Не оправдались надежды Франции использовать Мехмеда Али для достижения своих целей в магрибских провинциях султана (поскольку он был убежден в том, что сфера его интересов — восточное Средиземноморье, а не западное), и начиная с 30-х годов XIX века она, действуя самостоятельно, стала постепенно оккупировать территории полунезависимой от Османской империи провинции Алжир. В качестве компенсации за потери, которые он понес, вступив в противоборство с великими державами на Пелопоннесе, Мехмед Али попросил у султана Махмуда сирийские провинци, богатые как природными, так и людскими ресурсами. Но вместо этого султан предложил ему стать губернатором Крита. Он отклонил это предложение, зная, что поддержание порядка на этом острове истощит его финансы. В 1831 году он начал военные действия против Сирии, причем как на суше, так и на море. Командуя восстановленной египетской армией, его сын Ибрагим-паша наголову разбил османские войска и вошел в Анатолию, где встретил энергичное сопротивление со стороны местного населения. Это был открытый мятеж, с которым Стамбул не мог мириться: подобно непокорным губернаторам минувших эпох, самым недавним из которых был Тепеделени Али-паша, Мехмед Али и Ибрагим были объявлены бунтовщиками, и против них была выслана армия под командованием великого визиря Рашид-паши. Когда эти две армии сошлись неподалеку от Коньи, османские войска были разбиты, а великий визирь взят в плен.

Возможно, в то время в намерения Мехмеда Али вовсе не входило провозглашение независимости от султана — честолюбие, несомненно, подталкивало Мехмеда Али проверить, каковы пределы его вассальной зависимости, но, по всей вероятности, у него и в мыслях не было выходить за пределы принятых в империи норм; в конце концов, он ведь и сам был турком. У Ибрагим-паши была иная точка зрения. Даже когда Мехмед Али написал Махмуду письмо, в котором просил прощения (и в то же самое время требовал, чтобы ему позволили оставить за собой обширные территории, которые он к этому времени захватил), Ибрагим настаивал на том, чтобы его отец чеканил монеты со своим именем и чтобы его имя упоминалось в пятничных молитвах. И снова казалось, что величайшая угроза империи исходит из ее же пределов: к январю 1833 года Ибрагим подошел к Кютахье, расположенной в непосредственной близости от Бурсы. Снабжение Стамбула было частично перерезано наступавшей египетской армией, и городу угрожал голод. Не добившись никаких конкретных обещаний о помощи ни от Британии, ни от Франции, султан Махмуд был вынужден обратиться за помощью к царю Николаю, и в феврале 1833 года русские создали плацдарм в районе Босфора, к северу от Стамбула. Подобная просьба оказать содействие в борьбе с одним из губернаторов Османской империи, адресованная ее же давнему врагу, который мог использовать предложенное вмешательство только в своих собственных интересах, было беспрецедентным случаем и говорило о крайней слабости империи.

Мехмед Али извлек пользу из этой рискованной авантюры. Неоднократные попытки его успокоить закончились тем, что к апрелю 1833 года он числился губернатором Египта, Алеппо, Дамаска, Триполи (в Сирии), Акры, Крита, Бейрута, Сафеда, Иерусалима и Наблуса; Ибрагим-паше надлежало править Джиддой, Хабешем и Меккой, а в начале мая он был назначен сборщиком доходов провинции Адана, в лесах которой он надеялся добыть древесину для постройки собственного флота. В июле был подписан так называемый пакт о взаимной обороне между Россией и Османской империей, Ункар-Искелийский договор, получивший такое название в честь базы, находившейся в северной части Босфора, где летом 1833 года стояла русская эскадра. Дьявольским коварством стала часть секретной статьи этого договора, по которой турки, в сущности, соглашались закрывать Дарданеллы для военных кораблей третьих стран в том случае, если об этом их попросит Россия.

Уступки, на которые пришлось пойти ради мира, вызывали у Махмуда негодование. Несмотря на все свои достижения, Мехмед Али тоже считал, что с ним скверно обошлись: назначения Ибрагима каждый год подлежали пересмотру, от Египта по-прежнему ожидали ежегодных переводов средств в центральную государственную казну, а владение сирийскими территориями оказалось менее выгодным делом, чем он это себе представлял, поскольку местное население оказывало сопротивление администрации Ибрагима. Колебания цен на хлопок ослабили экономику Египта, а его население сопротивлялось призыву в армию, тем самым проявляя свое едва сдерживаемое недовольство формой и темпами проведения реформ Мехмеда Али.

Неудовлетворенность достигнутым и неудачи последующих лет только усилили честолюбивые притязания Мехмеда Али. В мае 1838 года, встревожив как султана (который оказался перед угрозой лишиться даже формального контроля над Святой землей), так и западные державы, он со всей ясностью дал понять, что желает получить независимость. В 1839 году османской армии снова было поручено разобраться с Ибрагим-пашой, и снова, несмотря на реформы Махмуда, она была разбита. 24 июня Ибрагим выиграл решающую битву при Низипе, к юго-востоку от Газиантепа. Не прошло и недели, как умер Махмуд, а новым султаном стал его сын Абдул-Меджид. Главный адмирал воспользовался этим моментом, чтобы перейти на сторону Мехмеда Али, и вместе с имперским флотом отплыл в Александрию. Правительство нового султана готовилось пойти на очередные уступки.

Война с Мехмедом Али была внутренней проблемой Османской империи, но эта проблема была разрешена с помощью европейских держав. Преодолев многочисленные разногласия, Британия, Россия, Франция, Австрия и Пруссия, выступив единым фронтом, предупредили великого визиря, чтобы он не спешил заключать соглашение с алчным губернатором. 22 августа Стамбул ответил тем, что предоставил европейским державам полномочия вести переговоры об урегулировании от лица Османской империи. Последовавшие за этим дипломатические шаги раскрыли подлинную суть «восточного вопроса»: каждая из держав с подозрением относилась к влиянию, которое другие державы оказывали на Османскую империю, и в особенности опасалась того, как бы другая держава не получила незаконного преимущества, будь то стратегическое, территориальное или торговое. В отличие от решения греческой проблемы, когда интересы европейских держав совпадали, были направлены против турок и стали средством достижения независимости, в 1839 году дипломатией двигал страх перед Россией: после того как в 1833 году Россия заключила Ункар-Искелийский договор, она значительно укрепила свои позиции в турецких делах, и то, к чему это могло привести, стало для Британии предметом особого беспокойства.

В июле 1840 года весьма сложные переговоры закончились компромиссом: конвенцией по умиротворению Леванта, подписанной Британией, Австрией, Пруссией, Россией и Османской империей. Франция отказалась участвовать в осуществлении неизбежных мер воздействия на Мехмеда Али. По условиям этого соглашения Мехмед Али лишался захваченных им провинций, но губернаторство в Египте признавалось за ним и за его преемниками как передаваемое по наследству — в течение долгих лет он добивался именно такого решения. Что касается Османской империи, то Египет оставался ее частью. Сначала Мехмед Али отказывался уходить с территорий, которые ему больше не разрешалось держать под своим контролем, и надеялся добиться более благоприятных условий при посредничестве Франции. Восстание в Сирии против режима Ибрагим-паши стало тем благоприятным случаем, который был нужен державам для того, чтобы вмешаться и изгнать его из этой провинции. Мехмед Али согласился вернуть османский флот, а султан попытался ввести жесткие условия передачи по наследству должности губернатора Египта, но партнеры по конвенции его отговорили. Не прошло и года, как Мехмед Али был покорен. Имперское постановление об изменении статуса провинции Египет включало в себя дополнительное условие, по которому все соглашения, заключенные османским правительством с другими государствами в равной степени относятся и к Египту. Это ограничивало потенциальные возможности Мехмеда Али как источника будущих неприятностей: прежде его власть в значительной степени финансировалась за счет деятельности государственных монополий, но теперь эти монополии были запрещены по условиям торгового соглашения, получившего название конвенции Балталимани, в честь босфорской деревни, где в 1838 году это соглашение подписали Британия и султан Махмуд. В июле 1841 года Франция, Британия, Россия, Австрия, Пруссия и Османская империя подписали конвенцию о Проливах, вводившую правило, согласно которому в мирное время Дарданеллы и Босфор должны оставаться закрытыми для иностранных военных кораблей.