Казнь еврейских банкиров и подавление ордена Бекташи вызвали широкое недовольство (хотя Махмуд и прекратил репрессии, оставив в силе лишь официальный запрет ордена Бекташи), а цена проводимых им реформ оказалась слишком высокой: все чиновники, с которыми он связывал успешное осуществление своих планов модернизации армии, получили щедрые вознаграждения, а для ремесленников города были введены новые налоги, которые должны были восполнить нехватку средств. Жители Стамбула были ошеломлены событиями тех месяцев — утратившие доверие к властям и обеспокоенные их действиями, они с ужасом наблюдали за тем, как трупы, «многие из которых были разодраны и обкусаны собаками», прибивало к берегу южнее дворца Топкапы. В конце июля, когда количество трупов увеличилось, в городе началась чума. 31 августа 1826 года, когда Махмуд решил, что добился полной победы над янычарами, он вернул священное знамя в сокровищницу. Почти сразу после этого ужасные пожары стали бушевать по всему городу, дома которого были сухими, как трут, по причине жаркого лета. Многие возлагали вину за поджоги на бывших янычар, которым удалось избежать репрессий.

Не прошло и нескольких месяцев после разгрома турецко-египетского флота в Наваринском сражении, как Россия объявила войну Османской империи. В апреле 1828 года русская армия вторглась в Молдавию, а к июлю 1829 года подошла к Эдирне (от Стамбула ее отделяли всего лишь 200 километров), в то время как ее кавказская армия захватила северо-восточную Малую Азию, в том числе Эрзурум и Трабзон, а также множество других крепостей. Турки запросили мира, который был достигнут заключением Адрианопольского (Эдирне) договора. Согласно одному из условий мирного договора турки давали молчаливое согласие на создание независимого греческого государства, включавшего в себя Пелопоннес и часть материковой Греции с некоторыми островами. В мае 1832 года едва оперившаяся греческая республика официально стала королевством, под «протекторатом» Британии, Франции, России и Баварии — последняя в качестве короля предложила Греции семнадцатилетнего католического принца Отто, который был сыном Людвига Баварского. Признание нового государства ознаменовало начало участия европейских государств в делах Греции, которое продолжалось в течение всего XIX века. По Адрианопольскому договору Россия получала право торговать в пределах границ Османской империи. Признавалась оккупация Россией части Грузии и Армении и, что было особенно важно, признавалось ее влияние в дунайских княжествах. Для Британии в особенности было крайне нежелательно такое развитие событий, при котором Россия получала контроль над Балканами и над Османской империей: она начинала рассматривать Россию как значительную потенциальную угрозу своим растущим интересам на Востоке. В последующие годы политика великих держав претерпела изменения, в центре которых лежала решимость Британии предотвратить распад Османской империи, что было выгодно России.

Несмотря на тяжкие условия мирного договора, сопровождавшиеся потерей престижа, султан Махмуд пережил поражение, нанесенное ему Россией. Для него это было не более чем доказательство того, что война пришла слишком быстро: те выгоды, которые давала военная реформа, еще не показали себя в достаточной мере. Однако для низшего духовенства это поражение было еще одним доказательством того, что западные нововведения наносят вред принципам ислама. Они не только отказались их поддерживать, но и подстрекали население провинций присоединиться к их протестам. Народные волнения, охватившие Анатолию в 1829 и 1830 годах, дали возможность бывшим янычарам заставить воспринимать как достоинство свою способность постоянно создавать неприятности. Несмотря на унижения со стороны внешних врагов и внутренние волнения, Махмуд с еще большей настойчивостью продолжал свои реформы. В отличие от намерений его предшественников честолюбивые замыслы Махмуда касались не только сферы вооруженных сил: ему было ясно, что постепенное усиление боеспособности армии само по себе не будет достаточным средством для поддержания целостности османского государства и обеспечения условий, при которых Османская империя будет играть активную роль в принятии решений международного уровня. Поэтому его цель была никак не меньше, чем преобразование всего общества — реорганизация или Танзимат, т. е. «благоприятная реорганизация», как ее назвали в указе, написанном незадолго до его смерти.

Исходя из этого, Махмуд переключил свое внимание на механизм управления империей, поставив себе целью снова централизовать ее, как он это сделал с армией и казначейством. Но сначала ему нужно было получить ясное представление о ресурсах империи. Поэтому в 1830–1831 годах в Румелии, Анатолии и на островах Эгейского моря впервые за последнее время была проведена перепись, предназначенная для подсчета и распределения по категориям османских подданных с целью установления их обязательств в отношении военной службы и уплаты налогов. Она была проведена в течение года, и для того, чтобы сделать почти невозможным уклонение от переписи, ее собирались повторять через каждые шесть месяцев.

Махмуд стал первым османским султаном, который совершал поездки по своим владениям, чтобы самому увидеть, как живут его подданные. В период с 1830 года и до своей смерти в 1839 году он совершил пять поездок: в январе 1830 года он отправился в Текирдаг, на северном берегу Мраморного моря; в июне 1831 года в район Дарданелл и в Эдирне (тогда он целый месяц не появлялся в Стамбуле); в сентябре 1833 года он на неделю уехал в Гемлик и Измит, чтобы посетить военно-морские верфи; вторая поездка в Измит состоялась в ноябре 1836 года, когда там спускали на воду новый линейный корабль; а в апреле 1837 года он отправился в Румелию, где провел более месяца и посетил Варну на берегу Черного моря, Силистрию и Русе на Дунае, а также Шумен, Велико Тырново, Казанлык и Стару Загору в Болгарии. Во время каждого путешествия он посещал святые места и военные объекты, инспектировал общественные сооружения и обещал государственную помощь в их строительстве, встречался с местными сановниками и вникал в заботы простых людей, как мусульман, так и немусульман.

Османская администрация научилась отвечать требованиям менявшихся функций, которые она была призвана выполнять и по традиции, у представителей трех ее ветвей, военной, гражданской и религиозно-правовой, была возможность взаимных перемещений, при которой многие заметные государственные деятели начинали свою карьеру в последней из названных ветвей, а потом перемещались в гражданскую или военную. За последние два года своего правления, то есть начиная с 1837 года Махмуд учредил три министерства, которые, хотя и оказались недолговечными, создали важный прецедент на будущее: министерство внутренних дел, возглавляемое великим визирем (которого начиная с этого времени иногда называли премьер-министром); министерство иностранных дел, которое в конце XVII века появилось как отдельная ветвь правительства; и министерство юстиции. Для гражданских служащих был введен табель о рангах, от старой системы ежегодного подписания контрактов отказались, а вместо привычной, но чреватой злоупотреблениями системы вознаграждений ввели оклады. Высший совет юстиции, сформированный правительством Махмуда в 1838 году для подготовки законопроектов и осуществления законодательной деятельности, позднее был расширен и оставался главным правовым органом империи.