Страсти, вызванные созданием армии «нового порядка», и ужасные последствия провала реформ Селима стали полезным уроком для султана Махмуда, который понял, что прежде чем начинать собственные реформы, он должен подготовить для этого почву. После того как в 1822 году был смещен Халет-эфенди, Махмуд стал собирать вокруг верных людей и склонять на свою сторону тех, кто мог представлять угрозу для задуманных им реформ вооруженных сил. Но потребовалось еще четыре года, прежде чем он обезопасил себя настолько, что смог приступить к проведению реформ. Поскольку казалось, что одержанная в апреле 1826 года победа Ибрагим-паши при Месолонгионе указывает на перелом в пользу турок, эта победа стала тем необходимым стимулом, который укрепил уверенность Махмуда в своих силах.

Твердо решив добиться успеха там, где этого не смог сделать Селим, Махмуд продолжил введенную его предшественниками традицию и потребовал, чтобы высшее духовенство обсуждало вопросы религии в его присутствии, и тем самым держало его в курсе тех умонастроений, которые имеют место за пределами дворца. В целом высшее духовенство чаще всего поддерживало реформы, которые предлагались в конце XVIII столетия, но их подчиненные проявляли больший консерватизм и оказывали большее влияние на простых людей. Так, противодействие, которое янычары оказывали реформам, часто подкреплялось традиционализмом низшего духовенства. Поэтому султану нужно было расположить к себе эти низшие эшелоны священнослужителей и простолюдинов, наглядно показав им свою искреннюю приверженность религии и свое мнение о ней как об основе государства, которое он вовсе не намерен подвергать опасности, осуществляя задуманные им реформы. С этой целью он посещал религиозные собрания, предписывал соблюдать молитвы, делал вклады в благотворительные фонды и строил мечети в Стамбуле и провинциях. Осуществление указа о реорганизации янычар было объявлено религиозным долгом, и в каждую вновь сформированную роту назначался имам, который проводил среди военнослужащих религиозные обряды.

Но легче было склонить на свою сторону духовенство, чем самих янычар. Имперские соседи Османской империи, Россия и Австрия, использовали религиозную символику для того, чтобы поднять моральный дух своих солдат (царь Александр I пытался уговорить свое пушечное мясо поверить в религиозную утопию, а на австро-турецком фронте и католики, и православные шли на войну под знаменем Девы Марии), и Махмуд попытался использовать мусульманскую символику в тех же целях. Годом ранее имперская типография выпустила переведенный на турецкий язык известный арабский трактат IX века об исламских законах и обычаях ведения войн. Это был первый случай, когда примеры из жизни пророка Мухаммеда использовались для того, чтобы убедить янычар сражаться с большей самоотверженностью. Это встретило сопротивление с их стороны. Между тем Махмуд продолжал искать способы прикрытия своих реформ, используя для этого известные всем аргументы: для того, чтобы реформированная янычарская армия по духу считалась скорее мусульманской, а не западной, строевая подготовка в ней должна проводиться исключительно на основе применявшихся в армии Мехмеда Али методов, которые оправдали себя и в Хиджазе, и на Пелопоннесе. (Любопытно, что в 1822 году Мехмед Али приказал Ибрагиму-паше взять за образец армию «нового порядка» Селима III.) Преднамеренно обращаясь к традициям, Махмуд назвал новый корпус эшкинки в честь корпуса, сыгравшего важную роль во время правления султана Мехмеда II.

Роптание среди несогласных рядовых янычар стало явным с момента обнародования указа о реформе: они не испытывали восторга от предложений султана создать из них новый корпус. И все же 12 июня 1826 года состоялись первые занятия корпуса эшкинки по строевой подготовке, которые прошли без особых затруднений, хотя и в атмосфере мрачных предчувствий. Нехватка обмундирования и снаряжения стала причиной того, что испытанию подверглись только несколько сотен человек из пяти тысяч уже внесенных в списки личного состава. На следующий день подготовка также прошла без каких-либо инцидентов.

Вечером следующего дня, спустя почти две недели после того, как султан Махмуд объявил о реформе корпуса янычар, они подняли мятеж. В ночь на 14 июня небольшие группы янычар стали собираться на плацу. Некоторые из них бродили по улицам Стамбула, стреляли из пистолетов, занимались поджогами и пытались найти своего главнокомандующего, который, как они считали, их продал. Ему удалось от них ускользнуть, но на рассвете многие сотни янычар, которые к тому времени собрались на плацу (один очевидец тех событий назвал их «попусту лающими дворнягами»), перевернули свои котлы, по традиции выказав этим свое неповиновение. И снова они шли по улицам города, занимаясь грабежами. Одна группа разграбила особняк великого визиря Селима Мехмед-паши, а его женщинам удалось спастись только благодаря тому, что они спрятались в подземной пещере в саду. Когда вспыхнул мятеж, султан находился в своем дворце в Бешикташе. Некоторые из его предшественников, имевших склонность прятаться при первых же признаках янычарского бунта, оставались гам, где они находились, но Махмуд сел в шлюпку и поплыл по Босфору на юг, к дворцу Топкапы. Поскольку мятеж янычар против реформ был неизбежен, а меры по обеспечению их успешного проведения потребовали от султана больших усилий, он заранее подготовил план на случай непредвиденных обстоятельств. Государственные деятели собрались во дворце и провели экстренное заседание совета, не дожидаясь, когда ситуация выйдет из под контроля. Когда они попытались выяснить у главарей взбунтовавшихся янычар причины их недовольства, те ответили им следующим образом:

Из источников того времени известно, что во дворце вместе с государственными деятелями и чиновниками находились верные правительству войска численностью свыше 13 000 человек. Некоторые из этих источников называют цифру 23 000 и даже 60 000. Прибыв во дворец, султан выступил с воодушевляющей речью, а фетва шейх-уль-ислама подтверждала, что исламский закон разрешает подавить такой мятеж силой. Затем Махмуд отправился в сокровищницу и принес оттуда священное знамя Пророка. В подходящее время знамя было вынесено из дворца и повешено над кафедрой мечети султана Ахмеда, находившейся на Ипподроме. Оно проявило свои чудодейственные свойства, и, когда глашатаи ходили по городу, призывая всех правоверных мусульман собраться под его сенью, горожане без промедлений ответили на этот призыв. Государственные чиновники, собравшиеся в мечети, чтобы обсудить дальнейшие действия, решили не вступать с мятежниками в переговоры. Отряд верных правительству войск (артиллеристы и саперы) направился в казармы янычар, но забаррикадировавшиеся внутри янычары успели закрыть ворота. Имперские канониры открыли огонь, и вскоре казармы охватило пламя. Сумевшие выбежать из казарм янычары вступили в рукопашную схватку с ожидавшими их снаружи правительственными войсками. Остальные сгорели.

Махмуд не собирался истреблять янычар столь жестоким образом, но осторожность, с которой он готовился к проведению реформирования этого корпуса, и чувство реализма, которое требовало наличия плана на тот случай, если дела пойдут не так, как надо, стали причиной того, что, когда у него не оказалось иного выбора, он сумел проявить решимость и довести операцию до ее ужасного финала. И по словам одного турка, ставшего очевидцем этих событий, и по сведениям британского посла Стратфорда Каннинга, количество погибших составило приблизительно шесть тысяч человек. Помимо янычар, убитых во время штурма казарм (который, по сведениям другого турка, продолжался всего 21 минуту), в последующие дни были схвачены многие тысячи бунтовщиков. Дороги и порты были взяты под жесткий контроль, поэтому известия о «благоприятном инциденте», а именно такое название получил этот мятеж, и о новом указе, официально упразднявшем корпус янычар, распространились по стране только после того, как губернаторы провинций получили указания о том, как им действовать. Им было приказано конфисковать все снаряжение янычар, какое они смогут найти, а также вывести гарнизоны янычар из всех крепостей и заменить их теми войсками, которые находились в их собственном распоряжении. Слово «янычар» надлежало вычеркнуть из словаря, что было типичным для турок компромиссом. Люди, называвшие себя янычарами, многие годы были причиной беспорядков во всех провинциях империи, и теперь повсюду население воспользовалось возможностью им отомстить: были казнены командиры многих подразделений местных янычар, но многие рядовые, должно быть, вернулись к гражданской жизни, от которой они никогда полностью не отрекались. Хотя ополчение не приняло участия в янычарском мятеже, состоявшие из ополченцев гарнизоны босфорских крепостей (они показали свою ненадежность, когда подняли бунт против предпринятого султаном Селимом перехода к армии «нового порядка») были расформированы. Правительство воспользовалось возможностью очистить Стамбул от тех, кого оно считало нежелательными элементами, то есть от представителей низших слоев общества, живших в этом перенаселенном городе. Эти люди без особых уговоров принимали участие в любых массовых волнениях. В течение двух с половиной месяцев после ликвидации янычар 20 000 человек были высланы из Стамбула и направлены в свои родные провинции. Им было запрещено возвращаться в столицу.