Все реформы в истории Османской империи встречали противодействие, но если до сих пор сдерживание оппозиции было исключительно внутренним делом, то одним из важных результатов обнародования Указа Гюльхане стало то, что он должен был вывести внутренние проблемы империи на международную арену. Своевременно ответив на внешнее давление Указом Гюльхане, правительство сделало процесс проведения реформ открытым для наблюдения из-за рубежа, что ослабило глубокие различия во взглядах между христианской Европой и исламской Османской империей. Шли долгие и напряженные споры о скорости проведения реформ и характере изменений, а разрешение внутренних конфликтов стало гораздо более сложной задачей, так как попытки удовлетворить зачастую взаимоисключавшие требования европейских держав вызывали шумные протесты.

В первом чтении Указ Гюльхане содержал малопримечательное заявление о намерениях, в котором говорилось о желании улучшить систему управления и оздоровить государственное казначейство. Однако новым аспектом стало то, что акцент был сделан на правовой стороне, призванной создать структуру, в рамках которой должны были осуществляться административные реформы: это было дальнейшим развитием идеи Махмуда, состоявшей в том, чтобы на смену бесконтрольным действиям, продиктованным либо священными текстами, либо прихотью султана, пришло беспристрастное принятие рациональных решений. В 1840 году был принят уголовный кодекс; в том же году была отменена, по крайней мере теоретически, система откупа налогов: на практике намерения законодателей не могли быть в полной мере реализованы, поэтому даже в начале двадцатого века эта система все еще существовала. В разных регионах империи степень осуществления реорганизации была разной. Нехватка кадров, подготовленных к проведению реформ, инертность в сочетании с инстинктивным сопротивлением переменам, навязанным сверху, неплатежеспособное казначейство, неразвитая инфраструктура, значительная доля неграмотного населения, проблемы, связанные с распространением новых ценностей по обширным, отличным друг от друга территориям, — все эти факторы мешали проведению реформ.

Явное манипулирование перекрывающими друг друга категориями, в соответствии с которыми издавна существовало османское общество, а также с правами и обязанностями, присущими каждому индивидууму в силу его принадлежности к той или иной социальной группе, являлось глубинной причиной значительной части волнений, вызванных Указом Гюльхане. Обещание сделать всех равными перед законом было не из тех заявлений, которые османское общество могло бы легко принять, поскольку даже ислам всегда определял три главных типа неравенства: между верующим и неверующим, хозяином и рабом, мужчиной и женщиной. Неравенство между верующим и неверующим стало фундаментальной основой каждого исламского социума. Что касается османского общества, то в прошлом для него еще более характерным было теперь ставшее весьма туманным различие между правящим классом и теми, кем этот класс правил, то есть между освобожденными от налогов и теми, кто их платил. В Османской империи прагматизм и компромисс стали неотъемлемыми атрибутами многих сфер деятельности, а значит упомянутые выше различия не всегда и не везде строго соблюдались. Но публичное провозглашение принципа равенства для всех подданных империи многим показалось слишком большим потрясением, чтобы спокойно его принять, в особенности учитывая, что неприятная сторона этих нововведений состояла в том, что любая неудача или отступление неизбежно должны были вызвать нарекания из-за рубежа.

Самым ярким выражением существовавшего в Османской империи неравенства между мусульманами и немусульманами был подушный налог, который платили последние. Это конкретное отличие нельзя было ликвидировать одним росчерком пера, ведь даже проводимые в то время изменения в сфере государственного управления требовали наличия соответствующей правовой оценки шейх-уль-ислама. Уравнять статус немусульман со статусом мусульман, то есть освободить немусульман от обязанности платить подушный налог, значило лишить государство важного источника доходов и вступить в противоречие с принципом, согласно которому немусульмане в мусульманском государстве считались подданными «второго сорта». Исходя из этого, «равенство» можно было установить скорее путем выравнивания статуса мусульманского населения со статусом немусульман. Поэтому крестьяне мусульмане, как и крестьяне немусульмане, теперь должны были платить прогрессивный налог, величина которого зависела от стоимости земельного участка. Некоторые из новых предписаний, направленных на централизацию и регуляризацию системы сбора налогов фактически, были утверждены еще в последний год правления Махмуда II. Они были предложены для устранения нарушений, которые оказывали губительное воздействие на жизнь налогоплательщиков, но бедные слои мусульманского населения все же были недовольны введением постоянного налога, оплачиваемого наличными деньгами, хотя прежде они были обязаны платить сразу несколько различных налогов, причем некоторые из них тоже наличными. Недовольны были и некоторые другие группы мусульман, которые издавна были освобождены от налогообложения в обмен на предоставление ими особых услуг государству. Теперь и они должны были платить налоги.

Как и ожидалось, христиане Османской империи и их европейские защитники, которые с нетерпением ждали снятия социальных и финансовых ограничений, подтверждавших, что немусульмане имеют статус под данных второго сорта, истолковали то, что подушный налог продолжает существовать как невыполнение обещания сделать всех равными. Всякий раз, когда европейская пресса обсуждала недостатки османской реорганизации, она акцентировала внимание на неудовлетворительной природе системы налогообложения, игнорируя тот неудобный факт, что, как и любому другому государству, Османской империи для ее существования были необходимы доходы от налогообложения. Что касается еврейского населения империи, то к их жалобам прислушивались реже, чем к жалобам христиан, поскольку ни одна из великих держав не стремилась вмешиваться во внутренние дела империи, действуя от лица евреев. Впрочем, в 30-е годы XIX столетия Британия пыталась добиться того, чтобы ее признали защитницей османских иудеев, чтобы таким образом ответить на претензии России стать защитницей православных христиан, и такие же претензии Франции в отношении католиков. Британия рассматривала возможность переселения евреев в османскую Палестину и Сирию. Поскольку численность еврейского населения была незначительной и оно, в отличие от христианских общин, более равномерно распределялось по территории империи, власти не считали, что евреи представляют угрозу османскому государству. Однако, пытаясь создать видимость плюрализма, правительство в 1835 году впервые назначило лидера еврейской общины, который в принципе обладал таким же статусом, как православный или армянский патриарх. Однако это назначение было сопряжено с трудностями, вызванными нежеланием иудаизма признавать наделенную высшими полномочиями личность: сначала к нему относились с подозрением и лишь со временем признали.

В 30-е годы XIX столетия в районе крепости Ниш, неподалеку от западной границы империи с Сербией, имел место целый ряд восстаний. Сербский лидер Милош Обренович отказался поддерживать мятежников и вместо этого благоразумно продолжил осуществление административных реформ в сотрудничестве с османскими властями. Однако в 1839 году он отказался от власти, и передаваемый по наследству княжеский трон занял его шестнадцатилетний сын, Михаил. Спустя два года, когда стала осуществляться налоговая реформа, начались волнения: класс землевладельцев состоял из христиан, крестьянство составляли как мусульмане, так и христиане, и все они были недовольны не только новыми ставками налогов, но и тем фактом, что некоторые налоги, которые теоретически были отменены, все еще с них взимались. В претензиях, с которыми в том же году крестьяне христианского вероисповедания из района крепости Ниш обратились к Михаилу Обреновичу, едва ли можно было усмотреть хоть какой-то намек на желание обрести независимость. Они отражали лишь стремление крестьян улучшить условия своей жизни. «Люди не выступают против законного правительства султана, а просто хотят того, чтобы благожелательные положения Указа Гюльхане точно и аккуратно выполнялись», — такая озабоченность была выражена в одном из крестьянских прошений. Между тем, отдельные очаги сопротивления объединялись по культурнорелигиозным признакам и чтобы подавить волнения, местные османские администраторы обратились к помощи албанских войск, сформированных из мусульман. И они, действуя с особой жестокостью, выполняли поставленную задачу до тех пор, пока в дело не вмешался Стамбул. Религиозный подтекст этого конфликта не оставили без внимания защитники православного населения Османской империи: Россия выразила свой протест и в надлежащее время из Стамбула была направлена комиссия, которой было поручено определить, что же лежит за этим инцидентом. Османское правительство считало, что сербское руководство спровоцировало волнения, но опасаясь того, что подобные протесты, вызванные реформами налогообложения, могут привести к еще более масштабным межэтническим и межрелигиозным волнениям в этом взрывоопасном районе, решило умиротворить христиан путем освобождения за выкуп тех их единоверцев, которые были арестованы албанскими нерегулярными войсками, и возвратив похищенное у них поголовье скота и другое движимое имущество, а также выплатив деньги тем, по отношению к кому применялось насилие. Постепенно все бежавшие вернулись домой.