В 1560‐м — начале 1561 года Ливония была поделена на несколько частей: Эзель, Вик и части Гарриена и Курляндии были в руках датчан; Вирланд, Аллентакен, Одинпе и часть Иервена — под оккупацией России; значительные районы Курляндии и Летляндии — в залоге польскому королю Сигизмунду; Ревелем и Гарриеном владели шведы; власть ордена распространялась на некоторые разоренные войной районы Иарвена и Гарриена и на менее пострадавшую Курляндию; независимость сохраняла Рига.

Магистр Кеттлер забрасывал короля Сигизмунда II Августа письмами, в которых умолял как можно скорее ввести войска в еще не занятые русскими районы Ливонии — ввести на любых условиях. Король не спешил — он должен был выяснить, удастся ли обыграть Россию дипломатическим путем. Посольство Мартина Володевича в январе 1560 года фактически обрисовало перед Иваном IV два сценария развития событий. Выбор был простой: или Россия уходит из Ливонии и вступает в союз с Польшей и империей против «мусульманского мира», или не уходит и тогда против нее выступит вся Европа, начиная с Королевства Польского и Великого княжества Литовского.

Сигизмунд II, видимо, допускал, что участие в «антимусульманской лиге» будет для России наградой, стóящей уступок в Ливонии. Надежда была напрасной. Москва мыслила совсем в других категориях, чем Краков и Вильно. У царя Ивана были свои представления не только о целях, к которым надлежит стремиться, но и о наградах. Главной наградой был он сам.

18 августа 1560 года государь приказал отправить в Литву посольство окольничего Ф. И. Сукина и дворцового дьяка Г. Шапкина с предложением… сватовства московского монарха к сестрам-Ягеллонкам, принцессам Анне или Екатерине. Тем самым был бы заключен династический союз между двумя могущественнейшими династиями Восточной Европы. В условиях, когда Иван Грозный — зять короля Сигизмунда II, конечно, ни о каких спорах за Ливонию не могло бы быть и речи. Но Ягеллон не оценил предложения и отказал, выдвинув условием заключения брака вывод русских войск из Ливонии, возврат Смоленска и Северских земель. Иван IV явно переоценил себя как жениха, так же как Сигизмунд II — прелести для России членства в европейском военно-политическом союзе.

Тем временем в Ливонии начались первые боевые столкновения литовских и русских войск. 31 августа 1561 года М. Радзивилл взял замок Тарваст, который оборонял русский гарнизон. Собственно, с этого момента можно отсчитывать начало русско-литовской войны.

28 ноября 1561 года по Второму Виленскому соглашению началась официальная ликвидация Ливонского ордена. Его последний магистр, Г. Кеттлер признал себя вассалом Сигизмунда II Августа и получил в ленное владение Курляндское и Земгальское герцогства. 5 марта 1562 года литовский князь М. Радзивилл принял присягу магистра, архиепископа и ливонских сановников. Эта дата и считается днем гибели ливонской ветви Немецкого ордена.

В результате «войны за ливонское наследство» 1558–1561 годов в Прибалтике возникла новая геополитическая реальность. Исчез Немецкий орден, с ХIII века господствовавший в регионе. Это было средневековое государство, основанное на союзе креста и меча, католических епископств и духовно-рыцарской корпорации. В нем постепенно все большую роль начинали играть города и торговые корпорации.

Непрочная конфедерация Ливония легко распалась на части. Показательно, что о единстве Ливонии вопрос даже не поднимался, каждый ландсгерр и город спасались в одиночку. Новые территориальные единицы образовывались по принципу: «Отдаю суверенитет и принимаю чужое подданство в обмен на военную защиту». Для Средневековья это была привычная формула. Карликовые суверены теряли независимость и переходили под сюзеренитет более сильных монархов.

Раздел Ливонии с исторической точки зрения не нес ничего необычного для самой Ливонии. Однако для стран, участвовавших в этом процессе, новации были, и значительные. Россия впервые присоединяла инокультурные территории Европы. У нее был опыт захвата восточных земель Великого княжества Литовского, которые в конце ХV — начале ХVI века не отличались принципиально от русских территорий: те же православные церкви, деревянная архитектура, городская планировка, почти тот же язык. Чужими были земли завоеванных Казанского и Астраханского ханств, но с ними обошлись как с пустующими — население покорили, пространства колонизировали.

С Ливонией так нельзя было поступить: русские оказались в непривычном для них мире каменных замков и городов, кирх и морских портов, среди немецкоязычного населения. Есть свидетельства, что они неуютно чувствовали себя в каменных домах и делали к ним деревянные пристройки для размещения своих гарнизонов. Нельзя было истребить все местное население и заселить Ливонию русскими. Следовало придумать новую формулу присоединения. Идея, что Ливония есть исконная вотчина Рюриковичей, могла устраивать Ивана Грозного, но мало объясняла, что конкретно делать русским воеводам в захваченных городах и замках. Алгоритм действий предстояло выработать, если Москва хотела прочно утвердиться в Ливонии. Поиск новых принципов государственной политики заставлял делать первые, неуверенные шаги по строительству Российской империи.

Для Швеции захват плацдарма в Эстонии был первым шагом за Балтийское море, на земли Центрально-Восточной Европы. Этот вектор, по которому будет следовать Швеция ближайшие полтора столетия, приведет ее к превращению в сильнейшую балтийскую державу. В историографии период после 1561 года обозначается как «шведское великодержавие» (stormaktstiden). Иногда употребляется также термин «Шведская империя», хотя исторически он не точен (в Швеции никогда не было императора).

Для Польши захват Прибалтики также стал важным событием. Поражение Ягеллонов при Мохаче от турок в 1526 году с лихвой компенсировалось покорением Пруссии и Ливонии. Тяготы противостояния с Россией принимало на себя Великое княжество Литовское, в Польше они ощущались слабо. Было сладко принимать в подданство сначала Альбрехта Бранденбургского, а затем и Г. Кеттлера, из магистра Немецкого ордена превратившегося в заурядного и во всем зависимого герцога Курляндского. Польша была на пути перерождения в Речь Посполитую — государственное образование, которое сумело объединить в рамках единой державы разные народы.

Таким образом, гибель маленькой Ливонии запустила сложные процессы трансформации восточноевропейских государств.

Было бы неправильным изобразить жизнь Ливонии 1558–1560 годов исключительно как историю бессильной жертвы, которую порвали на части соседи-агрессоры, в то время как последние рыцари-герои самоотверженно совершали подвиг безнадежного сопротивления превосходящим силам врагов-московитов.

Ливония в это время жила отнюдь не только войной. Ее общество переживало сложный и болезненный процесс перехода к протестантизму. Гибель Ливонской конфедерации во многом произошла из‐за того, что ни орден, ни католическую церковь вообще никто особо и не старался защищать, кроме «последних рыцарей» вроде Фюрстенберга. В Ливонии стремительно побеждали протестанты, благо им очень помогли русские, разгромившие орден и ландсгерров.