 года: Иван IV взял Нарву, самую удобную гавань на Балтийском море. Русский царь не успокоится, пока не упрочит свое могущество. «Если в Европе чье-либо могущество должно возвеличиваться, это будет Россия».

В июле 1558 года русская армия вторично вошла в Ливонию. Она двигалась тем же маршрутом — от границы под Нейгаузеном вдоль западного побережья Чудского озера в направлении местности Оденпе. Но теперь, кроме деревень, русские осаждали и брали города: Кирримпе, Дерпт, Ковлет, Ранден, Конгот, Ринген, Нейшлосс, Везенберг. Историк В. Пенской справедливо назвал летний поход 1558 года «Потопом» — по известной библейской аналогии. К концу августа русские контролировали земли Одинпе, Вирланд и Аллентакен и развернули наступление на Летляндию (направление Венден — Шванебург), Гарриен и Вик (окрестности Ревеля и Вейсенштейна).

Осенью орден смог нанести несколько контрударов, отбить Ринген и осадить новую столицу «Русской Ливонии» — Дерпт, переименованный в Юрьев. Ливонцы показали, что они способны к сопротивлению и их рано списывать со счетов. Тем не менее итоги военной кампании 1558 года были однозначны: гибель Ливонии была вопросом времени, причем ближайшего. Надо было решать, как делить Прибалтику и кто в этом будет участвовать.

Россия недооценила масштаб международного кризиса, вызванного ее военной операцией. Видимо, это было связано с недостаточной информированностью русской дипломатии о планах Пруссии и Польской короны в отношении Ливонии. О Позвольском договоре, судя по всему, знали, но не воспринимали его всерьез — во всяком случае, он не остановил наступ­ления русских.

В феврале 1558 года, практически одновременно с первым набегом на Ливонию, Москва начала большую дипломатическую игру с Великим княжеством Литовским. Суть ее можно выразить словами: «Крым в обмен на невмешательство в Ливонии». 19 февраля 1558 года в Литву прибыло посольство Р. Алферьева и подьячего И. Тютева. Россия предлагала военно-политический союз против Крымского ханства. Такой альянс, несомненно, получил бы полное одоб­рение у европейской антимусульманской лиги и ее лидера — Священной Римской империи. За военную помощь Великое княжество Литовское должно было заплатить лояльностью: отказаться от старых территориальных претензий к России и не противодействовать войне в Ливонии.

Комбинация затевалась не только ради свободы рук в Ливонии — в 1550‐е годы Россия последовательно вытесняла мусульманские государства из Восточной Европы: было уничтожено Казанское ханство (1552), Астраханское ханство (1554–1556), началось наступ­ление на Крымское ханство (с 1556 года) и на службу России перешли ногаи.

Среди русской знати существовал некоторый раскол. Одни считали, что Прибалтика нам не нужна, а следует наступать на юг — на Крым. Татары были привычным противником (в отличие от тех же ливонцев, к которым по большому счету не было крупных взаимных претензий). Продвижение на юг сулило поместные раздачи, причем плодородной, роскошной земли современного Центрального Черноземья. Русский дворянин знал, что ему делать с землей, — но что делать с Балтийским морем, он представлял слабо. К тому же война с татарами была войной христиан с мусульманами. А война с ливонцами — как ни верти — конфликтом христиан с христианами, хоть и «латинянами» и «люторами».

Россия и Крым обладали примерно равным военным потенциалом в ХVI веке, по крайней мере по мобилизационным возможностям (и та и другая страна могла выставить около 100 тысяч воинов). Объединение сил России и Великого княжества Литовского сразу дало бы решающий перевес, позволивший навсегда загнать татар за Перекоп и прекратить набеги на южные окраины России и Литвы. Визит Алферьева в Вильно, кстати, совпал по времени с набегом татар на Подолье, поэтому его предложение паны выслушали очень внимательно. Правда, годы недоверия и вражды заставили панов опасаться, что Иван IV воспользуется начавшейся войной с Крымом и нападет на Литву. «Лихи вы, верить нельзя», — таково было общее настроение на переговорах. 16 июня 1558 года в Москву с ответным визитом прибыл посол Ян Юрьевич Волчок, который подтвердил готовность Королевства Польского и Великого княжества Литовского обсуждать вопрос о военно-политическом союзе против татар.

В январе 1559 года на Ливонию началось новое русское наступление. Датские послы, проехавшие через страну в феврале, обратили внимание, что «орден у народа в презрении» за то, что не уберег страну. Русские хозяйничают по всей Эстонии и Леттляндии. Увиденное так впечатлило дипломатов, что они решили требовать у магистра крепости Феллин и Пернов в обмен за посредничество в переговорах с русскими, потому что, по их мнению, все равно «эта страна не может существовать без покровительства иностранного государя».

Тем временем дипломаты Великого княжества Литовского, разобравшись в ситуации, вывернули ее наизнанку. Вместо предложенного Россией военного союза против Крыма в обмен на невмешательство в ее внешнеполитические дела теперь Литва рекомендовала России вернуть земли, захваченные в «порубежных войнах» первой трети ХVI века, и прекратить войну в Ливонии против родственника Сигизмунда II архиепископа Вильгельма, а в ответ она обещала поддержать Россию в ее антикрымской политике и, главное, продлить истекавшее перемирие. Иначе говоря, перед Москвой открывалась перспектива новой войны — с Великим княжеством Литовским, что совершенно меняло расклад сил в борьбе за Ливонию. Впервые вопрос об этом поставило в марте 1559 года посольство Василия Тишкевича. Русские дипломаты не нашли, чем парировать требования литовских пос­лов. Они лишь заявили, что Россия перемирие «додержит», а там — «как Бог даст».