Махмуд быстро приступил к созданию новой армии. Первоначально корпус «Победоносных солдат Мухаммеда» должен был состоять из 12 000 пехотинцев и приблизительно 1550 кавалеристов, расквартированных в Стамбуле, и дополнительных подразделений в провинциях. Подробные положения определяли условия их службы (они служили как минимум двенадцать лет и раз в год имели право уходить в отпуск) и их форму европейского образца.

В назначенные сроки государственное казначейство выделит каждому майору толстую куртку с шитьем золоченой нитью, пару брюк из темно-красного тонкого сукна со швом, плотно облегающих ногу до верхней части голени, и просторный халат, а также стеганый головной убор наподобие калпака, украшенный золоченой нитью, и лахорский платок [т. е. платок из тонкой шерсти]. При необходимости это будет заменено при выплате жалованья. Шестого мая каждого года каждому адъютант-майору будет выделена короткая толстая куртка и короткий просторный халат, а также стеганый головной убор наподобие колпака, украшенный золоченой нитью, и багдадский платок [т. е. вероятно, платок из шелка или хлопка] с цветочным узором, а капитанам, лейтенантам и знаменосцам, а также сержантам — вышеупомянутую одежду, за исключением платка; а каждому рядовому солдату и писарям — длинную толстую куртку из смеси тонкого сукна и шелка-сырца. Форма рядового также будет состоять из простого стеганого головного убора наподобие колпака и плаща для строевой подготовки из прочной грубой шерсти, а также короткого просторного халата и брюк из домотканной шерсти, обтягивающих ногу до верхней части голени, а также кальсоны и легкие полусапожки.

Согласно традиции, корпус янычар состоял из христиан, обращенных в ислам, и нет сомнений в том, что новообращенные продолжали в него вступать даже после того, как его основу стали составлять люди, которые с рождения были мусульманами. Согласно своду законов корпуса «Победоносных солдат Мухаммеда» в его состав не должны были входить никакие новообращенные. Среди погибших в Стамбуле янычар были и немусульмане, о чем говорила татуировка в виде креста на их предплечьях. Султан утверждал, что это шпионы-христиане, которые выдавали себя за мусульман.

Казармы янычар в Стамбуле были снесены, а подразделения новой армии были расквартированы за чертой города, в Левент-Чифтлиги, Ускюдаре и Дауд-паше, где Селим III построил казармы для своей армии «нового порядка».

Для поддержания новой армии открывались военно-инженерные и военно-морские школы, была создана медицинская школа и другие подобные учреждения. В отличие от своих предшественников, Махмуд привлек к созданию своей новой армии лишь горстку иностранных советников (тогда у турок было мало друзей в Европе, и, когда султан обратился за помощью к хитрому губернатору Египта, Мехмеду Али-паше, тот заявил, что его офицеры-инструкторы еще не готовы к решению такой задачи), поскольку его иноземные инструкторы «в Египте привыкали к высоким окладам и дорогой форме, а их присутствие в Стамбуле только вредило османской армии».

Одним из этой горстки привлеченных иностранцев был сеньор Калоссо, бывший офицер пьемонтской кавалерии, который жил в Стамбуле уже несколько лет и научил султана Махмуда ездить верхом по-европейски. Вот что написал в 1828 году шотландский путешественник Чарльз Макфарлейн, посетивший Стамбул:

Не прошло и месяца со времени ликвидации корпуса янычар, как правительство нанесло удар по Бекташи, ордену дервишей, который был наиболее тесным образом связан с янычарами. Основатель этого ордена, давший ему свое имя, являлся праведником-покровителем этого корпуса, который часто называли «корпусом Бекташи». Руководители признанных правительством орденов дервишей — Накшбанди, Кадыри, Хальвети, Мевлеви и Саади были кооптированы для приведения доводов в пользу подавления Бекташи. Какое бы отвращение они ни испытывали к необходимости определять судьбу своих коллег, у них не было иного выбора, кроме одобрения того, что, в сущности, являлось политическим решением, которое было представлено как религиозное. Обвинение, вынесенное Бекташи, оказалось вполне традиционным — это было обвинение в ереси, которое на протяжении всей истории так часто использовалось для оправдания целесообразных с политической точки зрения действий против мусульман, репутация которых как правоверных суннитов не подлежала никакому сомнению. Видные деятели ордена были казнены, а собственность Бекташи в Стамбуле была конфискована и продана либо передана другим лицам. Постановление применялось не только в столице: повсюду в Румелии и Анатолии безжалостно расставались с прошлым, направляя доходы, поступавшие с земельных владений Бекташи, в казну новой армии Махмуда.

Слухи и дезинформация стали питательной средой для чисток: многие из тех, кого предали анафеме, не имели никакого отношения к Бекташи и были представителями как высших, так и низших слоев. На великого визиря Селима Мехмед-пашу была возложена ответственность по искоренению адептов ордена Бекташи в Стамбуле. Но придворному летописцу того времени Ахмеду Луфти-эфенди стало известно о том, что сам Селим Мехмед-паша является членом Бекташи. В 1826 году выходец из высших слоев духовенства Шанизаде Атаулла-эфенди (бывший придворный летописец и автор значительных научных трудов по медицине) был обвинен в сочувствии Бекташи и приговорен к высылке из Стамбула. Он умер от разрыва сердца (во всяком случае, так объяснили его смерть), еще до того как ему передали распоряжение султана покинуть столицу. Практика членства не в одном, а сразу в нескольких орденах дервишей была распространенным явлением, а поскольку попытки искоренить бекташи отличались невероятным рвением, то доставалось и шейхам других орденов, которых тоже отправляли в ссылку. Главным образом благодаря возможности проникать в другие ордена, где их принимали, и особенно в находившийся под покровительством официальных властей орден Накшбанди (которому они передали свою собственность), бекташи сумели уцелеть, хотя и перешли на нелегальное положение, а в середине столетия они снова стали пользоваться открытой поддержкой высших кругов.

Связь с янычарами стала причиной казни влиятельных глав трех богатейших еврейских семейств Стамбула — Аджиман, Кармона и Габбаи. Как и его предки, Исайя Аджиман был банкиром корпуса янычар. Сообщалось, что и двое других имели отношение к финансам янычар. Их имущество было конфисковано, и нет сомнений в том, что открывшаяся перед казначейством перспектива получить столь неожиданные доходы стала решающим фактором, определившим их судьбу. Однако сторонники подобного обращения с евреями представили дело в ином свете, определив причиной их гибели соперничество между армянами и евреями в борьбе за доходные посты, связанные с финансированием. (Порой и самих армянских банкиров казнили и лишали имущества. Стоит упомянуть Якуба Хованесяна, который в середине XVIII столетия управлял финансовыми делами главного черного евнуха Хаджи Бешир-аги, длительное время служившего у Махмуда I.)